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2014 年度 実績報告書

生命現象の階層ダイナミクスの実空間モデリング

研究課題

研究課題/領域番号 23240044
研究機関同志社大学

研究代表者

吉川 研一  同志社大学, 生命医科学部, 教授 (80110823)

研究分担者 元池 育子  東北大学, 情報科学研究科, 准教授 (70347178)
湊元 幹太  三重大学, 工学(系)研究科(研究院), 准教授 (80362359)
研究期間 (年度) 2011-04-01 – 2016-03-31
キーワード時空間秩序 / 生命物理学 / ゲノムDNA / 人工細胞モデル / 形態形成のモデル / DNA二本鎖損傷 / DNA高次構造 / 細胞サイズ小胞
研究実績の概要

生命体は、時間的・空間的秩序を自ら創りだしながら、生命活動を営んでいる。生命の動作原理は、明らかに、これまで人類が造りだし利用してきた“機械”とは異なっている。本研究では、生命機能の中でも、1)ゲノムDNAの高次構造相転移と遺伝情報の自律的制御、2)実空間上のモデル細胞構築による細胞機能の理解、3)多細胞系における時空間秩序の自己形成(非チューリングモデルの検証)、の3つの課題について、実空間上のモデルによる実験・観察と、数理物理的な手法を統合して研究を推進した。本年度の特筆すべき成果としては、208kbpの巨大DNAについて、線状の分子と環状の分子の水溶液中での高次構造を、単一分子観察の手法にて定量的に計測した結果、環状DNA分子のゆらぎの大きさは、線状分子よりも約40%減少していることを明らかにした。さらにゆらぎの緩和時間は、環状のほうが一桁も短くなっていることが分かった。巨大DNAのゆらぎに関するほぼ初めての研究であり、今後生命活動との関連で、このゆらぎの変化を系統的にしらべることは大きな意味があると思われる。更に人工的なモデル細胞系に関する課題についても、PEGとDextranの2種類の水溶性高分子存在下、細胞サイズの小胞が自発的に生成し、しかも、生じた液滴はDNAを選択的に取り込むことを見出した。このような、簡単なモデル細胞系を対象にして、集光レーザを用いることにより、細胞融合のモデル実験を行うことにも成功している。

現在までの達成度 (段落)

27年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

27年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (20件)

すべて 2015 2014 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (8件) (うち国際共著 7件、 査読あり 8件、 オープンアクセス 5件、 謝辞記載あり 8件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 2件、 招待講演 5件) 備考 (1件) 産業財産権 (3件)

  • [国際共同研究] Nesmeyanov Institute/Moscow(ロシア連邦)

    • 国名
      ロシア連邦
    • 外国機関名
      Nesmeyanov Institute/Moscow
  • [国際共同研究] College of Staten Island/City University of New York/NY(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      College of Staten Island/City University of New York/NY
  • [国際共同研究] Shaoxing University/Shaoxing(China)

    • 国名
      中国
    • 外国機関名
      Shaoxing University/Shaoxing
  • [雑誌論文] The evolution of spatial ordering of oil drops fast spreading on a water surface2015

    • 著者名/発表者名
      Daigo Yamamoto, Chika Nakajima, Akihisa Shioi, Marie Pierre Krafft and Kenichi Yoshikawa
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 6 ページ: 7189

    • DOI

      10.1038/ncomms8189

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Mode bifurcation of a bouncing dumbbell with chirality2015

    • 著者名/発表者名
      Yoshitsugu Kubo, Shio Inagaki, Masatoshi Ichikawa and Kenichi Yoshikawa
    • 雑誌名

      Phys.Rev.E

      巻: 91 ページ: 052905

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.91.052905

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Marked difference in conformational fluctuation between giant DNA molecules in circular and linear forms2015

    • 著者名/発表者名
      Takafumi Iwaki, Tomomi Ishido, Ken Hirano, Alexei Lazutin, Valentina V. Vasilevskaya, Takahiro Kenmotsu and Kenichi Yoshikawa
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics

      巻: 142 ページ: 145101

    • DOI

      10.1063/1.4916309

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Roughening Dynamics of Radial Imbibition in a Porous Medium2015

    • 著者名/発表者名
      Yongjun Chen, Shun N. Watanabe and Kenichi Yoshikawa
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem.

      巻: 119 ページ: 12508/12513

    • DOI

      10.1021/acs.jpcc.5b03157

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Does DNA Exert an Active Role in Generating Cell-Sized Spheres in an Aqueous Solution with a Crowding Binary Polymer?2015

    • 著者名/発表者名
      Kanta Tsumoto, Masafumi Arai, Naoki Nakatani, Shun N. Watanabe and Kenichi Yoshikawa
    • 雑誌名

      Life

      巻: 5 ページ: 459/466

    • DOI

      10.3390/life5010459

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] A toy model for nucleus-sized crowding confinement2015

    • 著者名/発表者名
      Chwen-Yang Shew and Kenichi Yoshikawa
    • 雑誌名

      J. Phys. Cond. Matt.

      巻: 27 ページ: 064118

    • DOI

      10.1088/0953-8984/27/6/064118

    • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Steadily oscillating axial bands of binary granules in a nearly filled coaxial cylinder2015

    • 著者名/発表者名
      Shio Inagaki, Hiroyuki Ebata and Kenichi Yoshikawa
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 91 ページ: 010201(R)

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.91.010201

    • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Compaction of Double-Stranded DNA by Negatively Charged Proteins and Colloids2015

    • 著者名/発表者名
      Anatoly A. Zinchenko and Kenichi Yoshikawa
    • 雑誌名

      Current Opinion in Colloid and Interface Science

      巻: 20 ページ: 60/65

    • DOI

      10.1016/j.cocis.2014.12.005

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [学会発表] ゲノムDNAの二本鎖切断-超音波・ガンマ線・光励起の比較-2015

    • 著者名/発表者名
      吉川研一
    • 学会等名
      電子情報通信学会、超音波・応用音響研究会
    • 発表場所
      同志社大学(京都府京田辺市)
    • 年月日
      2015-01-29
    • 招待講演
  • [学会発表] A working hypothesis on the self-control of whole genome2014

    • 著者名/発表者名
      K. Yoshikawa
    • 学会等名
      Stem Cells and Devices International SPIRITS Symposium
    • 発表場所
      京都府京都市
    • 年月日
      2014-10-02
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Phase-transition of genomic DNA2014

    • 著者名/発表者名
      K.Yoshikawa
    • 学会等名
      Graduate School of Biostudies & iCeMS Joint Symposium
    • 発表場所
      京都大学(京都府京都市)
    • 年月日
      2014-09-22
    • 招待講演
  • [学会発表] Real-world Modeling of Living System with Surfactant:Self-organized Structure and Dynamic Function2014

    • 著者名/発表者名
      K. Yoshikawa
    • 学会等名
      20th Internaional Symposium on Surfactants in Solution
    • 発表場所
      Coimbra, Spain
    • 年月日
      2014-06-22 – 2014-06-27
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 混雑するミクロ環境下で働くゲノムDNA2014

    • 著者名/発表者名
      吉川研一
    • 学会等名
      細胞生物学会
    • 発表場所
      京都大学(京都府京都市)
    • 年月日
      2014-06-11 – 2014-06-13
    • 招待講演
  • [備考] 同志社大学生命医科学部生命物理学研究室

    • URL

      http://dmpl.doshisha.ac.jp/

  • [産業財産権] 上皮間葉転換阻害剤及び癌転移治療剤2015

    • 発明者名
      吉川研一
    • 権利者名
      吉川研一
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      特願2015-053282
    • 出願年月日
      2015-03-17
  • [産業財産権] 固体物体を運動させる方法、及び、送液ポンプ2014

    • 発明者名
      吉川研一
    • 権利者名
      吉川研一
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2014-089195
    • 出願年月日
      2014-04-23
  • [産業財産権] レーザーを用いて細胞を配列方法2014

    • 発明者名
      吉川研一
    • 権利者名
      吉川研一
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2014-184193
    • 出願年月日
      2014-09-10

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公開日: 2017-01-06   更新日: 2022-02-16  

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