がん遺伝子パネル検査を受けた全症例におけるシークエンスエラーの実態を解明する

2023 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 22K15571
• 研究機関: 地方独立行政法人東京都立病院機構東京都立駒込病院(臨床研究室)
• 研究代表者: 池上 政周 地方独立行政法人東京都立病院機構東京都立駒込病院(臨床研究室), 骨軟部腫瘍科, 医長 (90830521)
• 研究期間 (年度): 2022-04-01 – 2024-03-31
• キーワード: がんゲノムプロファイリング検査 / FFPEアーチファクト

研究実績の概要

CAT利活用クラウド（C-CAT CALICO）の運用開始が遅れており、利用申請手続きを行い承認を待っている状態である。その待機期間中、NCCオンコパネル開発時のシーケンスデータに含まれるFFPEアーチファクトの影響の評価を行い、開発時に使用した東大オンコパネルのみならずNCCオンコパネルにおいても解析パイプラインがコールする変異のうち40％程度がFFPEアーチファクトによるエラーであり、少数ではあるもののpathogenic mutationとannotationされるエラーもあり、FFPEアーチファクト予測アルゴリズムであるMicroSECの改良と実臨床への適用の意義が大きいことを確認した。またAACR project GENIEで報告されている変異におけるFFPEアーチファクトを変異の周辺塩基の情報から予測する機械学習アルゴリズムを開発し、AACRのシンポジウムでの発表を行った。パネル間でアーチファクトの頻度が大きく異なることを確認した。研究期間は終了するものの、すでに研究費で購入した解析機器を用い、予定通り日本国内で行われたがんゲノム検査におけるFFPEアーチファクトの現状を明らかとする研究を継続していく予定である。
また、C-CAT利活用データ自体の解析も平行して進めた。左側切断および右側打ち切りを伴うC-CAT利活用データを用いた生存期間解析はバイアスが大きく既知の手法では実施困難であったが、新たにベイズ推定を用いたバイアス補正手法を開発し、多数のがん種における遺伝子変異や化学療法と生存期間との関係を解析し、2報の論文としてまとめた。遺伝子変異と生存期間の関係性の正確な評価にはFFPEアーチファクトの除去が必須であり、今後は上記の二つの研究を並行して進めていく予定である。

研究成果

• [雑誌論文] 骨軟部腫瘍の遺伝子解析とそのClinical Relevance (2024)
  • 著者名/発表者名: 小倉浩一、池上政周、川井章
  • 雑誌名: 癌と化学療法 巻: 51(3) ページ: 259-262
• [雑誌論文] Prognostic factors and treatment outcomes in patients with pleomorphic rhabdomyosarcoma: a population-based cohort study (2024)
  • 著者名/発表者名: Kobayashi Hiroshi、Okajima Koichi、Zhang Liuzhe、Hirai Toshihide、Ishibashi Yuki、Tsuda Yusuke、Ikegami Masachika、Kawai Akira、Tanaka Sakae
  • 雑誌名: Japanese Journal of Clinical Oncology 巻: 54 ページ: 471～478
  • DOI: 10.1093/jjco/hyad188
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Factors predictive of second‐line chemotherapy in soft tissue sarcoma: An analysis of the National Genomic Profiling Database (2023)
  • 著者名/発表者名: Mochizuki Takao、Ikegami Masachika、Akiyama Toru
  • 雑誌名: Cancer Science 巻: 115 ページ: 575～588
  • DOI: 10.1111/cas.16050
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Letter to the editor: left-truncation bias should be considered in prognostic analysis using National Genomic Profiling Database (2023)
  • 著者名/発表者名: Ikegami Masachika
  • 雑誌名: Japanese Journal of Clinical Oncology 巻: 53 ページ: 1091～1091
  • DOI: 10.1093/jjco/hyad098
  • オープンアクセス
• [雑誌論文] Calcified deep somatic soft tissue leiomyoma of the leg: A case report (2023)
  • 著者名/発表者名: Senga Kazunori、Ikegami Masachika、Koiwa Sora、Takamiya Akihiro、Motoi Toru
  • 雑誌名: SAGE Open Medical Case Reports 巻: 11 ページ: 1-5
  • DOI: 10.1177/2050313X231197529
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] KDM2B-Rearranged Soft Tissue Sarcomas Expand the Concept of BCOR-Associated Sarcoma (2023)
  • 著者名/発表者名: Motoi Toru、Hirata Makoto、Kukita Yoji、Satomi Kaishi、Tamura Hiromi、Adachi Shiro、Matsushita Yuko、Horiguchi Shin-ichiro、Hishima Tsunekazu、Ikegami Masachika、Okuma Tomotake、Tao Kayoko、Arakawa Ayumu、Ogawa Chitose、Matsuda Koichi、Ichimura Koichi、Nakamura Harumi、Mori Taisuke、Yoshida Akihiko
  • 雑誌名: Modern Pathology 巻: 36 ページ: 100317～100317
  • DOI: 10.1016/j.modpat.2023.100317
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Extensive analysis of 59 sarcoma‐related fusion genes identified pazopanib as a potential inhibitor to COL1A1‐PDGFB fusion gene (2023)
  • 著者名/発表者名: Hirose Takeshi、Ikegami Masachika、Kojima Shinya、Yoshida Akihiko、Endo Makoto、Shimada Eijiro、Kanahori Masaya、Oyama Ryunosuke、Matsumoto Yoshihiro、Nakashima Yasuharu、Kawai Akira、Mano Hiroyuki、Kohsaka Shinji
  • 雑誌名: Cancer Science 巻: 114 ページ: 4089～4100
  • DOI: 10.1111/cas.15915
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] PTPN11 variant may be a prognostic indicator of IDH-wildtype glioblastoma in a comprehensive genomic profiling cohort (2023)
  • 著者名/発表者名: Otani Ryohei、Ikegami Masachika、Yamada Ryoji、Yajima Hirohisa、Kawamura Shinji、Shimizu Sakura、Tanaka Shota、Takayanagi Shunsaku、Takami Hirokazu、Yamaguchi Tatsuro
  • 雑誌名: Journal of Neuro-Oncology 巻: 164 ページ: 221～229
  • DOI: 10.1007/s11060-023-04411-6
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] BRAF mutations and concurrent alterations in patients with soft tissue sarcoma (2023)
  • 著者名/発表者名: Kobayashi Hiroshi、Zhang Liuzhe、Okajima Koichi、Ishibashi Yuki、Hirai Toshihide、Tsuda Yusuke、Ikegami Masachika、Kage Hidenori、Shinozaki‐Ushiku Aya、Oda Katsutoshi、Tanaka Sakae
  • 雑誌名: Genes, Chromosomes and Cancer 巻: 62 ページ: 648～654
  • DOI: 10.1002/gcc.23182
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Prognostic benefit of comprehensive genomic profiling in clinical practice remains uncertain (2023)
  • 著者名/発表者名: Ikegami Masachika
  • 雑誌名: Cancer Science 巻: 114 ページ: 3053～3055
  • DOI: 10.1111/cas.15826
  • オープンアクセス
• [雑誌論文] The pathogenic role of the BRCA2 c.7847C>T (p.Ser2616Phe) variant in breast and ovarian cancer predisposition (2023)
  • 著者名/発表者名: Yamazawa Kazuki、Ikegami Masachika, et. al.
  • 雑誌名: Cancer Science 巻: 114 ページ: 2993～3002
  • DOI: 10.1111/cas.15799
  • 査読あり / オープンアクセス
• [学会発表] Extensive analysis of 59 sarcoma-related fusion genes identified pazopanib as a potential inhibitor to COL1A1- PDGFB fusion gene (2024)
  • 著者名/発表者名: 池上政周
  • 学会等名: 第21回日本臨床腫瘍学会学術集会
• [学会発表] コンパニオン診断以外での包括的がんゲノムプロファイリングの活用 軟部肉腫の薬剤選択 (2024)
  • 著者名/発表者名: 池上政周
  • 学会等名: 第21回日本臨床腫瘍学会学術集会
• [学会発表] Validation of pathogenic germline variant presuming method by Kosugi with tumor-normal pair cancer panel (2023)
  • 著者名/発表者名: 池上政周
  • 学会等名: 第82回日本癌学会
• [学会発表] C-CAT利活用情報に基づく 軟部肉腫の2nd-line chemotherapyの奏効因子の検討 (2023)
  • 著者名/発表者名: 池上政周
  • 学会等名: 第56回日本整形外科学会骨・軟部腫瘍学術集会
• [備考] MicroSEC R言語用パッケージ
  • URL: https://github.com/MANO-B/MicroSEC