| 研究課題/領域番号 |
22J00445
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 研究機関 | 国立研究開発法人国立環境研究所 |
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| 特別研究員 |
青木 聡志 国立研究開発法人国立環境研究所, 生物多様性領域, 特別研究員(PD)
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| 研究期間 (年度) |
2022-04-22 – 2025-03-31
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| キーワード | 遺伝的多様性 / アリル頻度 / 塩基多様度 / Watterson’s theta |
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| 研究実績の概要 |
新規遺伝的多様度指標に関する論文の査読対応を終えて出版した。査読コメントに応じて追加の低い移住率や遺伝的指標（ヘテロ接合度・Watterson’s theta）についてもシミュレーションと算出を行った。ごく低い移住率と移住の少ない分集団構造を組み合わせた場合において、新規多様度は塩基多様度より数%ほど推定値の標準偏差が大きくなった。しかし、低移住率と移住の少ない分集団構造下では種分化が促進されるため、単一分類群を対象に新規多様度を適用する限りこれは大きな問題にならないだろうと推測された。ヘテロ接合度は塩基多様度や新指標と同程度の推定精度を与えた一方で、Watterson’s thetaは推定の偏りが平均で31％と大きく、今回の実験の設定下では実用的でないと考えられた。また、査読対応中の考察の中で、新指標と塩基多様度の数値の大小を比較することで系統的に遠縁なアリルが近縁なアリルより頻度が高いか否かを判断できることを発見した。分集団が分断せず、集団サイズが安定ないし増加していれば多くの場合、近縁なアリルの方が多く、塩基多様度＞新指標となる。逆に新指標＞塩基多様度の場合は、分集団の分断や集団サイズの縮小が推測される。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
当初の予定通り2年目までに新規遺伝的多様性に関する研究および未観測アリルに関する研究を終えることができたため。
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| 今後の研究の推進方策 |
アリル頻度の空間内挿を行う基本的なプログラムは既に完成しているため、今後は様々なデータセットを使ってプログラムの検証を行い、必要なデバッグや改良を加えたのちRパッケージとしてプログラムをとりまとめて公開し、論文化を進める予定である
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