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2022 年度 実績報告書

包括的マルチオミクス解析による呼吸器難治性疾患の時空間的病態解明と創薬への応用

研究課題

研究課題/領域番号 22J30004
配分区分補助金
研究機関東京大学
特別研究員 中西 智子  東京大学, 医学系研究科, 特別研究員(PD)
研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2026-03-31
キーワードCOVID-19 / IPF
研究実績の概要

特発性肺線維症約100 名約200個の血液検体と、健常者約50個の血液検体からRNAを抽出し、全トランスクリプ トーム解析を行い、現在データ解析中である。
特発性肺線維症の肺組織8例、健常肺2例を用いて組織マイクロアレイコアを作成し、空間遺伝子発現プロファイリング解析を実施するために、マギル大学へ輸送した。
また、既存の選択的RNAスプライシングとCOVID-19重症化/疾患感受性に対するゲノムワイド関連解析に対してメンデルランダム化解析、選択的RNAスプライシングとCOVID-19の因果関係を推定した。肺でのOAS1、ATP11A、DPP9、NPNTの選択的RNAスプライシングがCOVID-19重症化に関わっていることが推定された。また肺でのMUC1とPMF1の選択的RNAスプライシングはCOVID-19疾患感受性に関わっていることが推定された。
さらに、前年度より継続して、LongCOVIDに対する国際共同研究(ゲノムワイド関連解析)を実施する国際コンソーシアム(LongCOVID Host Genetics Initiative)を主導しており、11コホートより集積した症例3,018名、コントロール994,582名を対象としたゲノムワイド関連解析のメタ解析を実施し、FOXP4遺伝子近傍のrs9367106:G>Cを有する場合にLongCOVIDの発症リスクが高いことがわかった(オッズ比 1.63, p=1.8x10-10)。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

本年度は、血液検体からのRNA抽出、全トランスクリプトーム解析を行い、概ね予定通りの検討を進めている。

今後の研究の推進方策

特発性肺線維症と健常者の血液から得られた全ゲノムシークエンス結果と全トランスクリプトーム解析結果を統合し、以下の下流解析を進めていく。
1) 特発性肺線維症と健常者の遺伝子発現変動解析
2) 特発性肺線維症の進行例/非進行例間で比較した遺伝子発現変動解析
3) ゲノム情報と遺伝子発現量の関連解析

  • 研究成果

    (10件)

すべて 2023 2022 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 5件、 オープンアクセス 5件、 査読あり 3件) 学会発表 (2件) (うち国際学会 2件、 招待講演 1件) 図書 (1件)

  • [国際共同研究] McGill University(カナダ)

    • 国名
      カナダ
    • 外国機関名
      McGill University
  • [国際共同研究] Uppsala University(スウェーデン)

    • 国名
      スウェーデン
    • 外国機関名
      Uppsala University
  • [雑誌論文] Proteome-wide Mendelian randomization implicates nephronectin as an actionable mediator of the effect of obesity on COVID-19 severity2023

    • 著者名/発表者名
      Yoshiji Satoshi、Butler-Laporte Guillaume、Lu Tianyuan、Willett Julian Daniel Sunday、Su Chen-Yang、Nakanishi Tomoko、et al.
    • 雑誌名

      Nature Metabolism

      巻: 5 ページ: 248~264

    • DOI

      10.1038/s42255-023-00742-w

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Increasing serum iron levels and their role in the risk of infectious diseases: a Mendelian randomization approach2023

    • 著者名/発表者名
      Butler-Laporte Guillaume、Farjoun Yossi、Chen Yiheng、Hultstrom Michael、Liang Kevin Y H、Nakanishi Tomoko、Su Chen-Yang、Yoshiji Satoshi、Forgetta Vincenzo、Richards J Brent
    • 雑誌名

      International Journal of Epidemiology

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1093/ije/dyad010

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Alternative splicing in the lung influences COVID-19 severity and respiratory diseases2022

    • 著者名/発表者名
      Nakanishi Tomoko、Farjoun Yossi、Willett Julian、Allen Richard J.、Guillen-Guio Beatriz、Zhou Sirui、Richards J. Brent
    • 雑誌名

      medRxiv

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1101/2022.10.18.22281202

    • オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A second update on mapping the human genetic architecture of COVID-192022

    • 著者名/発表者名
      The COVID-19 Host Genetics Initiative
    • 雑誌名

      medRxiv

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1101/2022.12.24.22283874

    • オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Dehydration is associated with production of organic osmolytes and predicts physical long-term symptoms after COVID-19: a multicenter cohort study2022

    • 著者名/発表者名
      Hultstrom Michael、Lipcsey Miklos、Morrison Dave R.、Nakanishi Tomoko、Butler-Laporte Guillaume、Chen Yiheng、Yoshiji Satoshi、Forgetta Vincenzo、Farjoun Yossi、Wallin Ewa、Larsson Ing-Marie、Larsson Anders、Marton Adriana、Titze Jens Marc、Nihl?n Sandra、Richards J. Brent、Frithiof Robert
    • 雑誌名

      Critical Care

      巻: 26 ページ: -

    • DOI

      10.1186/s13054-022-04203-w

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Clinical implications of COVID-19 genetics. How can we use genetic risk to improve patient care?2022

    • 著者名/発表者名
      Nakanishi Tomoko
    • 学会等名
      The American Society of Human Genetics 2022 Annual Meeting
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Lung-specific alternative splicing is a shared etiological risk for COVID-19 severity and chronic respiratory diseases.2022

    • 著者名/発表者名
      Nakanishi Tomoko
    • 学会等名
      The American Society of Human Genetics 2022 Annual Meeting
    • 国際学会
  • [図書] 呼吸器内科第42巻第6号 特集 びまん性肺疾患の診断と治療の進歩2022

    • 著者名/発表者名
      中西智子、半田知宏
    • 総ページ数
      5
    • 出版者
      科学評論社

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公開日: 2024-12-25  

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