クロマチン構造変換に導く核内受容体関連蛋白質の構造基盤

2013 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 23247016
• 研究種目: 基盤研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 構造生物化学
• 研究機関: 公益財団法人国際高等研究所
• 研究代表者: 森川 耿右 公益財団法人国際高等研究所, チーフリサーチフェロー (80012665)
• 連携研究者: 津中 康央 京都大学, 物質-細胞統合システム拠点, 特任講師 (40551552) ; 深川 竜郎 国立遺伝学研究所, 分子遺伝研究系, 教授 (60321600) ; 安藤 敏夫 金沢大学, 数物科学系, 教授 (50184320) ; 真柳 浩太 九州大学, 生体防御医学研究所, 助教 (50418571)
• 研究期間 (年度): 2011-04-01 – 2014-03-31
• キーワード: 核内受容体 / クロマチン / 構造生物学 / 発現制御

研究概要

環境変化に応答する遺伝子発現制御機構の最上流に位置する核内受容体について、真核生物のクロマチンの基本構成単位であるヌクレオソームとの相互作用の構造基盤を得ることを目的として研究を行った。その結果、ヌクレオソームが強い障壁として働き、核内受容体の標的配列への特異的な結合が妨げられることが判明した。この事実は、核内受容体と応答配列の結合には、クロマチンリモデリングが必須であることを示唆している。

研究成果

• [雑誌論文] Mutational and Structural Analyses of Caldanaerobius polysaccharolyticus Man5B Reveal Novel Active Site Residues for Family 5 Glycoside Hydrolases (2013)
  • 著者名/発表者名: Takuji Oyama, George E Schmitz, Dylan Dodd, Yejun Han, Alanna Burnett, Naoko Nagasawa, Roderick I Mackie, Haruki Nakamura, Kosuke Morikawa, & Isaac Cann
  • 雑誌名: PLoS ONE. 巻: 8 ページ: e80448
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0080448
  • 査読あり
• [雑誌論文] Phosphorylation-Coupled Intramolecular Dynamics of Unstructured Regions in Chromatin Remodeler FACT (2013)
  • 著者名/発表者名: Manami Hashimoto, Noriyuki Kodera, Yasuo Tsunaka, Masayuki Oda, Mitsuru Tanimoto, Toshio Ando, Kosuke Morikawa, & Shin-ichi Tate
  • 雑誌名: Biophysical J. 巻: 104 ページ: 2222-2234
  • DOI: 10.1016/j.bpj.2013.04.007
  • 査読あり
• [雑誌論文] 生体内代謝をモニターする転写システム : 核内受容体 PPARγによる転写を介した代謝ネットワーク間のクロストーク (2013)
  • 著者名/発表者名: 白木拓磨, 和久剛, 森川耿右
  • 雑誌名: 生化学 巻: 第85巻 ページ: 749-761
• [雑誌論文] Design and synthesis of a series of α-benzyl phenylpropanoic acid-type peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) gamma partial agonists with improved aqueous solubility (2013)
  • 著者名/発表者名: Masao Ohashi, Takuji Oyama, Endy Widya Putranto, Tsuyoshi Waku, Hiromi Nobusada, Ken Kataoka, Kenji Matsuno, Masakazu Yashiro, Kosuke Morikawa, Nam-ho Huh, & Hiroyuki Miyachi
  • 雑誌名: Bioorg. Med. Chem. 巻: 21 ページ: 2319-2332
  • DOI: 10.1016/j.bmc.2013.02.003
  • 査読あり
• [雑誌論文] CENP-T-W-S-X Forms a Unique Centromeric Chromatin Structure with a Histone-like Fold (2012)
  • 著者名/発表者名: Tatsuya Nishino, Kozo Takeuchi, Karen E Gascoigne, Aussie Suzuki, Tetsuya Hori, Takuji Oyama, Kosuke Morikawa, Iain M Cheeseman, & Tatsuo Fukagawa
  • 雑誌名: Cell. 巻: 148 ページ: 487-501
  • DOI: 10.1016/j.cell.2011.11.061
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structure-based mutational study of an archaeal DNA ligase towards improvement of ligation activity (2012)
  • 著者名/発表者名: Maiko Tanabe, Sonoko Ishino, Masafumi Yohda, Kosuke Morikawa, Yoshizumi Ishino, & Hirokazu Nishida
  • 雑誌名: Chembiochem. 巻: 13 ページ: 2575-2582
  • DOI: 10.1002/cbic.201200336
  • 査読あり
• [雑誌論文] Bidirectional fluorescence properties of pyrene-based peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) α/δ dual agonist (2012)
  • 著者名/発表者名: Shintaro Ban, Takuji Oyama, Jun Ichi Kasuga, Kenji Ohgane, Yoshino Nishio, Kosuke Morikawa, Yuichi Hashimoto, & Hiroyuki Miyachi
  • 雑誌名: Bioorg. Med. Chem. 巻: 20 ページ: 3460-3464
  • DOI: 10.1016/j.bmc.2012.04.015
  • 査読あり
• [雑誌論文] Spindle microtubules generate tension-dependent changes in the distribution of inner kinetochore proteins (2011)
  • 著者名/発表者名: Aussie Suzuki, Tetsuya Hori, Tatsuya Nishino, Jiro Usukura, Atsushi Miyagi, Kosuke Morikawa, & Tatsuo Fukagawa
  • 雑誌名: J Cell Biol. 巻: 193 ページ: 125-140
  • DOI: 10.1083/jcb.201012050
  • 査読あり
• [雑誌論文] Architectures of archaeal GINS complexes, essential DNA replication initiation factors (2011)
  • 著者名/発表者名: Takuji Oyama, Sonoko Ishino, Seiji Fujino, Hiromi Ogino, Tsuyoshi Shirai, Kouta Mayanagi, Mihoko Saito, Naoko Nagasawa, Yoshizumi Ishino, & Kosuke Morikawa
  • 雑誌名: BMC Biol. 巻: 9 ページ: 1-17
  • DOI: 10.1006/jsbi.1999.4174
  • 査読あり
• [雑誌論文] Detecting structural similarity of ligand interactions in the lipid metabolic system including enzymes, lipid-binding proteins and nuclear receptors (2011)
  • 著者名/発表者名: Clara Shionyu-Mitsuyama, Tsuyoshi Waku, Takuma Shiraki, Takuji Oyama, Tsuyoshi Shirai, & Kosuke Morikawa
  • 雑誌名: Protein Eng Des Sel. 巻: 24 ページ: 397-403
  • DOI: 10.1093/protein/gzq121
  • 査読あり
• [学会発表] Structural basis for the activation of the nuclear receptor, PPARgamma, by fatty acid-and serotonin metabolites (2012)
  • 著者名/発表者名: 和久剛、白木琢磨、大山拓次、塩生くらら、森川耿右
  • 学会等名: 第85回日本生化学大会
  • 発表場所: 福岡国際会議場マリンメッセ福岡
  • 年月日: 2012-12-15
  • 招待講演
• [学会発表] 核内受容体 PPARγの機能解析 : 分子生物学的アプローチと生化学的アプローチ (2011)
  • 著者名/発表者名: 白木拓磨、五十嵐和彦、森川耿右
  • 学会等名: 第84回日本生化学会大会シンポジウム
  • 発表場所: 国立京都国際会館
  • 年月日: 2011-09-23
  • 招待講演
• [学会発表] 脂質結合系のタンパク質構造の共進化 (2011)
  • 著者名/発表者名: 塩生くらら、和久剛、白木琢磨、大山拓次、白井剛、森川耿右
  • 学会等名: 第11回日本蛋白質科学会ワークショップ
  • 発表場所: ホテル阪急エキスポパーク
  • 年月日: 2011-06-07
  • 招待講演