| 研究課題/領域番号 |
22K20958
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| 研究機関 | 名古屋大学 |
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研究代表者 |
佐治木 愛 名古屋大学, 医学部附属病院, 医員 (50955672)
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| 研究期間 (年度) |
2022-08-31 – 2024-03-31
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| キーワード | 加齢黄斑変性 / 長鎖シークエンサー / 光干渉断層計 / 光干渉断層血管撮影 / メタゲノム解析 |
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| 研究実績の概要 |
眼内液からDNAを精製・抽出し、長鎖シークエンサーで得られたfastqデータを解析し、メタゲノム解析を行った。眼内液からの微生物の検出法を最適化し、現時点までは主にコントロールとなる加齢黄斑変性以外の疾患について解析した。ウイルスDNAと比較して細菌DNAでは避けられないコンタミと思われる結果の解釈を行い、病態に影響しうる微生物を抽出している。得られたゲノムはIGVで可視化を行い、qPCRでのバリデーションを行った。眼内から検出された微生物と、臨床情報との関連について統計学的手法を用いて解析した。長鎖シークエンサーの眼内微生物の検出精度もqPCRと比較した。これらの結果から、長鎖シークエンサーを用いた眼内液の微生物の検出手技の確立や、加齢黄斑変性での検出結果の評価の基盤を作ることができた。
また、加齢黄斑変性の病型ごとの網膜の状態を、光干渉断層計、光干渉断層血管撮影を用いて観察し、画像検査上の特徴を元に分類した。近年普及してきている光干渉断層血管撮影を用いることで、侵襲的な検査をせずに病型の診断を行うことができ、その有用性を示した。このことは、臨床での加齢黄斑変性の診断を容易にし、病型に応じた適切な治療を提供することに繋がる。これらのことから、本研究が目的とする眼内環境と網膜形態の評価における、加齢黄斑変性の網膜形状解析の前提となる知見を得ることができた。
眼内液から検出された微生物、検出法、網膜の形状の解析について、ここまでの結果は一部論文化し投稿中である。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
昨年度は、本研究で行う予定である、網羅的遺伝子解析、微生物特異的な解析、眼内生理活性物質の測定、画像検査のうち、網羅的遺伝子解析と微生物特異的な解析、画像検査を一部サンプルに対して試行し、長鎖シークエンサーによる検出手技とその下流の分析法や画像検査法の確立を行うことができた。次年度は予定通り加齢黄斑変性の眼内液に対する眼内微生物の探索や生理活性物質の測定と、画像検査を継続する予定である。
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| 今後の研究の推進方策 |
次年度は、加齢黄斑変性の眼内液からゲノムを抽出・精製し、長鎖シークエンサーでシークエンスを行い、そこで得られたゲノムデータを用いて網羅的遺伝子解析を行っていく予定である。網羅的遺伝子解析で検出された微生物を特定し、生理活性物質を含む眼内環境や網膜形状との関連を調べ、加齢黄斑変性の病態の新たな知見を得ることを目指す。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
今年度、加齢黄斑変性に対するシークエンス試行数が予定よりも少なかったためシークエンス費用が少なくなり、次年度使用額が生じた。次年度にその分の解析を行う予定である。また、解析に必要な機材の取得や発表等のために使用予定である。
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