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2023 年度 実績報告書

細菌の細胞外遺伝情報記憶システムの実体に迫る

研究課題

研究課題/領域番号 22K19124
研究機関東北大学

研究代表者

永田 裕二  東北大学, 生命科学研究科, 教授 (30237531)

研究分担者 大坪 嘉行  東北大学, 生命科学研究科, 准教授 (40342761)
研究期間 (年度) 2022-06-30 – 2024-03-31
キーワード細菌進化 / ゲノム / 未開拓遺伝子資源 / 膜小胞 / 挿入配列 / 可動性遺伝因子
研究実績の概要

人工の殺虫剤で環境が汚染されると、環境常在細菌が、特殊性の高い分解酵素遺伝子を細胞外から獲得することで分解細菌が「誕生」する。しかし、それら遺伝子の直接の進化的起源が推測できる配列は膨大な量のゲノム・メタゲノム情報にも見出されない。すなわち、細菌は現在のメタゲノム解析技術では検出不可能な未知の「細胞外遺伝情報記憶システム (Extracellular Genetic Information Storage Device: EGISD)」から必要に応じて適当な遺伝子を獲得し、利用する術を有していると考えられる。本研究では、この細菌の「EGISDを利用する機能」を用いて、「EGISDの実体」と「それを利用する機構」を解明することを目的とする。研究成果は、微生物の未開拓な潜在能力の効率的利用手法への展開が期 待できる。
本年度は、HCH分解細菌UT26株由来のlinAあるいはlinBを欠失し、カナマイシン (Km) 耐性能を付与した株をキャプチャリング株として、各種細菌集団、単離細菌株と混合し、HCHを唯一の炭素源とする無機塩培地での生育を指標にスクリーニングを行った。その結果、複数の組み合わせで、目的クローンが取得された。単純なプラスミドの接合伝達等では説明できないものについて詳細な解析を行った結果、UT26株のlinBがintegrative and conjugative element(ICE)上に存在することが明らかになり、本ICEをICEUT26と命名した。これまでに、lin遺伝子群の水平伝播にはsphingomonad細菌群特有のプラスミドと挿入配列IS6100の関与が知られているが、lin遺伝子群を乗せたICEは初めての発見である。ICEUT26は、宿主細胞内で環状化し、UT26株と遠縁の細菌株にも伝達した。

  • 研究成果

    (29件)

すべて 2024 2023

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 7件、 オープンアクセス 6件) 学会発表 (22件)

  • [雑誌論文] Degradation of DDT by γ-hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase LinA2024

    • 著者名/発表者名
      usuf Habibullah KO, Ito R, Stari L, Kishida K, Ohtsubo Y, Masai E, Fukuda M, Miyauchi K, Nagata Y
    • 雑誌名

      Biosci. Biotechnol. Biochem.

      巻: 88 ページ: 123-130

    • DOI

      10.1093/bbb/zbad141

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Three distinct metabolic phases of PCB/biphenyl degrader Acidovorax sp. KKS102 in nutrient broth2024

    • 著者名/発表者名
      Sakai K, Kishida, K, Matsumoto, S Nagata Y, Tsuda M, Ohtsubo Y
    • 雑誌名

      Biosci. Biotechnol. Biochem.

      巻: 88 ページ: 305-315

    • DOI

      10.1093/bbb/zbad178

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Clamping-mediated incorporation of single-stranded DNA with concomitant DNA synthesis by Taq polymerase involves nick-translation2024

    • 著者名/発表者名
      Ohtsubo Y, Kawahara S, Nagata Y
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 14 ページ: 2030

    • DOI

      10.1038/s41598-024-52095-3

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Host range of strand-biased circularizing integrative elements: a new class of mobile DNA elements nesting in Gammaproteobacteria2023

    • 著者名/発表者名
      Idola D, Mori H, Nagata Y, Nonaka L, Yano H
    • 雑誌名

      Mobile DNA

      巻: 14 ページ: 7

    • DOI

      10.1186/s13100-023-00295-5

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Draft genome sequence of Cupriavidus sp. strain TKC, isolated from a γ-hexachlorocyclohexane-degrading community2023

    • 著者名/発表者名
      Kato H, Ohtsubo Y, Hirano S, Masuda S, Shibata A, Shirasu K, Nagata Y
    • 雑誌名

      Microbiology Resource Announcements

      巻: 12 ページ: 00567-23

    • DOI

      10.1128/MRA.00567-23

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 土壌微生物による化学合成農薬分解のフロンティア2023

    • 著者名/発表者名
      永田裕二、加藤広海、大坪嘉行
    • 雑誌名

      農薬学会誌

      巻: 48 ページ: 125-131

    • DOI

      10.1584/jpestics.W23-22

    • 査読あり
  • [雑誌論文] たったひとつの遺伝子の発現でかすみを食べる細菌に(バイオミディア)2023

    • 著者名/発表者名
      永田裕二
    • 雑誌名

      生物工学会誌

      巻: 101 ページ: 554

    • DOI

      10.34565/seibutsukogaku.101.10_554

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Elucidating Soil Carbon Sequestration: A Shotgun Metagenome Study of Kyushu Forest Soils in Relation to Soil Characteristics and Tree Species Diversity2024

    • 著者名/発表者名
      Leonardo Stari, Shoko Hirano, Kouhei Kishida, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata
    • 学会等名
      第18回日本ゲノム微生物学会年会
  • [学会発表] IV 型 分 泌 装 置 (T4SS) の 内 膜 コ ン ポ ー ネ ン ト ICEKKS102Tn4677 環状化への関与2024

    • 著者名/発表者名
      松本 哲、岸田 康平、永田 裕二、大坪 嘉行
    • 学会等名
      第18回日本ゲノム微生物学会年会
  • [学会発表] Cupriavidus sp. TKC 株の DCG 現象に関わる遺伝子の探索2024

    • 著者名/発表者名
      平野 翔子、Stari Leonardo、Xiong Zhiyu、加藤 広海、岸田 康平、大坪 嘉行、永田 裕二
    • 学会等名
      第18回日本ゲノム微生物学会年会
  • [学会発表] IV 型分泌装置の構成因子 TrbB は TraR による ICEKKS102 Tn4677 の切り出し活性化に関与する2024

    • 著者名/発表者名
      松本 哲,岸田 康平,永田 裕二,大坪 嘉行
    • 学会等名
      日本農芸化学会2024年度大会
  • [学会発表] 移動性細菌 Paenibacillus sp. NK-L2 株が有機塩素系殺 虫剤分解細菌株を運ぶヒッチハイク現象2024

    • 著者名/発表者名
      松添 華子,岸田 なつみ,加藤 広海,岸田 康平, 大坪 嘉行,永田 裕二
    • 学会等名
      日本農芸化学会2024年度大会
  • [学会発表] 細菌由来の有機塩素系殺虫剤γ-HCH 分解酵素を発現する 形質転換シロイヌナズナの作製と評価2024

    • 著者名/発表者名
      鄧 文昊,高田 美信,岸田 康平,大坪 嘉行, 渡辺 正夫,永田 裕二
    • 学会等名
      日本農芸化学会2024年度大会
  • [学会発表] 接合伝達における細胞膜リン脂質の役割2024

    • 著者名/発表者名
      熊谷 連,大坪 嘉行,永田 裕二,岸田 康平
    • 学会等名
      日本農芸化学会2024年度大会
  • [学会発表] 様々な細菌集団および単離細菌株に対する有機塩素系殺 虫剤分解酵素遺伝子のキャプチャリング実験2024

    • 著者名/発表者名
      岡 俊璃,岸田 康平,大坪 嘉行,永田 裕二
    • 学会等名
      日本農芸化学会2024年度大会
  • [学会発表] 従属栄養細菌の超低栄養環境での増殖を引き起こす AdhX の基質の検討2024

    • 著者名/発表者名
      伊藤 蓮,Stari Leonardo,岸田 康平,大坪 嘉行, 永田 裕二
    • 学会等名
      日本農芸化学会2024年度大会
  • [学会発表] Sphingobium-Cupriavidus 属細菌株による有機塩素系殺 虫剤分解細菌コミュニティ形成2024

    • 著者名/発表者名
      XIONG ZHIYU,平野 翔子,岸田 なつみ,加藤 広海, 岸田 康平,大坪 嘉行,永田 裕二
    • 学会等名
      日本農芸化学会2024年度大会
  • [学会発表] Cupriavidus 属細菌株のコロニー周辺部が大きく広がる 突然変異株の取得と解析2024

    • 著者名/発表者名
      平野 翔子,Xiong Zhiyu,加藤 広海,岸田 康平, 大坪 嘉行,永田 裕二
    • 学会等名
      日本農芸化学会2024年度大会
  • [学会発表] 有機塩素系殺虫剤分解細菌コミュニティの再構築2024

    • 著者名/発表者名
      手塚 隆博,岸田 なつみ,加藤 広海,岸田 康平, 大坪 嘉行,永田 裕二
    • 学会等名
      日本農芸化学会2024年度大会
  • [学会発表] Deterministic Shaping of Soil Bacterial Communities: Interplay of Rare Species and Environmental Selection2024

    • 著者名/発表者名
      Leonardo Stari,Hiromi Kato,Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata
    • 学会等名
      日本農芸化学会2024年度大会
  • [学会発表] 混合無菌土壌における細菌叢形成2023

    • 著者名/発表者名
      平野 翔子、加藤 広海、Leonardo Stari、大坪 嘉行、永田 裕二
    • 学会等名
      環境バイオテクノロジー学会2023年度大会
  • [学会発表] 接合伝達を阻害するペプチド創薬のデザインとスクリーニング2023

    • 著者名/発表者名
      岸田 康平、熊谷 連、大坪 嘉行、永田 裕二
    • 学会等名
      環境バイオテクノロジー学会2023年度大会
  • [学会発表] Tracking Community Succession in Soil Bacterial Populations Cultured with Different Carbon Sources2023

    • 著者名/発表者名
      Leonardo Stari, Hiromi Kato, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata
    • 学会等名
      環境バイオテクノロジー学会2023年度大会
  • [学会発表] 土壌環境の細菌叢は移植できるのか?2023

    • 著者名/発表者名
      加藤広海・南澤究・永田裕二
    • 学会等名
      土壌微生物学会2023年度大会
  • [学会発表] 原核生物における新しい可動遺伝因子グループ SE (Strand-biased Circularizing Integrative Element) の発見2023

    • 著者名/発表者名
      矢野大和1, Idola Desmila, 森宙史, 永田裕二, 野中里佐
    • 学会等名
      日本遺伝学会95回大会
  • [学会発表] Evolution of Bacteria Degrading Artificially Synthesized Environmental Pollutants2023

    • 著者名/発表者名
      Yuji Nagata
    • 学会等名
      International Symposium on Advanced and Sustainable Science and Technology (National Chung Hsing University, Taiwan)
  • [学会発表] 新しい可動遺伝因子グループSEの転移経路と宿主域2023

    • 著者名/発表者名
      矢野 大和, イドラ デスミラ , 森宙史, 永田裕二, 野中 里佐
    • 学会等名
      日本微生物生態学会36回大会
  • [学会発表] Cupriavidus-Sphingobium 属細菌株間の相互作用2023

    • 著者名/発表者名
      平野 翔子 、Xiong Zhiyu 、佐子川 さやか、加藤 広海、大坪 嘉行、永田 裕二
    • 学会等名
      日本微生物生態学会36回大会
  • [学会発表] Temporal Evolution and Forces Shaping Bacterial Populations in Cultured Soil Consortia2023

    • 著者名/発表者名
      Leonardo Stari, Hiromi Kato, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata
    • 学会等名
      日本微生物生態学会36回大会

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公開日: 2024-12-25  

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