| 研究課題/領域番号 |
22K09368
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| 研究機関 | 地方独立行政法人大阪府立病院機構大阪国際がんセンター(研究所) |
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研究代表者 |
久木田 洋児 地方独立行政法人大阪府立病院機構大阪国際がんセンター(研究所), その他部局等, ゲノム病理ユニット主任研究員 (60372744)
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| 研究分担者 |
中村 ハルミ 地方独立行政法人大阪府立病院機構大阪国際がんセンター(研究所), その他部局等, 研究所 ゲノム病理ユニット ユニット長 (80164325)
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| 研究期間 (年度) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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| キーワード | 融合遺伝子 / 希少がん |
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| 研究実績の概要 |
希少がんは発症頻度の高いがん種に比べ研究が進んでいないので、症例についての詳細な臨床情報及び基礎生物学的データの蓄積が必須である。本研究では、分子病理学的鑑別を経て新たな疾患分類候補として見出された悪性軟部腫瘍検体の解析を通じて、悪性軟部腫瘍における腫瘍の発生・増殖メカニズムの特異性を見出し、治療法の開発などの臨床応用につなげることを目指している。初年度では、新たな疾患分類候補として判断した悪性軟部腫瘍の組織中に検出された融合遺伝子産物の転写制御ネットワークおよび組織中のクロマチン構造を明らかにすることを目標とし、FFPE（ホルマリン固定パラフィン包埋）標本検体を用いたChIP-seq（クロマチン免疫沈降シーケンシング）解析を行った。実験操作からデータ取得までの作業確認を含め、当該症例の薄切FFPE標本を使用して、活性転写開始領域やエンハンサー領域に認められるヒストン修飾（H3K27ac）に対する抗体（抗H3K27ac）を用いたChIP-seqを行った。過去に行った遺伝子発現解析の結果を反映させ、H3K27acのピークの有無を観察できたことから、FFPE標本を用いたChIP-seqからのデータ取得が可能であること確認した。現在は融合遺伝子に対する抗体を使った解析を進めている。また、上記と並行して希少がん新規および保存症例の分子病理学的解析を進め、複数の新たな融合遺伝子変異を検出した。これらについては文献情報を用いた生物学的意義の検討を行っている。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
解析を予定していた一部の症例検体の品質が予想以上に劣化しており、データが取れない恐れがあることが判明した。何かしらの工夫により解決できないか検討している。解析可能な症例検体についてはNGSライブラリーを作製しているが、シーケンスデータの取得には至っていないものがある。それらの理由で遅れていると判断した。
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| 今後の研究の推進方策 |
当初予定した内容を進めるために、症例のFFPE検体をChIP-seq及びHi-C法にて解析する。また引き続き新規症例の分子病理学的解析を行い、希少がん症例の臨床および基礎生物学的データを収集する。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
まだシーケンスデータの取得が完了していないChIP-seqライブラリーがある。これに伴い、次年度使用額が生じた。この繰越分と翌年度分の請求助成金とを合算して、当初予定した内容（悪性軟部腫瘍の組織中に検出された融合遺伝子産物の転写制御ネットワークおよび組織中のクロマチン構造の解明）を進めるために、引き続き症例のFFPE検体を使ったChIP-seqおよびHi-C解析を行っていく。また、新規症例の分子病理学的解析を行い、希少がん症例の臨床および基礎生物学的データを収集していく予定である。
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