葉緑体ゲノムの全塩基配列解析によるフタバガキ科樹木の分布域形成史の解明

2023 年度 実施状況報告書

• 研究課題/領域番号: 22K06374
• 研究機関: 愛媛大学
• 研究代表者: 上谷 浩一 愛媛大学, 農学研究科, 教授 (80638792)
• 研究期間 (年度): 2022-04-01 – 2025-03-31
• キーワード: フタバガキ科 / 東南アジア / 熱帯雨林 / 葉緑体ゲノム / 遺伝的多様性

研究実績の概要

本研究では，従来の短いDNA配列解析からは不明瞭であったフタバガキ科樹木の分布域形成の歴史を解明するために，フタバガキ科主要3種の葉緑体全ゲノムデー タを解析することで，遺伝的多様性の地理的分布を明らかにする。フタバガキ科樹木の葉緑体ゲノム全塩基配列を決定するために，既存のDNAサンプルを再調整し，15Gbの塩基配列を取得した。これらのショットガンシーケンスによるゲノム断片配列データを用いて葉緑体ゲノムのアセンブリをおこなった。

現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

次世代シーケンス解析用のサンプルを再調整し，葉緑体ゲノム全塩基配列を決定するためのゲノム断片配列データを得ることができた。これによって，葉緑体ゲノム情報に基づいた集団ゲノム解析のために十分な情報を得ることができる。

今後の研究の推進方策

対象のフタバガキ科樹木3種複数個体のゲノム配列を決定し，特に地域間の遺伝的差異に関する解析を実施する。

次年度使用額が生じた理由

本年度は予定していた次世代シーケンシング解析を受託しなかったため，経費の一部を翌年度に繰り越した。

研究成果

• [国際共同研究] National Research and Innovation Agency(インドネシア)
  • 国名: インドネシア
  • 外国機関名: National Research and Innovation Agency
• [国際共同研究] Universiti Putra Malaysia/Forest Department Sarawak/Sabah Forestry Department(マレーシア)
  • 国名: マレーシア
  • 外国機関名: Universiti Putra Malaysia/Forest Department Sarawak/Sabah Forestry Department
• [国際共同研究] Nanyang Technological University(シンガポール)
  • 国名: シンガポール
  • 外国機関名: Nanyang Technological University
• [雑誌論文] Revealing the genetic structure of Indonesia Moluccan dipterocarps species, Rubroshorea selanica (2024)
  • 著者名/発表者名: Henti Hendalastuti Rachmat, Asep Hidayat, Koichi Kamiya, Ko Harada
  • 雑誌名: International Journal of Agriculture and Biology 巻: 31 ページ: 183-191
  • DOI: 10.17957/IJAB/15.2130
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Genetic structure and population history of a peat swamp forest tree species, <i>Shorea albida</i> (Dipterocarpaceae), in Brunei Darussalam (2023)
  • 著者名/発表者名: Ogasahara Misato、Cobb Alexander R.、Sukri Rahayu Sukmaria、Metali Faizah、Kamiya Koichi
  • 雑誌名: Genes & Genetic Systems 巻: 98 ページ: 35～44
  • DOI: 10.1266/ggs.22-00112
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Drought tolerance in dipterocarp species improved through interspecific hybridization in a tropical rainforest (2023)
  • 著者名/発表者名: Kenzo Tanaka、Ichie Tomoaki、Norichika Yuki、Kamiya Koichi、Inoue Yuta、Min Ngo Kang、Lum Shawn K.Y.
  • 雑誌名: Forest Ecology and Management 巻: 548 ページ: 121388～121388
  • DOI: 10.1016/j.foreco.2023.121388
  • 査読あり / 国際共著
• [学会発表] 次世代シーケンスデータを用いたフタバガキ科樹木 2 種 Shorea curtisii と S. leprosula の集団遺伝構造 (2023)
  • 著者名/発表者名: 小笠原実里・Alexander R. Cobb・Rahayu Sukmaria Sukri・Faizah Metali・田中憲蔵・米田令仁・Mohamad A. Azani・Shawn K. Y. Lum・上谷浩一
  • 学会等名: 第33回日本熱帯生態学会大会
• [学会発表] Provisional estimate of effective population size (Ne) of trees in Borneo: a potential index of genetic diversity and conservation (2023)
  • 著者名/発表者名: Akira Itoh・Satoshi Nanami・Seiya Okuno, Koichi Kamiya・Sylvester Tan・Mohizah bt. Mohamad
  • 学会等名: 第33回日本熱帯生態学会大会
• [学会発表] Genetic and genomic studies for biodiversity conservation (2023)
  • 著者名/発表者名: Kamiya K
  • 学会等名: Kagawa International Forum on Advanced Genomics Environmental and Resource Genomics and Life Sciences-II
  • 招待講演