| 研究課題/領域番号 |
22K06372
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| 研究機関 | 神戸大学 |
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研究代表者 |
上井 進也 神戸大学, 内海域環境教育研究センター, 教授 (00437500)
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| 研究期間 (年度) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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| キーワード | ワカメ / 地理的構造 / 養殖 / ミトコンドリア / 一塩基多型 |
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| 研究実績の概要 |
令和4年度は、ほぼ計画通りにサンプリングを進め、紀伊水道、および豊後水道のヒロメ分布域と接する地域まで採集を実施した。野生集団については、瀬戸内海沿岸の27地点からサンプリングを行い、九州沿岸を除く、瀬戸内海のほぼ全域を網羅することができた。また、養殖サンプルとして、大阪湾南部において使用されている養殖種苗を、２つの漁協から入手することができ、サンプリングについて、計画していた地理的範囲をほぼ網羅できた。
ミトコンドリアハプロタイプについては、約20地点について、各地点約10個体を解析した。核マーカーについては、マイクロサテライトマーカーより多くの座位に基づく解析を実施すべく、GRAS-Di法による一塩基多型（SNPs）の抽出を採用した。本年度は、ゲノム抽出法などを工夫しながら、約70個体についてGRAS-Di法にてSNP情報を得ることに成功し、地理的構造の解析を実施した。
結果として、ミトコンドリアハプロタイプを用いた解析において、特に紀伊水道沿岸に固有のハプロタイプが分布していること、また、養殖由来と思われる北日本系のハプロタイプが、予想よりも限定的な分布を示すことが明らかとなった。また、SNPsの解析においても同様の傾向が見られることが確認され、さらに、播磨灘以西と紀伊水道の間で遺伝的分化が見られることが明らかとなった。また、本計画の基礎となる、全国のワカメの遺伝的多様性に関する論文を発表した。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
当初の予定通り、本年度でサンプリングをほぼ終了し、またミトコンドリアハプロタイプにもとづく地理的構造についても8割程度の解析を終了することができた。SNPsの解析については、ゲノム情報を利用したデータ解析には着手していないものの、解析サンプルとしては瀬戸内海のほぼ全域を網羅しており、瀬戸内海沿岸における地理的構造について、概要を把握できた。
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| 今後の研究の推進方策 |
令和5年度については、紀伊水道や豊後水道のヒロメサンプルも含め、SNPsの解析サンプル数を増やし、瀬戸内海沿岸における地理的構造の全体像を把握することを目指している。また、淡路島南岸において、養殖個体に由来する北日本系のハプロタイプ・遺伝的グループの地理的分布の詳細の把握を目指すとともに、あわせて培養実験を実施し、在来の遺伝的グループと北日本系の遺伝的グループとの比較を行うことを計画している。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
プライマー発注などを想定して計上していたSSRによる解析経費より、GRAS-DiによるSNP探索の委託費の方が結果として安価であったため、予算に未使用額が生じた。また、想定していたサンプリングの際の傭船が不要だったことも影響している。しかしながら、サンプル当たりの解析単価はGRAS-Diの方が高いため、令和5年度におけるGRAS-Di解析のための費用としてしようする計画である。
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