| 研究課題/領域番号 |
23370071
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| 研究種目 |
基盤研究(B)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
生物物理学
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| 研究機関 | 大阪大学 |
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研究代表者 |
中村 春木 大阪大学, たんぱく質研究所, 教授 (80134485)
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| 研究分担者 |
金城 玲 大阪大学, たんぱく質研究所, 准教授 (30370117)
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| 連携研究者 |
肥後 順一 大阪大学, たんぱく質研究所, 特任研究員 (80265719)
神谷 成敏 大阪大学, たんぱく質研究所, 特任研究員 (80420462)
米澤 康滋 近畿大学, 先端技術総合研究所, 教授 (40248753)
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| 研究期間 (年度) |
2011-04-01 – 2014-03-31
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| キーワード | 構造・機能予測 / 分子シミュレーション / 蛋白質 / プロテオーム / 蛋白質間相互作用 |
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| 研究概要 |
従来よりもはるかに高いサンプリング効率を発揮できるV-McMD法を新規に開発し、新規の非エバルト法による高速分子動力学計算プログラムと組み合わせて周期系に応用し、結合によってアミノ酸側鎖や主鎖構造が変化する系での蛋白質の二量体形成を自由エネルギー地形の計算から解析し、その安定性の定量化を実現できた。一方、蛋白質の相互作用における界面に対してその部分構造と表面構造の類似性を網羅的に調べて分類し、フォールド構造の異なる蛋白質においても共有されているパッチを見出した。また、界面に共通に観測される構造モチーフを同定し、それらの組み合わせとしての複合モチーフが機能と良く対応していることを見出した。
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