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2013 年度 実績報告書

生命現象の階層ダイナミクスの実空間モデリング

研究課題

研究課題/領域番号 23240044
研究機関同志社大学

研究代表者

吉川 研一  同志社大学, 生命医科学部, 教授 (80110823)

研究分担者 市川 正敏  京都大学, 理学(系)研究科(研究院), 講師 (40403919)
元池 育子  東北大学, 東北メディカル・メガバンク機構, 助教 (70347178)
湊元 幹太  三重大学, 工学(系)研究科(研究院), 講師 (80362359)
研究期間 (年度) 2011-04-01 – 2016-03-31
キーワード時空間秩序 / 生命物理学 / ゲノムDNA / 細胞のモデリング / 形態形成のモデル / DNA二本鎖損傷 / DNA高次構造 / 細胞サイズ小胞
研究概要

本研究は、近年、急展開してきたタンパク質やDNA等の個々の生体「部品」に関する基本的な物性理解に基づき、非平衡開放系の特質を示す生命体の巧妙な機能の本源的な理解を深めることを目的としている。
1)ゲノムDNAの高次構造と機能: 本年度は、特に100キロ塩基対を越えるサイズのゲノムDNAの二本鎖損傷に関して大きな研究の伸展があった。g-線によって引き起こされるDNAの二本鎖損傷については、DNA濃度の逆数と二本鎖損傷確率が、特に、低線量領域で線形の関係にあることを見出した。このような現象については、g-線によって生じる活性種の拡散距離を考慮にいれることにより、理論的な説明が可能となっている。また、超音波によりDNAの二本鎖損傷に関しても研究が進展した。重要な発見は、超音波による損傷には閾値が存在し、それいかでは損傷が起こらず、閾値以上では、超音波のパワーに対して線形に損傷が増大する。2)細胞レベル:細胞の実空間モデリングの実験系として、細胞サイズのりん脂質小胞の作成手法に関して、大きな進展があった。界面を介しての透過の速度過程を、底面からの観察と、側面観察の双方で行うことに成功した。さらに、実験で得られた速度過程を、偏微分方程式で定式化することができている。その結果、サイズが数十μm程度の細胞サイズliposomeは、この界面透過法での作成に適していることが、明らかとなった。この手法では、任意の高濃度のたんぱく質、基質、DNAなどを、liposome内に封入することが可能であり、今後、細胞のモデリングの研究の基本的な実験手法として大いに発展することが期待される。3)歯の形成過程で、細胞の袋状の形態から対称性が破れて陥入が起こる過程に関して、上皮細胞と実質細胞で、細胞分裂にともなうストレスの違いが直接関係しているとの、理論的モデルを考案し、実際の観察結果を数理的に再現することに成功している。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

DNAの二本鎖損傷に関して、γ線や超音波の効果などこれまでにない、新しい知見が得られている。これは、臨床医学などにも直接関係する大きな成果である。本来の研究目的に関しても順調に進展する中、このように当初の予想を超えて研究が進んできている。

今後の研究の推進方策

研究は順調に進展している。多細胞による形態形成に関しても、論文の最終的な採択へ向けて推敲中である。今後の研究の発展が期待できる。

  • 研究成果

    (13件)

すべて 2013 その他

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 7件) 学会発表 (5件) (うち招待講演 5件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Dynamical formation of lipid bilayer vesicles from lipid-coated droplets across a planar monolayer at an oil/water interface2013

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Ito, Toru Yamanaka, Shou Kato, Tsutomu Hamada, Masahiro Takagi, Masatoshi Ichikawa and Kenichi Yoshikawa
    • 雑誌名

      Soft Matter

      巻: 9 ページ: 9539-9547

    • DOI

      10.1039/C3SM51766G

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effect of low-frequency ultrasound on double-strand breaks in giant DNA molecules2013

    • 著者名/発表者名
      Kenji Yoshida, Naoki Ogawa, Kagawa Yukihiro, Hiraku Tabata, Yoshiaki Watanabe, Takahiro Kenmotsu, Yuko Yoshikawa and Kenichi Yoshikawa
    • 雑誌名

      Applied Physics Letters

      巻: 103 ページ: 063705/1-3

    • DOI

      10.1063/1.4818125

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Back-and-forth micromotion of aqueous droplets in a dc electric field2013

    • 著者名/発表者名
      Tomo Kurimura, Masatoshi Ichikawa, Masahiro Takinoue and Kenichi Yoshikawa
    • 雑誌名

      Physical Reviews E

      巻: 88 ページ: 042918/1-5

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.88.042918

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural change of DNA induced by nucleoid proteins: Growth phase-specific Fis and stationary phase-specific Dps2013

    • 著者名/発表者名
      Yuko T. Sato, Shun N. Watanabe, Takahiro Kenmotsu, Masatoshi Ichikawa, Yuko Yoshikawa, Jun Teramoto, Tadayuki Imanaka, Akira Ishihama and Kenichi Yoshikawa
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 105 ページ: 1037-1044

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2013.07.025

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Controlling negative and positive photothermal migration of centimeter-sized droplets2013

    • 著者名/発表者名
      Masatoshi Ichikawa, Fumi Takabatake, Keitaro Miura, Takafumi Iwaki, Nobuyuki Magome and Kenichi Yoshikawa
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 88 ページ: 012403/1-8

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.88.012403

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Probability of double-strand breaks in genome-sized DNA by γ-ray decreases markedly as the DNA concentration increases2013

    • 著者名/発表者名
      Shunsuke F Shimobayashi, Takafumi Iwaki, Toshiaki Mori and Kenichi Yoshikawa
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics

      巻: 138 ページ: 174907/1-5

    • DOI

      10.1063/1.4802993

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Self-organized Archimedean Spiral Pattern: Regular Bundling of Fullerene through Solvent Evaporation2013

    • 著者名/発表者名
      Yongjun Chen, Kosuke Suzuki, Hitoshi Mahara, Kenichi Yoshikawa and Tomohiko Yamaguchi
    • 雑誌名

      Applied Physics Letters

      巻: 102 ページ: 041911/1-5

    • DOI

      10.1063/1.4789906

    • 査読あり
  • [学会発表] How does the higher-order structure of DNA concern with genetic functions?

    • 著者名/発表者名
      Kenichi Yoshikawa
    • 学会等名
      The International Conference on Medical Physics
    • 発表場所
      Brighton, UK
    • 招待講演
  • [学会発表] Specificity of cell-sized confinement

    • 著者名/発表者名
      Kenichi Yoshikawa
    • 学会等名
      International Workshop “From Soft Matter to Protocell”
    • 発表場所
      宮城県仙台市
    • 招待講演
  • [学会発表] Phase Transition on Genomic DNA: Its Physics & Biological Significance

    • 著者名/発表者名
      Kenichi Yoshikawa
    • 学会等名
      German Science Days "Research for Sustainable Development"
    • 発表場所
      京都府京都市
    • 招待講演
  • [学会発表] Unveiling Intrinsic Characteristics of Genomic DNA

    • 著者名/発表者名
      Kenichi Yoshikawa
    • 学会等名
      International SPIRITS Symposium
    • 発表場所
      京都府京都市
    • 招待講演
  • [学会発表] Real-World Modeling on Exotic Aspects of Living Cell

    • 著者名/発表者名
      Kenichi Yoshikawa
    • 学会等名
      Symposium: Three Domains of Life
    • 発表場所
      京都府京都市
    • 招待講演
  • [備考] 同志社大学生命医科学部生命物理科学研究室

    • URL

      http://dmpl.doshisha.ac.jp/

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公開日: 2015-05-28  

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