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2022 年度 実施状況報告書

クライオ電子顕微鏡によるネイティブなセントロメアクロマチンの立体構造解析

研究課題

研究課題/領域番号 22K06098
研究機関東京大学

研究代表者

滝沢 由政  東京大学, 定量生命科学研究所, 准教授 (00434291)

研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2025-03-31
キーワードクロマチン / ヌクレオソーム / セントロメア / クライオ電子顕微鏡
研究実績の概要

真核生物のゲノムDNAは、クロマチン構造を形成することにより、核内に収納されている。クロマチンの中でもセントロメア領域は、分裂期の染色体に現れるくびれた部位で、キネトコア複合体と呼ばれるタンパク質群が集積する。そこへ微小管が結合するとことで、染色体の娘細胞への均等分配が起こる。セントロメアの機能が不完全であると、染色体の不安定化や不均等分配を引き起こすことが知られている。しかし、細胞内のセントロメアクロマチンの立体構造は明らかとなっておらず、特にキネトコア複合体の集積に重要と考えられる高次セントロメアクロマチン構造は未知のままである。本研究は、真核生物の染色体分配に必要不可欠なクロマチン領域であるセントロメアクロマチンの役割を明らかにすることを目的としている。ヒト細胞より精製したネイティブなセントロメアクロマチンの立体構造をクライオ電顕単粒子解析およびクライオ電子線トモグラフィーによるクロマチン構造解析を行うことで目的を達成する。2022年度は、クライオ電顕構造解析に適したネイティブなクロマチンの調製方法を検討した。クロマチンの抽出方法、クロマチンの断片化処理方法、クロマチン構造を安定化させるための化学固定の方法を検討した。調製したクロマチンは、急速凍結しクライオ電顕による観察を行うことでクロマチンの構造状態を確認した。検討の結果、高次構造を保った状態と考えられるクロマチンのクライオ電顕観察に成功した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

2022年度は、クライオ電顕構造解析に適したネイティブなクロマチンをHeLa細胞より抽出する方法を検討した。細胞核からのクロマチン抽出方法、可溶化のためのクロマチンの断片化処理方法、クライオ電顕構造解析のためのクロマチン構造を安定化させる化学固定法を検討した。調製したクロマチンは、クライオ電顕用グリッド上で急速凍結しクライオ電顕による観察を行った。これらの検討により、予想していた以上に高次構造が保持されたクロマチン構造をクライオ電顕により観察することに成功した。クライオ電顕により観察されたクロマチンは、クロマチンの基本単位であるヌクレオソームの配向が分かり、ヌクレオソーム間のリンカーDNAも認識できた。以上より、本研究は当初の計画以上に進展していると考える。

今後の研究の推進方策

2022年度にクロマチンの今後は、ネイティブなクロマチンのクライオEM構造解析のワークフローを確立するため、細胞核内に最も豊富に存在するヒストンH3.1を含む通常型ヌクレオソームの解析を中心に進める。ヒストンH3.1を特異的に認識する抗体を用いて、クロマチン断片の免疫沈降を行う。得られたクロマチンは、凍結条件を検討し、クライオ電子顕微鏡により観察を行う。良質のグリッドが得られ次第、単粒子解析およびクライオ電子線トモグラフィーによる立体構造解析を試みる。通常型のヌクレオソームで確立したワークフローを応用することで、細胞よりCENP-Aヌクレオソームを精製することができる。

  • 研究成果

    (12件)

すべて 2022

すべて 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 2件、 査読あり 6件、 オープンアクセス 6件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 1件、 招待講演 2件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Structural and biochemical analyses of the nucleosome containing Komagataella pastoris histones2022

    • 著者名/発表者名
      Fukushima Yutaro、Hatazawa Suguru、Hirai Seiya、Kujirai Tomoya、Ehara Haruhiko、Sekine Shun-ichi、Takizawa Yoshimasa、Kurumizaka Hitoshi
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: 172 ページ: 79~88

    • DOI

      10.1093/jb/mvac043

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural basis for binding diversity of acetyltransferase p300 to the nucleosome2022

    • 著者名/発表者名
      Hatazawa Suguru、Liu Jiuyang、Takizawa Yoshimasa、Zandian Mohamad、Negishi Lumi、Kutateladze Tatiana G.、Kurumizaka Hitoshi
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 25 ページ: 104563~104563

    • DOI

      10.1016/j.isci.2022.104563

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural basis for p53 binding to its nucleosomal target DNA sequence2022

    • 著者名/発表者名
      Nishimura Masahiro、Takizawa Yoshimasa、Nozawa Kayo、Kurumizaka Hitoshi
    • 雑誌名

      PNAS Nexus

      巻: 1 ページ: pgac177

    • DOI

      10.1093/pnasnexus/pgac177

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Cryo-electron microscopy structure of the H3-H4 octasome: A nucleosome-like particle without histones H2A and H2B2022

    • 著者名/発表者名
      Nozawa Kayo、Takizawa Yoshimasa、Pierrakeas Leonidas、Sogawa-Fujiwara Chizuru、Saikusa Kazumi、Akashi Satoko、Luk Ed、Kurumizaka Hitoshi
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 119 ページ: e2206542119

    • DOI

      10.1073/pnas.2206542119

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural basis of RNA polymerase II transcription on the chromatosome containing linker histone H12022

    • 著者名/発表者名
      Hirano Rina、Ehara Haruhiko、Kujirai Tomoya、Uejima Tamami、Takizawa Yoshimasa、Sekine Shun-ichi、Kurumizaka Hitoshi
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 ページ: 7287

    • DOI

      10.1038/s41467-022-35003-z

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Chromatin structure meets cryo-EM: Dynamic building blocks of the functional architecture2022

    • 著者名/発表者名
      Takizawa Yoshimasa、Kurumizaka Hitoshi
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Gene Regulatory Mechanisms

      巻: 1865 ページ: 194851~194851

    • DOI

      10.1016/j.bbagrm.2022.194851

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡によるヒトヌクレオソームの高分解能構造解析2022

    • 著者名/発表者名
      滝沢由政, 佐藤祥子, 何承翰, Radostin Danev, 胡桃坂仁志
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡による多様なクロマチンの立体構造解析2022

    • 著者名/発表者名
      滝沢由政
    • 学会等名
      第62回生物物理若手の会 夏の学校2022
    • 招待講演
  • [学会発表] 多様なクロマチンのクライオ電子顕微鏡構造解析2022

    • 著者名/発表者名
      滝沢 由政, 胡桃坂 仁志
    • 学会等名
      日本顕微鏡学会第65回シンポジウム
    • 招待講演
  • [学会発表] Structures of various chromatin units revealed by cryo-electron microscopy2022

    • 著者名/発表者名
      Takizawa Y, Hatazawa S, Kurumizaka H
    • 学会等名
      The 17th Conference of the Asian Crystallographic Association
    • 国際学会
  • [学会発表] 細胞核内より抽出したクロマチンユニットのクライオ電顕構造解析2022

    • 著者名/発表者名
      滝沢由政、畠澤卓、胡桃坂仁志
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
  • [図書] クロマチンのクライオ電子顕微鏡構造解析2022

    • 著者名/発表者名
      滝沢由政, 胡桃坂仁志
    • 総ページ数
      4
    • 出版者
      日本結晶学会誌

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公開日: 2023-12-25  

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