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2023 年度 実施状況報告書

causal SNV探索を通じた血中リポ蛋白レベルを規定する遺伝素因の解明

研究課題

研究課題/領域番号 22K11851
研究機関筑波大学

研究代表者

會田 雄一  筑波大学, 医学医療系, 助教 (60752152)

研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2025-03-31
キーワード生活習慣病
研究実績の概要

次世代シークエンサーは世界中で膨大な量の塩基情報を生み出しており、医療のみならずヘルスケアへの応用が期待される。この第一歩は、次世代シークエンサーから得られた塩基情報と、人種や地域、生活習慣など様々な環境下で得られる表現型を組み合わせる解析である。このようなgenome-wide association studyから得られた一塩基バリアントの知見を、生活習慣病の個別化医療や予防医療に役立てるためには、真に機能を有するバリアント、すなわちcausal SNVの機能解析を“ウェット”の実験で進めていくことが必要であると認識されている。特に、タンパクをコードする部位ではなく、エンハンサーに位置するcausal SNVについては、十分な解明がなされていない。そこで本研究では、脂質代謝を規定するcausal SNVに的を絞り、その分子メカニズムを実験的に解明することを目的とした。ヒト11番染色体にはアポリポタンパク遺伝子がクラスターを形成している約60 kbのゲノム領域があり、血中リポ蛋白レベルとの関連が報告されている一塩基バリアントが位置している。こうしたゲノム上の目印となるlead SNVの知見をもとに、巨視的・微視的な2つのスクリーニングを組み合わせてcausal SNVを見つけ出し、標的遺伝子の発現を調節する遺伝素因を解明することを目指した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

ゲノム上の目印となるlead SNVの知見をもとに、causal SNVを見つけ出すための巨視的・微視的な2つのスクリーニングを進めた。

今後の研究の推進方策

ゲノム上の目印となるlead SNVの知見をもとに、causal SNVを見つけ出すための巨視的・微視的な2つのスクリーニングを継続する。

次年度使用額が生じた理由

実験の進捗状況により、物品の調達が遅れたため。可及的すみやかに実験計画を進め、使用予定の物品の調達を行う。

  • 研究成果

    (4件)

すべて 2023 その他

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Rhomboid protease RHBDL4/RHBDD1 cleaves SREBP-1c at endoplasmic reticulum monitoring and regulating fatty acids2023

    • 著者名/発表者名
      Han SI、Nakakuki M、Nakagawa Y、Wang Y、Araki M、Yamamoto Y、Tokiwa H、Takeda H、Mizunoe Y、Motomura K、Ohno H、Kainoh K、Murayama Y、Aita Y、Takeuchi Y、Osaki Y、Miyamoto T、Sekiya M、Matsuzaka T、Yahagi N、Sone H、Daitoku H、Sato R、Kawano H、Shimano H
    • 雑誌名

      PNAS Nexus

      巻: 2 ページ: pgad351

    • DOI

      10.1093/pnasnexus/pgad351

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] <scp>GR‐KLF15</scp> pathway controls hepatic lipogenesis during fasting2023

    • 著者名/発表者名
      Takeuchi Yoshinori、Murayama Yuki、Aita Yuichi、Mehrazad Saber Zahra、Karkoutly Samia、Tao Duhan、Katabami Kyoka、Ye Chen、Shikama Akito、Masuda Yukari、Izumida Yoshihiko、Miyamoto Takafumi、Matsuzaka Takashi、Kawakami Yasushi、Shimano Hitoshi、Yahagi Naoya
    • 雑誌名

      The FEBS Journal

      巻: 291 ページ: 259~271

    • DOI

      10.1111/febs.16957

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] in vivo Ad-luc法とTFEL scan法を用いたニュートリゲノミクスへのアプローチ2023

    • 著者名/発表者名
      武内謙憲、矢作直也、會田雄一、Mehrazad Saber Zahra、Karkoutly Samia、Tao Duhan、方波見京香、Ye Chen、Wang Xinyu、村山友樹、志鎌明人、升田紫、泉田欣彦、川上康、島野仁
    • 学会等名
      第46回日本分子生物学会年会
  • [備考] 筑波大学医学医療系ニュートリゲノミクスリサーチグループ

    • URL

      http://nutrigenomics.umin.jp/

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公開日: 2024-12-25  

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