| 研究課題/領域番号 |
19J40070
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 研究機関 | 国立研究開発法人国立国際医療研究センター |
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研究代表者 |
矢原 寛子 国立研究開発法人国立国際医療研究センター, ゲノム医科学プロジェクト, 特別研究員(RPD)
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| 研究期間 (年度) |
2020-01-06 – 2024-03-31
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| キーワード | 顎骨骨髄炎 / バイオマーカー / RNA-Seq / メタゲノム / 微生物叢 |
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| 研究実績の概要 |
顎骨骨髄炎の中に細菌性の疾患と免疫系の恒常性維持に異常を来した疾患が混在していることに着目し、両者を識別するバイオマーカーを探索する研究計画の中で、本年度は、昨年度までに収集させて頂いた健常者と非細菌性顎骨骨髄炎患者の血液から抽出したRNAを対象とした、１サンプル6Gb以上のRNA-Seqデータを解析した。国立遺伝学研究所のRhelixaパイプラインで、データのQuality Controlから遺伝子あたりのリード数のカウントまでを行い、それを標準化したTPM値を遺伝子発現量の指標として解析した。解析にあたっては、小サンプルのデータにも適用可能で、遺伝子どうしの発現量の関係をネットワークとして推定し、患者に特徴的なサブネットワークを明らかにする方法を用いた。解析の結果、9個のサブネットワークを同定し、その中には患者に特徴的な36個の遺伝子が含まれており、そのうちglycophorin C (GYPC) が最も、患者と健常者の判別に有効（感度73%、特異度78%）であることを明らかにした。GYPCは、赤血球の安定性の制御に重要な役割を果たすことが知られており、GYPC遺伝子の発現量が大半の患者で健常者よりも低いことから、非細菌性顎骨骨髄炎患者で赤血球の異常が生じていることが示唆された。以上の結果をまとめた論文を国際雑誌に出版すると同時に、口腔外科学会で優秀ポスター賞を受賞した。さらに、細菌性骨髄炎と非細菌性骨髄炎に特徴的で発症の引き金になり得る口腔内微生物が存在するかどうかを明らかにするために、両疾患の患者から収集させて頂いた唾液のショットガンメタゲノムデータの比較解析を進めている。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
計画していた実験・データ取得を一通り終了し、成果論文を国際誌に出版し、学会発表で賞を頂くことができた。
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| 今後の研究の推進方策 |
引き続き唾液のショットガンメタゲノムデータの比較解析を進め、2023年度中に論文にまとめることを目指す。
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