研究課題
eTIP-PES法の解析：染色体内で高頻度に相互作用をもつinteraction hotspotsがいくつか見つかり、そのひとつであるsnoRNA遺伝子クラスター（Snord）は領域内ばかりでなく数Mb以上も離れたA1遺伝子領域との相互作用も認められた。これらの結果により、Snordをハブとする遠隔相互作用（DSP）によって、トポIIβを介するA1遺伝子の転写誘導が起こる可能性が示唆された。トポIIβとSP120が同時に作用する核内部位の検出：トポIIβとSP120が同時に作用する核内部位の検出：我々はSP120がトポIIβと複合体を形成することを明らかにしているが、複合体の核内での挙動に関しては不明な点が多い。まずこれらのタンパク質が共局在する核内部位をPLA（proximal ligation assay）と呼ばれる方法で同定した。この共局在スポットはトポII阻害剤（etoposide, ICRF-193）で有意に減少することから、トポIIβの活性に依存した複合体形成を検出していると考えられた。さらに、Snord領域にFISH プローブを設定し、PLA-FISH法によってSnord領域がトポIIβ-SP120共局在スポットの１つであることを証明した。トポIIβとSP120が同時に作用するゲノム部位のマッピング： ２つの細胞集団を用いてP120 のChIP-seqを行った（架橋反応の前にetoposide処理を行うグループと、行わないグループ）。新世代シークエンサーで得られたそれぞれのリードを全ゲノム領域にマッピングし、etoposide処理で低下するピークをMACS (Model-based Analysis for ChIP-Seq) により検出した結果、約2000箇所が同定された。これらの部位ではトポIIβとSP120が共同して働いていると考えられる。
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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Chromosome Res
10.1007/s10577-014-9404-1
Journal of Artificial Organs
巻: 16 ページ: 343-351
10.1007/s10047-013-0697-1
