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2022 年度 実績報告書

アーキア遺伝子のカタログ化に基づく細胞複雑化への進化的変遷の解明

研究課題

研究課題/領域番号 22F22379
配分区分補助金
研究機関国立研究開発法人産業技術総合研究所

研究代表者

延 優 (NOBUMASARU・KONISHI)  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 主任研究員 (40805644)

研究分担者 MEI RAN  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 外国人特別研究員
研究期間 (年度) 2022-11-16 – 2025-03-31
キーワードBioinformatics / Archaea / Genes
研究実績の概要

We collected archaeal genomes public databases and, with the workstation purchased using this funding, performed computationally demanding analyses, such as gene function annotation, species pangenome construction, prediction of protein families/superfamilies, and homology analyses. We also performed iterative Markov-clustering-based approaches to cluster all archaeal gene sequences into homologous groups. Evaluating the functional consistency in each cluster showed that most clusters associated with known functions do not include homologs of other function, indicating success of the approach (to a certain degree).

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

The project is proceeding as planned.

今後の研究の推進方策

In the next steps we will further refine the clustering and further predict the evolutionary history of each gene/function (i.e., vertical inheritance, lateral gene transfer, and gene loss). We will look to compare ancient and recent evolution of function tied with the emergence of primordial and younger archaeal lineages. One target will be tying such evolution with acetogenesis, methanogenesis and eukaryogenesis.

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公開日: 2023-12-25  

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