計算アプローチによる肝炎の病態・治療に関する分子機構の解明

2013 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 23300105
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 統計科学
• 研究機関: 北陸先端科学技術大学院大学
• 研究代表者: TU・BAO Ho 北陸先端科学技術大学院大学, 知識科学研究科, 教授 (60301199)
• 研究分担者: 高林 克日己 千葉大学, 医学部付属病院, 教授 (90188079) ; 横須賀 収 千葉大学, 医学部, 教授 (90182691) ; 神田 達郎 千葉大学, 医学(系)研究科(研究院), 講師 (20345002) ; DAM Hieu Chi 北陸先端科学技術大学院大学, 知識研科, 准教授 (70397230) ; 河崎 さおり 北陸先端科学技術大学院大学, 先端領域社会人教育院, 先端領域社会人教育院 (40377437)
• 研究期間 (年度): 2011-04-01 – 2014-03-31
• キーワード: 医薬生物 / 統計解析 / データマイニング

研究概要

第1課題のHCV NS5AのIFN-RBV治療への耐性機序について、多数のNS5Aデータにおいて著効データが少数である場合に有効な準教師付アンサンブル学習手法を開発し、SVRと非SVRの2種の患者群を特徴づけるモチーフを発見した。第2課題のsiRNA抑制効果用に開発した手法では、既知の設計規則に加え2種の新siRNA設計規則を発見し、また他手法では所与のsiRNA配列についてスコアと著効情報をもつ配列と既知の規則で配列の表現力を補強し、新規のテンソル回帰手法にて予測精度を大幅に改善した。第3課題ではエピジェネティク因子と肝炎進行の相互作用に関するヒストン修飾の因果関係網等の中間結果を得た。

研究成果

• [雑誌論文] Hepatitis C virus NS5A inhibitors and drug resistance mutations (2014)
  • 著者名/発表者名: Nakamoto, S., Kanda, T., Wu, S., Shirawasa, H., Yokosuka, O
  • 雑誌名: World Journal of Gastroenterol 巻: 20(11) ページ: 2902-12
  • 査読あり
• [雑誌論文] Modeling the diversity and log-normal of data (2014)
  • 著者名/発表者名: Than, K., Ho, T.B
  • 雑誌名: Intelligent Data Analysis 巻: (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Treatment of hepatitis C virus infection in the future (2014)
  • 著者名/発表者名: Kanda T, Yokosuka O, Omata M
  • 雑誌名: Clinical Translation Medicine 巻: 11, 2(1):9
  • DOI: 10.1186/2001-1326-29
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Semi-Supervised Learning Method for Discriminative Motif Finding and Its Application (2013)
  • 著者名/発表者名: Le, N., Ho, T.B., Kanda, T., Kawasaki, S., Takabayashi, K., Wu, S., Yokosaka, O
  • 雑誌名: Journal of Universal Computer Scienc 巻: Vol.19.No.4 ページ: 563-580
  • 査読あり
• [雑誌論文] Antiviral therapy for " difficult -to-treat" hepatitis C virus-infected patients (2013)
  • 著者名/発表者名: Kanda T, Yokosuka O, Omata M
  • 雑誌名: Chin Med J (Engl) 巻: 126(23) ページ: 4568-74
  • 査読あり
• [雑誌論文] Natural interferon-beta plus ribavirin therapy led to sustained virological response after seven unsuccessful courses of anti-viral treatment in a chronic hepatitis C patient (2013)
  • 著者名/発表者名: Kandat T., Nakamoto S., Arai, M., Miyamura, T., Wu, S., Fujiwara, K., Yokosuka O
  • 雑誌名: Clinical Journal Gastroentorology 巻: 6(2)
  • DOI: 10.1007/s12328-013-0366-1
  • 査読あり
• [雑誌論文] Platelet count and sustained virological response in hepatitis C treatment (2013)
  • 著者名/発表者名: Kandat T., Kato K., Tsubota, A., Takada, N., Nishino, T., Mikami, S., Miyamura, T., Maruoka D., We, S., Nakamoto, S., Arai, M., Fujiwara, K., Imazeki, F., Yokosuka O
  • 雑誌名: World Journal of Hepatology 巻: 5(4) ページ: 182-188
  • 査読あり
• [雑誌論文] Computational reconstruction of transcriptional relationships from ChIP-Chip data, IEEE-ACM Trans (2012)
  • 著者名/発表者名: Le, N.T, Ho, T.B., Ho, B.H
  • 雑誌名: On Computational Biology and Bioinformatics 巻: Vol.10.No.2 ページ: 300-307
  • 査読あり
• [雑誌論文] Quantitatively assessing the effect of regulatory factors on nucleosome dynamics (2012)
  • 著者名/発表者名: Ho, B.H., Le, N.T., Ho, T.B
  • 雑誌名: Journal of Ambient Intelligence and Humanized Computing, Springer 巻: Vol.3,Issue4 ページ: 265-280
  • 査読あり
• [雑誌論文] The cutting-edge of medicine. Application of medical informatics in internal medicine (2012)
  • 著者名/発表者名: Takabayashi K.
  • 雑誌名: Nihon Naika Gakkai Zasshi 巻: 10;101(11) ページ: 3239-46
  • 査読あり
• [雑誌論文] Detecting Disease Genes Based on Semi-Supervised Learning and Protein-Protein Interaction Networks (2011)
  • 著者名/発表者名: Nguyen, T.P., Ho, T.B
  • 雑誌名: Artificial Intelligence in Medicine 巻: Vol.54 ページ: 63-71
  • 査読あり
• [雑誌論文] microRNA expression profiles for classification and analysis of tumor samples (2011)
  • 著者名/発表者名: Tran, D.H., Ho, T.B., Pham, T.H., Satou, K
  • 雑誌名: IEICE Trans. Information Systems 巻: E94.D(3) ページ: 416-422
  • 査読あり
• [学会発表] A novel framework to improve siRNA efficacy prediction (2014)
  • 著者名/発表者名: Bui N.T., Ho. T.B.
  • 学会等名: Pacific-Asia Conference on Knowledge Discovery and Data Mining PAKDD'04
  • 発表場所: Tainan, Taiwan
  • 年月日: 20140513-16
• [学会発表] A nucleosomal approach to inferring causal rela- tionships of histone modifications (2014)
  • 著者名/発表者名: Le, N.T, Ho, T.B., Ho, B.H., Tran, D.H
  • 学会等名: Asia-Pacific Bioinformatics Conference APBC 2014
  • 発表場所: Shanghai, China
  • 年月日: 20140117-19
• [学会発表] Simplicial Nonnegative Matrix Factorization (2013)
  • 著者名/発表者名: Nguyen, D.K., Than, K., Ho, T.B
  • 学会等名: IEEE International Conference on Research, Innovation and Vision for Future, RIVF 2013
  • 発表場所: Hanoi, Vietnam
  • 年月日: 20131110-13
• [学会発表] Reconstruction of Triple-wise Relationships in Biological Networks from Profiling Data (2013)
  • 著者名/発表者名: Nguyen, Q.D., Pham, T.H., Ho, T.B., Nguyen, V.H., Tran, D.H
  • 学会等名: The 9th International Conference on Computing and Information Technology (IC2IT2013)
  • 発表場所: Thailand
  • 年月日: 20130509-10
• [学会発表] An Effective Method for Generating siRNA Design Rules (2013)
  • 著者名/発表者名: Bui, N.T., Ho, T.B., Kawasaki, S
  • 学会等名: The 5th Asian Conference On Intelligent Information and Database Systems, ACIID 2013, Kuala Lumpur
  • 発表場所: Malaysia
  • 年月日: 20130318-20
• [学会発表] A Sequential Apriori Algorithm for Discriminative Design Rules of Effectiv siRNA Sequences (2012)
  • 著者名/発表者名: Bui, N.T., Ho, T.B., Kawasaki, S
  • 学会等名: 13th International Symposium on Knowledge and Systems Science
  • 発表場所: Kanazawa
  • 年月日: 20121119-20
• [学会発表] Le, T.N., Bui, N.T., Than, Q.K., From Clinical to Genomics Data in Hepatitis Study (2012)
  • 著者名/発表者名: Ho, T.B., Takabayashi, T., Kanda, T., Kawasaki, S.
  • 学会等名: The First Asian Conference on Information Systems
  • 発表場所: Cambodia
  • 年月日: 20121006-08
• [学会発表] A Semi-Supervised Method for Discriminative Motif Finding and Its Application to Hepatitis C Virus Study (2012)
  • 著者名/発表者名: Le, N., Ho, T.B
  • 学会等名: 4th Asian Conference on Intelligent Information and Database Systems ACIIDS 2012
  • 発表場所: Kaohsiung, Taiwan
  • 年月日: 20120318-21
• [学会発表] Analysis of functional linkages between nucleosome dynamics and transregulatory factors (2012)
  • 著者名/発表者名: Ho, B.H., Le, N.T., Ho, T.B
  • 学会等名: 4th International Conference on Bioinformatics and Biomedical Technology 2012, BICoB -2012
  • 発表場所: Las Vegas, USA.
  • 年月日: 20120312-14
• [学会発表] Multivariate Mutual Information Measures for Discovering Biological Networks (2012)
  • 著者名/発表者名: Pham, T.H., Ho, T.B., Nguyen, Q.D., Nguyen, V.H., Tran, D.H
  • 学会等名: IEEE RIVF International Conference on Information and Communication Technologies, Ho Chi Minh City
  • 発表場所: Vietnam
  • 年月日: 20120227-0302
• [学会発表] Analysis of gene expression behaviour by nucleosome and protein binding profiles (2012)
  • 著者名/発表者名: Ho, B.H., Ho, T.B
  • 学会等名: The 10th Asia Pacific International Conference on Bioinformatics and Biomedical Technology, ICBBT 2012
  • 発表場所: Singapore.
  • 年月日: 20120226-28
• [学会発表] Computational reconstruction of transcriptional relationships from ChIPChip data (2012)
  • 著者名/発表者名: Le, N.T., Ho, T.B., Ho, B.H
  • 学会等名: The 10th Asia Pacific Bioinformatics Conference
  • 発表場所: Melbourne, Australia
  • 年月日: 20120117-19
• [学会発表] Reconstruction of histone modification network from next-generation sequencing dat (2011)
  • 著者名/発表者名: Le, N.T., Ho, T.B
  • 学会等名: IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering BIBE 2011
  • 発表場所: Taichung, Taiwan
  • 年月日: 20111024-26
• [学会発表] Finding HCV NS5A Discriminative Motifs for Assessment of IFN/Ribavarin Therapy Effect (2011)
  • 著者名/発表者名: Ho, T.B., Kawasaki, S., Le, N.T., Kanda, T., Le, T.N., Takabayashi, K., Yokosuka, O
  • 学会等名: Workshop Data Mining in Genomics and Proteomics, International Conference ECML/PKDD
  • 発表場所: Athens, Greece
  • 年月日: 20110905-09
• [図書] Lecture Notes in Artificial Intelligence LNAI 8443, Advances in Knowledge Discovery and Data Mining (Eds.) (2014)
  • 著者名/発表者名: Tseng, V.S., Ho, T.B., Zhou, Z.-H., Chen, A.L.P., Kao, H.-Y.
  • 総ページ数: 2500
  • 出版者: Springer
• [図書] Mining multiple biological data for reconstructing signal transduction networks (book chapter), Data Mining : Foundations and Intelligent Paradigms D.E. Holmes, L.C. Jain (Eds.) (2011)
  • 著者名/発表者名: Nguyen, T.P., Ho, T.B.
  • 総ページ数: 163-185
  • 出版者: Springer Verlag