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2012 年度 実績報告書

遺伝子破壊細胞を使った、化学物質の生物効果をハイスループットに解析するシステム

研究課題

研究課題/領域番号 23221005
研究機関京都大学

研究代表者

武田 俊一  京都大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (60188191)

研究分担者 廣田 耕志  首都大学東京, 理工学研究科, 教授 (00342840)
山田 亮  京都大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (50301106)
岡田 徹也  京都大学, 理学(系)研究科(研究院), 助教 (70378529)
笹沼 博之  京都大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (00531691)
清水 宏泰  大阪医科大学, 医学部, 准教授 (60340551)
研究期間 (年度) 2011-05-31 – 2016-03-31
キーワード有害化学物質 / ハイスループットスクリーニング / 遺伝毒物学 / 発がん物質 / 変異原
研究概要

本研究の目的は、(1)有害化学物質をハイスループットに同定するバイオアッセイを樹立することと、(2)変異原性(発がん性)の作用機序を分子レベルで解明することにある。
(1)有害化学物質を同定するバイオアッセイを樹立:米国立医学保健研究所(NIH)に研究員を派遣してプロジェクトを進めている。
(2)変異原性の作用機序解析
(2-1)染色体検査で見つかる断裂の作用機序解析:化学物質の変異原性を証明するのに、化学物質で曝露した細胞の分裂期染色体を観察することが広く使われる。この手法を染色体検査と呼ぶ。我々は、染色体検査で見つかる断裂が、DNA2重鎖切断が原因でない場合があることを証明した(Fujita, M. et al., PLoS One, 2013)。抗がん治療薬、5-FUは染色体断裂を起こす(すなわち変異原性がある)が故に、X放射線のようにDNA2重鎖切断を誘導することによってがん細胞を殺すと考えられてきた。その考えは、我々の研究によって、誤っていることが解明できた。
(2-2)Mus81とXPFの機能重複:Mus81とXPFとの2重欠損細胞を作製することによって、両方のDNA切断酵素が相同組換えの後期に機能し、かつ互いに相補性があることが証明できた。DNA損傷するタイプの抗がん治療(放射線、シスプラチン、トポデカン等)のうち、特にシスプラチンによって生じたDNA損傷を修復する場合に、両方のDNA切断酵素は相補し合いながらDNA修復する(Kikuchi, K. et al., Cancer Res., 2013)。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

(1)有害化学物質を同定するバイオアッセイを樹立
我々は、既に変異原性をハイスループットに同定するバイオアッセイを樹立した。その妥当性を検証する目的で、米国立医学保健研究所(NIH)に派遣した。NIHには、妥当性を検証する目的で創られた1,800種類(フェーズ1)と11,000種類(フェーズ2)のゴールデンスタンダード化学物質ライブラリー(その生物効果が詳細に解っている化学物質から成る)を持っている(同様のものが国内にはない)。我々のバイオアッセイを使ってフェーズ1ライブラリーを解析する作業が2011年に終わった。米国のNational Toxicology Programがフェーズ2ライブラリーを樹立する作業が当初の予定より1年近く伸びたので、その分、本研究の進展が遅れた。
(2)変異原性の作用機序解析
(2-1)SILAC (Stable Isotope Labeling using Amino acids in Cell culture)法をニワトリDT40細胞株の為に最適化:DNA損傷が不正確に修復される結果、変異が発生する。この分子機構を解明するのにプロテオーム解析、とくにSILACのような次世代プロテオーム解析は必須である。プロテオーム解析の感度を上げる目的で、DT40細胞のトランスクリプトームを工樂博士(神戸・理化学研究所)と共同して2012年度に解析した。このデータベースによって、ニワトリの系統間にあるゲノム配列の多型性を気にすることなく、質量分析のデータからタンパク分子を同定する作業ができるようになった。
(2-2)PARP DNA修復酵素を阻害する抗がん治療薬の作用機序解析:米国に派遣していた村井助教(2012年10月着任)が論文発表した(Murai, J. et al., Cancer Res., 2013)。

今後の研究の推進方策

(1)有害化学物質を同定するバイオアッセイを樹立:フェーズ1ライブラリーの実験結果が良好であったので、NIHに研究員を派遣して、昨年末からフェーズ2ライブラリーを解析する作業を開始している。
(2)変異原性の作用機序解析
(2-1)SILAC (Stable Isotope Labeling using Amino acids in Cell culture)法をニワトリDT40細胞株の為に最適化:DNA損傷が不正確に修復される結果、変異が発生する。この分子機構を解明するのにプロテオーム解析、とくにSILACのような次世代プロテオーム解析は必須である。プロテオーム解析の感度を上げる目的で、DT40細胞のトランスクリプトームを工樂博士(神戸・理化学研究所)と共同して2012年度に解析した。このデータベースによって、ニワトリの系統間にあるゲノム配列の多型性を気にすることなく、質量分析のデータからタンパク分子を同定する作業ができるようになった。
(2-2)SILACによる、DNA損傷発生後のユビキトームおよびフォスプォトーム解析:DNA損傷が発生すると、様々なキナーゼとユビキチン化酵素とが活性化される。これらの酵素は互いに重複した機能を持つ場合が多い。我々は、この重複した機能を解析する目的で、複数種類のキナーゼ(例、ATMとATR)や複数種類のユビキチン化酵素(例、RNF8とRNF168)の多重遺伝子破壊を系統的に作製している。様々なDNA損傷誘導処理(例、X放射線やシスプラチン)の前後や、野生型と遺伝子破壊細胞のあいだで、ユビキトームおよびフォスプォトームをSILACを使って解析することを2013年度から開始する。この実験により各酵素(キナーゼとユビキチン化酵素)の基質を網羅的に同定できる。

  • 研究成果

    (27件)

すべて 2013 2012 その他

すべて 雑誌論文 (11件) (うち査読あり 11件) 学会発表 (13件) (うち招待講演 4件) 図書 (1件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Structure-specific endonucleases Xpf and Mus81 play overlapping but essential roles in DNA repair by homologous recombination.2013

    • 著者名/発表者名
      Kikuchi K
    • 雑誌名

      Cancer Res.

      巻: in press ページ: in press

    • DOI

      10.1158/0008-5472.CAN-12-3154

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Interference in DNA replication can cause mitotic chromosomal breakage unassociated with doublestrand breaks.2013

    • 著者名/発表者名
      Fujita M
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 8 ページ: e60043

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0060043

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Trapping of PARP1 and PARP2 by Clinical PARP Inhibitors.2012

    • 著者名/発表者名
      Murai J
    • 雑誌名

      Cancer Res.

      巻: 72 ページ: 5588-5599

    • DOI

      10.1158/0008-5472.CAN-12-2753

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The SUMO protease SENP1 is required for cohesion maintenance and mitotic arrest following spindle poison treatment.2012

    • 著者名/発表者名
      Era S
    • 雑誌名

      Biochem Biophys Res Commun.

      巻: 426 ページ: 310-316

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2012.08.066

    • 査読あり
  • [雑誌論文] TDP2 promotes repair of topoisomerase I-mediated DNA damage in the absence of TDP1.2012

    • 著者名/発表者名
      Zeng Z
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: 40 ページ: 8371-8380

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The helicase domain and C-terminus of human RecQL4 facilitate replication elongation on DNA templates damaged by ionizing radiation.2012

    • 著者名/発表者名
      Kohzaki M
    • 雑誌名

      Carcinogenesis

      巻: 33 ページ: 1203-1210

    • DOI

      10.1093/carcin/bgs149

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Potentials and mechanisms of genotoxicity of six pharmaceuticals frequently detected in freshwater environment.2012

    • 著者名/発表者名
      Liu X
    • 雑誌名

      Toxicol Lett.

      巻: 211 ページ: 70-76

    • DOI

      10.1016/j.toxlet.2012.03.003.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 (TDP1) repairs DNA damage induced by topoisomerases I and II and base alkylation in vertebrate cells.2012

    • 著者名/発表者名
      Murai J
    • 雑誌名

      J Biol Chem.

      巻: 287 ページ: 12848-12857

    • DOI

      10.1074/jbc.M111.333963

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A central coupler for recombination initiation linking chromosome architecture to S phase checkpoint.2012

    • 著者名/発表者名
      Miyoshi T
    • 雑誌名

      Mol Cell

      巻: 47 ページ: 722-733

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2012.06.023

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Population model-based inter-diplotype similarity measure for accurate diplotype clustering.2012

    • 著者名/発表者名
      Onuki R
    • 雑誌名

      J Comput Biol.

      巻: 19 ページ: 55-67

    • DOI

      10.1089/cmb.2010.0227

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genetic polymorphisms of the human PNPLA3 gene are strongly associated with severity of non-alcoholic fatty liver disease in Japanese.2012

    • 著者名/発表者名
      Kawaguchi T
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 7 ページ: e38322

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0038322

    • 査読あり
  • [学会発表] 染色体断裂はいつもDNA2重鎖切断が原因とは限らない2013

    • 著者名/発表者名
      Hirota K
    • 学会等名
      第72回日本癌学会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      20131003-20131005
    • 招待講演
  • [学会発表] 遺伝子破壊ニワトリBリンパ球を用いたクロロ酢酸のDNA障害とアポトーシス阻害の検討2013

    • 著者名/発表者名
      清水 宏泰
    • 学会等名
      第83回日本衛生学会学術総会
    • 発表場所
      金沢
    • 年月日
      20130324-20130326
  • [学会発表] Genetic and Biochemical evidence for translesion DNA synthesis by replicative DNA polymerase delta2013

    • 著者名/発表者名
      Murai J
    • 学会等名
      Keystone Symposia Conference, Genomic Instability and DNA Repair
    • 発表場所
      Banff, Canada
    • 年月日
      20130303-20130308
  • [学会発表] 遺伝学的手法を応用した、新規抗がん剤のスクリーニングとその作用機序の解析2013

    • 著者名/発表者名
      武田 俊一
    • 学会等名
      金沢大学薬学シンポジウム2012 -DNA損傷応答を標的とした革新的がん創薬研究-
    • 発表場所
      金沢
    • 年月日
      20130219-20130219
    • 招待講演
  • [学会発表] SUMO-targetted Ubiquitin Ligase RNF4 Guards Genome Stability by suppressing error-prone Homologous Recombination2012

    • 著者名/発表者名
      Hirota K
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会
    • 発表場所
      博多
    • 年月日
      20121214-20121216
    • 招待講演
  • [学会発表] Analysis of homologous recombination using the chicken B cell line, DT402012

    • 著者名/発表者名
      Takeda S
    • 学会等名
      IFOM-Kyoto University Joint Symposium, Mechanisms of cell transformation and metastasis
    • 発表場所
      Milan, Italy
    • 年月日
      20121025-20121027
  • [学会発表] 単調減少モデルによる遺伝毒性ハイスループットスクリーニングの解析2012

    • 著者名/発表者名
      藤井 庸祐
    • 学会等名
      日本人類遺伝学会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      20121025-20121027
  • [学会発表] Xpf and Mus81 are required to process homologous recombination intermediates2012

    • 著者名/発表者名
      Takeda S
    • 学会等名
      EMBO Workshop, Structure-specific nucleases in DNA replication and repair
    • 発表場所
      Hyeres, France
    • 年月日
      20120916-20120920
  • [学会発表] Genetic and Biocheical evidence for translesion DNA synthesis by replicative DNA polymerase delta2012

    • 著者名/発表者名
      Takeda S
    • 学会等名
      Gordon Research Conference, Mutagenesis
    • 発表場所
      Newport, USA
    • 年月日
      20120819-20120824
  • [学会発表] ER-associated degradation component EDEM promotes degradation of ER stress sensor ATF6 in vertebrate cells2012

    • 著者名/発表者名
      Horimoto S
    • 学会等名
      FASEB Summer Research Conferences”Protein Folding in the Cell”
    • 発表場所
      Saxton's River, USA
    • 年月日
      20120729-20120803
  • [学会発表] ERAD因子EDEMsは、小胞体におけるメジャーなマンノシダーゼである~ニワトリDT40細胞を用いたEDEM1/2/3トリプルKO細胞の解析~2012

    • 著者名/発表者名
      蜷川 暁
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      20120620-20120622
    • 招待講演
  • [学会発表] Isotonic regression-based method for high throughput genotoxicity screenings2012

    • 著者名/発表者名
      Fujii Y
    • 学会等名
      Congress of the European Societies of Toxicology
    • 発表場所
      Stockholm, Sweden
    • 年月日
      20120617-20120620
  • [学会発表] Rad51AP1, Rad54 and Rad54B play an overlapping role in strand exchange in homologous DNA recombination, and are essential for genome maintenance in higher eukaryotes2012

    • 著者名/発表者名
      Takeda S
    • 学会等名
      EMBO Workshop, Recombination Mechanisms and Genome Instability
    • 発表場所
      Jerez de la Frontera, Spain
    • 年月日
      20120521-20120525
  • [図書] 月刊血液内科 血液内科領域における抗腫瘍薬の作用機序・副作用に基づく使い分け シスプラチン耐性の分子機構2012

    • 著者名/発表者名
      笹沼 博之
    • 総ページ数
      6
    • 出版者
      科学評論社
  • [備考] DNAが切れていないのに発生する染色体断裂の発見-ヒトの被爆線量を測定する手法に異議あり-

    • URL

      http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/news_data/h/h1/news6/2013/130404_1.htm

  • [備考] 京都大学大学院 理学研究科 森研究室

    • URL

      http://www.upr.biophys.kyoto-u.ac.jp/research/

URL: 

公開日: 2014-07-24  

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