次世代大量ミトゲノム解析による魚類多様性研究の新展開：サンガー法から超並列法へ

2013 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 23370041
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生物多様性・分類
• 研究機関: 琉球大学 (2013); 東京大学 (2011-2012)
• 研究代表者: 西田 睦 琉球大学, その他部局等, 理事 (90136896)
• 研究分担者: 武島 弘彦 東京大学, 農学生命科学研究科, 助教 (50573086) ; 宮 正樹 千葉県立中央博物館, 研究員 (30250137)
• 研究期間 (年度): 2011-04-01 – 2014-03-31
• キーワード: 進化 / 集団・種多様性 / 遺伝的多様性

研究概要

本研究では、魚類の大規模系統研究に有用なミトコンドリア全ゲノム（ミトゲノム）分析を、超並列次世代シーケンス技術を活用して、質の良くないDNA試料も含めた多数の試料で効率的に進める方法の確立を目指した。質の良いDNA試料については、ロングPCR産物にParallel tagged sequencing法によるタグ付加を行い、多数の試料を同時分析できた。質の良くないDNA試料には、Capture-on-beads 法で、ミトゲノム全領域を万遍なくキャプチャーすることに成功した。以上により、超並列シーケンシング法による本格的な大量ミトゲノム分析を実施する基盤が完成した。

研究成果

• [雑誌論文] Mitogenomic circumscription of a novel percomorph fish clade mainly comprising "Syngnathoidei" (Teleostei) (2014)
  • 著者名/発表者名: Ha Yeun Song, K. Mabuchi, T. P. Satoh, J. A. Moore, Y. Yamanoue, M. Miya, M. Nishida
  • 雑誌名: Gene 巻: 542 ページ: 146-155
  • DOI: 10.1016/j.gene.2014.03.040
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mitogenomic evidence for an indo-west pacific origin of the clupeoidei (Teleostei : Clupeiformes) (2013)
  • 著者名/発表者名: Lavoue, Sebastien, M. Miya, P Musikasinthorn, WJ Chen, and M. Nishida
  • 雑誌名: PloS one 巻: 8 (2) ページ: e56485
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0056485
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evolutionary origin of the Scombridae (tunas and mackerels) : members of a Paleogene adaptive radiation with 14 other pelagic fish families (2013)
  • 著者名/発表者名: Miya, M., Friedman, M., Satoh, T.P., Takeshima, H., Sado, T., Iwasaki, W., Yamanoue, Y., Nakatani, M., Mabuchi, K., Inoue, J.G., Poulsen, J.Y., Fukunaga, T., Sato, Y. and Nishida, M
  • 雑誌名: PLOS ONE 巻: 8 ページ: e73535
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0073535
  • 査読あり
• [雑誌論文] MitoFish and MitoAnnotator : a mitochondrial genome database of fish with an accurate and automatic annotation pipeline (2013)
  • 著者名/発表者名: Iwasaki, W., Fukunaga T., Isagozawa R., Yamada K., Maeda Y., Satoh T.P., Sado T., Mabuchi K., Takeshima H., Miya, M. and Nishida M
  • 雑誌名: Molecular Biology and Evolution 巻: 30 ページ: 2531-2540
  • DOI: 10.1093/molbev/mst141
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mitogenomic sequences and evidence from unique gene rearrangements corroborate evolutionary relationships of myctophiformes (Neoteleostei) (2013)
  • 著者名/発表者名: Poulsen, J.Y., Byrkjedal, I., Willassen, E., Rees, D., Takeshima, H., Satoh, T.P., Shinohara, G., Nishida, M. and Miya, M
  • 雑誌名: BMC Evolutionary Biology 巻: 13 ページ: 111
  • DOI: 10.1186/1471-2148-13-111
  • 査読あり
• [学会発表] 次世代シーケンシングによるアユの集団ミトコンドリアゲノミクスへのアプローチ (2013)
  • 著者名/発表者名: 武島弘彦, ら
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド, 兵庫県
  • 年月日: 2013-12-03
• [学会発表] 高性能自動アノテーションパイプラインMitoAnnotatorの実装による魚類ミトコンドリアゲノムデータベースMitoFishの充実 (2013)
  • 著者名/発表者名: 西田睦, ら
  • 学会等名: 2013年度日本魚類学会年会
  • 発表場所: 宮崎観光ホテル, 宮崎県
  • 年月日: 2013-10-05
• [学会発表] Molecular phylogenetic approach to diversity of fishes (2013)
  • 著者名/発表者名: Nishida, M
  • 学会等名: Gordon Research Conference "Marine Molecular Ecology"
  • 発表場所: The HongKong University of Science and Technology, HongKong
  • 年月日: 2013-08-13