大規模家系ゲノムデータ解析によるDenovo遺伝子変異の父年齢効果関連遺伝子座の同定

2023 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 22K20751
• 研究種目: 研究活動スタート支援
• 配分区分: 基金
• 審査区分: 0802:生体の構造と機能およびその関連分野
• 研究機関: 国立研究開発法人理化学研究所
• 研究代表者: 水野 翔太 国立研究開発法人理化学研究所, 脳神経科学研究センター, 特別研究員 (80962969)
• 研究期間 (年度): 2022-08-31 – 2024-03-31
• キーワード: 父年齢効果 / デノボ変異 / GWAS / ゲノム

研究成果の概要

本研究では、子のゲノムのみで検出される新規の遺伝子変異であるDe novo変異（DNM）に関する父年齢効果（PAE）のGWAS解析を実施した。研究期間中にSPARKコホート約3000家系についてDNMコールを実施し、常染色体上における平均59（SD±13）個のDNMを新たに同定した。データQC後の家系の父親について、約800万ヶ所のSNPを用いたPAEのGWASを実施し、弱い関連性（P＜1E-5）を示すSNP95ヶ所を同定したが、ゲノムワイド有意水準（P＜5E-8）を満たすSNPは得られなかった。

自由記述の分野

ゲノム医科学

研究成果の学術的意義や社会的意義

主に父親の生殖細胞での突然変異に由来するDNMは、集団における選択圧に影響されないことから、多様なヒト疾患で大きなリスクとなる。DNM数の父年齢依存的な増加には家系間での大きな差異が報告されているが、その要因は明らかとされていない。本研究が発展する事により、DNMの増減に関連する遺伝子座や関連する分子機構を明らかとされ、DNM発生リスクの推定やゲノム医療への貢献が期待される。