| 研究課題/領域番号 |
22K14999
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| 研究機関 | 大阪医科薬科大学 |
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研究代表者 |
坂口 翔一 大阪医科薬科大学, 医学部, 助教 (20815279)
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| 研究期間 (年度) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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| キーワード | Defective Interfering / RdRp |
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| 研究実績の概要 |
1年目にFLDS法によって得たmetatranscriptomeデータを解析した結果、長い不完全ウイルスRNA（DIゲノム）が優先的に検出される傾向があることが明らかとなった。この結果を受け、現在DIゲノムの網羅的な検出に向けて、FLDS法の最適化および通常のRNAseqを併用した解析を行なっている。
DIゲノムがFeMVの増殖に与える影響を評価するため、FeMV SS4株とCRFK細胞を用いたプラークアッセイ法およびフォーカスアッセイ法の確立に取り組んだ。並行して、TCID50法によるウイルス力価の測定も行っている。これらの実験系を用いて、抗ウイルス化合物候補のFeMV増殖抑制効果を評価したところ、FeMVの増殖を抑制する化合物が得られた。これらの実験系は、人工DIゲノムの機能解析に有用であると考えられ、今後の研究に活用する予定である。
さらに、FeMVのRNA依存性RNAポリメラーゼ（RdRp）であるLタンパク質に着目し、コアモチーフ以外のRNA複製に重要なモチーフの探索を行なった。FeMVを含む近縁のウイルス種からRdRpの配列を収集し、緩いクラスタリングとアライメント、分割を行うことで、コアモチーフ以外の領域に複数の保存配列を見出した。これらの配列は、RdRpの機能に重要な役割を担っている可能性があり、DIゲノムの産生メカニズムを理解する上で手がかりになると期待される。
以上の研究により、DIゲノムの網羅的検出、化合物や不完全RNAがウイルス増殖に与える影響の評価系の構築、およびLタンパク質の重要モチーフ候補の同定が進展した。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
2年目の研究ではDIゲノムの網羅的解析と、機能解析に向けた基盤技術の確立が進展した。検出されたDIゲノムの特徴や意義については現在解析中である。また、Lタンパク質については、コアモチーフ以外の重要な保存配列を同定した。これらのモチーフの立体構造や機能については現在解析を進めている。一方、経時的な不完全ウイルスRNA産生の解析については、FLDS法と通常のRNAseqで得られるデータを比較検討し、metatranscriptome解析の方法を確定した上で行う予定である。また、不完全ウイルスRNAの人工合成についても、網羅的に同定されたDIゲノムの配列情報をもとに、2024年度に実施する計画である。
これらの結果をふまえ、おおむね順調に進展しているとした。
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| 今後の研究の推進方策 |
2024年度は申請書に記載のとおり、急性感染細胞と持続感染細胞における宿主遺伝子の発現量解析をRNAseq解析により行う。特に免疫関連遺伝子に着目する。また、metatranscriptome解析の結果をもとに、2023年度に積み残した、感染細胞の継代ごとの経時的な不完全ウイルスRNA産生変化の解析と、感染細胞において発現量の多い不完全ウイルスRNAの人工合成についても取り組む。また、創薬のための基礎データとするため、ウイルス増殖を抑制する化合物の添加による不完全RNA産生の評価も行う。
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