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2023 年度 実施状況報告書

マイクロサテライト不安定化を指標にした個体の早期老化状態の検出

研究課題

研究課題/領域番号 22K17837
研究機関早稲田大学

研究代表者

隈本 宗一郎  早稲田大学, 理工学術院, 講師(任期付) (30930987)

研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2025-03-31
キーワード個体老化 / マイクロサテライト不安定化
研究実績の概要

個体の様々な細胞種における老化細胞特異的な遺伝子発現パターンや核相異常などが明らかになりつつある。老化細胞で示唆されているマイクロサテライト不安定化に関して、配列特異性、頻度および変異導入メカニズムは明らかになっていない。従って、加齢におけるマイクロサテライト不安定化の解析を進めてきた。2023年度は12サンプルから作成したマイクロサテライトの詳細な解析を行った。取得したマイクロサテライト検出頻度は染色体の長さに応じて高くなる傾向にあった。これは散在しているマイクロサテライトが一様に検出されており、染色体長と正の相関があることでノンバイアスな解析ができていると考えられた。検出されたマイクロサテライトのカバー率は各サンプル間で検出頻度が異なっており、12サンプルで共通して検出できている領域が少ないことが判明したため、哺乳動物を用いた網羅的なマイクロサテライト解析の場合は既報のデータ量では少なくより精度向上のに向けてシークエンスを行う必要がある。次に検出されたマイクロサテライト領域特異性に関して解析した結果、ほとんどが遺伝子間領域に存在することが判明した。この結果はこれまでの報告と矛盾しない。また少数ではあるものの遺伝子のプロモーター付近やイントロン領域にあるマイクロサテライトも検出可能であった。また、これらマイクロサテライト配列はサンプル間で配列が異なっていたことから今後マーカー候補になりうる。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

2023年度は主にマウス個体サンプルから得られたマイクロサテライトシークエンスデータの解析をおこなった。配列解析の結果から、マウス個体間でマイクロサテライトの配列が変動しうる遺伝子領域候補を同定することができた。しかし、各サンプル間のマイクロサテライトのカバー率が異なっており、12サンプル間すべてで検出できた領域が少なかったことが遅れている原因である。今後は解析するデータ量を既報よりも多くシークエンスすることでカバーする。また、申請者の予期しえなかった所属の移動に伴い、加齢個体の導入ができていないため当初の研究計画からやや遅れている。

今後の研究の推進方策

2024年度は検出されたマイクロサテライトを含む遺伝子をリスト化しカバー率を算出する。実際の老化マウス組織からマイクロサテライトライブラリーを作製して解析を行い、特に現在解析中のマイクロサテライト含有遺伝子に関して加齢個体において解析を実施する。これらマイクロサテライト配列がヒトゲノム中にも保存されているかゲノムデータベースを参照し、その保存性を確認する。

次年度使用額が生じた理由

申請当初予期していない申請者の所属変更があったため、導入予定のマウスおよび試薬購入ができなかったため。

  • 研究成果

    (2件)

すべて 2023

すべて 雑誌論文 (2件) (うち国際共著 2件、 査読あり 2件、 オープンアクセス 2件)

  • [雑誌論文] Characterization of Common Minke Whale (<i>Balaenoptera Acutorostrata</i>) Cell Lines Immortalized with the Expression of Cell Cycle Regulators2023

    • 著者名/発表者名
      Sekine Aya、Yasunaga Genta、Kumamoto Soichiro、Fujibayashi So、Munirah Izzah、Bai Lanlan、Tani Tetsuya、Sugano Eriko、Tomita Hiroshi、Ozaki Taku、Kiyono Tohru、Inoue‐Murayama Miho、Fukuda Tomokazu
    • 雑誌名

      Advanced Biology

      巻: 8 ページ: -

    • DOI

      10.1002/adbi.202300227

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Conservation and divergence of canonical and non-canonical imprinting in murids2023

    • 著者名/発表者名
      Richard Albert Julien、Kobayashi Toshihiro、Inoue Azusa、Monteagudo-S?nchez Ana、Kumamoto Soichiro、Takashima Tomoya、Miura Asuka、Oikawa Mami、Miura Fumihito、Takada Shuji、Hirabayashi Masumi、Korthauer Keegan、Kurimoto Kazuki、Greenberg Maxim V. C.、Lorincz Matthew、Kobayashi Hisato
    • 雑誌名

      Genome Biology

      巻: 24 ページ: -

    • DOI

      10.1186/s13059-023-02869-1

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著

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公開日: 2024-12-25  

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