| 研究課題/領域番号 |
21J01519
|
|---|
| 配分区分 | 補助金 |
|---|
| 研究機関 | 京都大学 |
|---|
研究代表者 |
辻 冴月 京都大学, 理学研究科, 特別研究員(PD)
|
|---|
| 研究期間 (年度) |
2021-04-28 – 2024-03-31
|
| キーワード | 琵琶湖 / アユ / 陸封 / 回遊多型 / 遺伝基盤 / リシーケンス |
|---|
| 研究実績の概要 |
本研究では、両側回遊性を持った海アユが琵琶湖へ進出し、気候変動下で回遊型を多様化させた遺伝基盤、そして時空間的に不均質な湖・河川環境における集団内の回遊多型の維持機構を明らかにすることを目的としている。当該年度は主に、リシーケンス解析によって回遊型の多様化に関与した遺伝基盤について検討を行った。
琵琶湖に流入する規模の異なる4河川（大河川：安曇川・天野川、小河川：和邇川・塩津大川）を調査河川に設定した。各調査河川において、海アユと同じように春に琵琶湖から遡上してきた春遡河アユ、および夏中を琵琶湖で過ごし秋の産卵期前に遡上してきた秋遡河アユをそれぞれ60尾捕獲した。各河川・各遡上群について、それぞれ12尾の組織DNAを抽出し、リシーケンス解析に供した。
リシーケンス解析では、ライブラリ調整プロトコルの検討と改良を重ね、安価に多数個体のライブラリを作成する実験系を確立した。調整したライブラリについて、Hiseq Xによるシーケンスを行ったところ、全個体からゲノムサイズの×7～16のカバレッジで良好なゲノムシーケンスデータを得ることができた。
得られたシーケンスデータをリファレンスゲノム上にマッピングし、回遊型間で顕著な頻度差・分化を示す一塩基多型（SNP）をゲノムワイドに探索した。その結果、約15SNPが候補として選択された。そのため、現在は候補SNP周辺の遺伝子の特性解明に向けた解析を進めている。
|
| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
2021年度は、計画していた全てのサンプリングとリシーケンス解析のプロトコル検討および技術習得を滞りなく進めることができた。現在までに、期待通り回遊型の異なる琵琶湖陸封アユ集団内の2群間（春遡河群および秋遡河群）に遺伝的な違いがあることを示唆する結果が得られていることから、研究全体として「おおむね順調に進展している」と評価する。
|
| 今後の研究の推進方策 |
昨年度に引き続き、4本の調査河川において春遡河アユおよび秋遡河アユをそれぞれ捕獲し、リシーケンス解析に供する（2年目サンプル）。2年間のリシーケンスデータを比較し、共通するSNPに回遊型間で顕著な頻度差・分化がみられるかを検討する。さらに、回遊多型の維持機構について検討するため、産卵期には精子由来の環境DNAを選択的に収集・モニタリングし、回遊型間で違いの見られたSNPの頻度が時空間的に変化するかを調べる。
|
