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2013 年度 実績報告書

蛋白質の構造機能要素の抽出と応用の為の基盤整備

研究課題

研究課題/領域番号 23370074
研究機関奈良先端科学技術大学院大学

研究代表者

上久保 裕生  奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科学研究科, 准教授 (20311128)

研究分担者 片岡 幹雄  奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科学研究科, 教授 (30150254)
山崎 洋一  奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科学研究科, 助教 (40332770)
研究期間 (年度) 2011-11-18 – 2014-03-31
キーワード蛋白質工学 / 分子設計 / フォールディング / 酵素
研究概要

申請者らは、蛋白質一般に、アミノ酸配列の分断によって、構造・機能に著しい影響が生じる領域が存在することを示してきた。本申請研究では、これらの領域が、構造や機能の基本要素(エレメント)になっているとの仮説を実証するために、類似構造を有する「異種」蛋白質間でのエレメントの位置保存性を確認し、さらに、蛋白質間でのエレメントの交換可能性について検証することを目的として研究を行ってきた。
本目的のため、すでにエレメントの同定に成功していた黄色ブドウ球菌由来の核酸分解酵素(Staphylococcal nuclease, SNase)に加え、機能が異なるものの構造類似性を示すヒト由来転写調節因子p100のC末端ドメイン(TSN)に対してアラニン挿入変異解析を行った。その結果、立体構造上SNaseとほぼ同一の位置に、TSNの構造エレメントが存在していることが明らかとなった。この事実は、構造類似性を示す蛋白質間での構造エレメントの位置保存性を示唆するものである。機能エレメントを用いた機能移植の可能性を検討するため、SNaseの機能エレメントをTSNに移植した人工蛋白質を作製し機能評価を行った。その結果、作製した人工蛋白質は部分的に変性した構造を示したものの、SNaseが示す核酸分解活性を獲得していることが明らかとなった。以上の結果より、蛋白質間で機能エレメントを交換することによって、機能そのものを移植することが可能であることを示すことができた。本研究によって、アラニン挿入変異解析によって同定されるエレメントが、蛋白質の構造や機能を規定する要素であることを示唆すると同時に、蛋白質工学的手法への応用可能性を示すことができた。

現在までの達成度 (区分)
理由

25年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

25年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (44件)

すべて 2014 2013 その他

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (38件) (うち招待講演 6件)

  • [雑誌論文] Theoretical analysis of the geometrical isotope effect on the hydrogen bonds in photoactive yellow protein with multi-component density functional theory2013

    • 著者名/発表者名
      Yukiumi Kita
    • 雑誌名

      Chem. Phys.

      巻: 419 ページ: 50-53

    • DOI

      10.1016/j.chemphys.2012.11.022.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Preferential domain orientation of HMGB2 determined by weak intramolecular interactions mediated by the interdomain linker2013

    • 著者名/発表者名
      Jun-ichi Uewaki
    • 雑誌名

      Chem. Phys.

      巻: 419 ページ: 212-223

    • DOI

      10.1016/j.chemphys.2013.02.004.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Fingerprint signatures of lanthanide circularly polarized luminescence from proteins covalently labeled by a β -diketonate europium(III) chelate2013

    • 著者名/発表者名
      Junpei Yuasa
    • 雑誌名

      Chem. Commn.

      巻: 49 ページ: 4604-4606

    • DOI

      10.1039/c3cc40331a.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular dissection of IZUMO1, a sperm protein essential for sperm-egg fusion2013

    • 著者名/発表者名
      Naokazu Inoue
    • 雑誌名

      Development

      巻: 140 ページ: 3221-3229

    • DOI

      10.1242/dev.094854.2013

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural Basis of α-Catenin Recognition by EspB from Enterohaemorrhagic E. coli Based on Hybrid Strategy Using Low-Resolution Structural and Protein Dissection2013

    • 著者名/発表者名
      Mitsuhide Hamaguchi
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 8 ページ: e71618

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0071618.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Excited-State Proton Transfer in Fluorescent Photoactive Yellow Protein Containing 7-Hydroxycoumarin2013

    • 著者名/発表者名
      Dian Novitasari
    • 雑誌名

      Advanced Materials Reserch

      巻: 896 ページ: 85-88

    • DOI

      10.4028

    • 査読あり
  • [学会発表] 溶液散乱を用いた多成分平衡系における構造解析2014

    • 著者名/発表者名
      上久保裕生
    • 学会等名
      Spring-8ワークショップ「Spring-8とユーザーのさらなる連携をめざして」
    • 発表場所
      理化学研究所播磨事業所、兵庫県佐用町
    • 年月日
      20140201-20140202
  • [学会発表] Exploring regulatory association and dissociation processes of biological molecules constituting a functional module2014

    • 著者名/発表者名
      Hironari Kamikubo
    • 学会等名
      The 2nd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • 発表場所
      キャンパスプラザ京都、京都府京都市
    • 年月日
      20140111-20140112
  • [学会発表] Interaction sites analysis for the photoactive yellow protein of Rhodobacter capsulatus2014

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Yamazaki
    • 学会等名
      The 2nd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • 発表場所
      キャンパスプラザ京都、京都府京都市
    • 年月日
      20140111-20140112
  • [学会発表] Local disordered structure of staphylococcal nuclease studied by tryptophan triplet state lifetime measurement2014

    • 著者名/発表者名
      Mariko Yamaguchi
    • 学会等名
      The 2nd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • 発表場所
      キャンパスプラザ京都、京都府京都市
    • 年月日
      20140111-20140112
  • [学会発表] Loop dynamics of staphylococcal nuclease in microsecond timescale2014

    • 著者名/発表者名
      Takahiro Matsumoto
    • 学会等名
      The 2nd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • 発表場所
      キャンパスプラザ京都、京都府京都市
    • 年月日
      20140111-20140112
  • [学会発表] Local flexibility around tryptophan140 and its relationship to non-local interaction in disordered staphylococcal nuclease2014

    • 著者名/発表者名
      Toshiyuki Minemura
    • 学会等名
      The 2nd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • 発表場所
      キャンパスプラザ京都、京都府京都市
    • 年月日
      20140111-20140112
  • [学会発表] Extraction of function elements from green fluorescent protein2014

    • 著者名/発表者名
      Toshio Morimoto
    • 学会等名
      The 2nd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • 発表場所
      キャンパスプラザ京都、京都府京都市
    • 年月日
      20140111-20140112
  • [学会発表] Protonation state of R52 at the pypm intermediate state2014

    • 著者名/発表者名
      Masayoshi Noji
    • 学会等名
      The 2nd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • 発表場所
      キャンパスプラザ京都、京都府京都市
    • 年月日
      20140111-20140112
  • [学会発表] X-ray crystal structure analysis of the Photoactive Yellow Protein of2014

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Matsumoto
    • 学会等名
      The 2nd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • 発表場所
      キャンパスプラザ京都、京都府京都市
    • 年月日
      20140111-20140112
  • [学会発表] Analysis of Equilibrium of intermediate states of PYP by use of chimera proteins2014

    • 著者名/発表者名
      Yoshiaki Matsumoto
    • 学会等名
      The 2nd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • 発表場所
      キャンパスプラザ京都、京都府京都市
    • 年月日
      20140111-20140112
  • [学会発表] Statistical characteristics of unfolded staphylococcal nuclease studied by FRET analysis2014

    • 著者名/発表者名
      Emi Ohta
    • 学会等名
      The 2nd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • 発表場所
      キャンパスプラザ京都、京都府京都市
    • 年月日
      20140111-20140112
  • [学会発表] Roles of functional elements transplanted into the artificial enzyme2014

    • 著者名/発表者名
      Mai Arakawa
    • 学会等名
      The 2nd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • 発表場所
      キャンパスプラザ京都、京都府京都市
    • 年月日
      20140111-20140112
  • [学会発表] Functional modification of a protein by using element implantation2013

    • 著者名/発表者名
      Hironari Kamikubo
    • 学会等名
      Sixth Korea-Japan Seminars on Biomdecular Sciences; Experiments and Simulations
    • 発表場所
      岡崎コンファレンスセンタ-、愛知県岡崎市
    • 年月日
      20131125-20131127
    • 招待講演
  • [学会発表] Time-resolved Laue crystallography of photoactive yellow protein with 150psec time resolution2013

    • 著者名/発表者名
      Mikio Kataoka
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館、京都府京都市
    • 年月日
      20131028-20131030
  • [学会発表] Domain-Swapped Oligomerization and Molten Globule State of Cytochrome c2013

    • 著者名/発表者名
      Megha Deshpande
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館、京都府京都市
    • 年月日
      20131028-20131030
  • [学会発表] Analysis of interaction sites on the Photoactive Yellow Protein of Rhodobacter capsulatus2013

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Yamazaki
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館、京都府京都市
    • 年月日
      20131028-20131030
  • [学会発表] The role of the flexible loop in Staphylococcal nuclease on its catalytic activity2013

    • 著者名/発表者名
      Rumi Shiba
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館、京都府京都市
    • 年月日
      20131028-20131030
  • [学会発表] Exited State Proton Transfer of Fluorescent Photoactive Yellow Protein Reconstituted with Hydroxycoumarin2013

    • 著者名/発表者名
      Dian Novitasari
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館、京都府京都市
    • 年月日
      20131028-20131030
  • [学会発表] Protonation State of Arginine 52 in Photoactive Yellow Protein2013

    • 著者名/発表者名
      Kento Yonezawa
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館、京都府京都市
    • 年月日
      20131028-20131030
  • [学会発表] X-ray Solution Scattering Studies of PYP-Phytochrome Related Protein2013

    • 著者名/発表者名
      Keito Yoshida
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館、京都府京都市
    • 年月日
      20131028-20131030
  • [学会発表] Analysis of unfolded structure of Staphylococcal nuclease mutants by using FRET2013

    • 著者名/発表者名
      Emi Ohta
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館、京都府京都市
    • 年月日
      20131028-20131030
  • [学会発表] Main-chain dynamics of staphylococcal nuclease in microsecond timescale2013

    • 著者名/発表者名
      Takahiro Matsumoto
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館、京都府京都市
    • 年月日
      20131028-20131030
  • [学会発表] Local flexibility of denatured structure and its relationship to non-local interaction in staphylococcal nuclease2013

    • 著者名/発表者名
      Toshiyuki Minemura
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館、京都府京都市
    • 年月日
      20131028-20131030
  • [学会発表] Roles of functional elements transplanted into the artificial enzyme2013

    • 著者名/発表者名
      Mai Arakawa
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館、京都府京都市
    • 年月日
      20131028-20131030
  • [学会発表] X-ray crystal structure analysis of the Photoactive Yellow Protein of Rhodobacter capsulatus2013

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Matsumoto
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館、京都府京都市
    • 年月日
      20131028-20131030
  • [学会発表] Analysis of equilibrium of intermediate states of PYP by use of chimera proteins2013

    • 著者名/発表者名
      Yoshiaki Matsumoto
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館、京都府京都市
    • 年月日
      20131028-20131030
  • [学会発表] Protonation state of R52 at the PYPM intermediate state2013

    • 著者名/発表者名
      Masayoshi Noji
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館、京都府京都市
    • 年月日
      20131028-20131030
  • [学会発表] トリプトファン三重項寿命を用いたStaphylococcal nucleaseの主鎖の運動性評価2013

    • 著者名/発表者名
      松本昇紘
    • 学会等名
      日本物理学会 2013年秋季大会
    • 発表場所
      徳島大学、常三島キャンパス、徳島県徳島市
    • 年月日
      20130925-20130928
  • [学会発表] Excited-state proton transfer in fluorescent Photoactive Yellow Protein containing 7-hydroxycoumarin2013

    • 著者名/発表者名
      Dian Novitasari
    • 学会等名
      International Conference on Advanced Materials Science and Technology 2013
    • 発表場所
      University Gadjah Mada, Yogyakarta, Indonesia
    • 年月日
      20130917-20130918
  • [学会発表] X線溶液散乱法を用いたタンパク質構造の解析2013

    • 著者名/発表者名
      上久保裕生
    • 学会等名
      分子・物質合成プラットフォーム技術研修会-先端施設の利用機会と高度な技術支援の提供-
    • 発表場所
      ホテル京阪 京都、京都府京都市
    • 年月日
      20130822-20130823
    • 招待講演
  • [学会発表] Photoactive Yellow Protein中の低障壁水素結合と近傍アルギニンの解離性2013

    • 著者名/発表者名
      上久保裕生
    • 学会等名
      第13回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      とりぎん文化会館、鳥取県鳥取市
    • 年月日
      20130612-20130614
    • 招待講演
  • [学会発表] 黄色ブドウ球菌由来核酸分解酵素におけるループの揺らぎと機能の関係2013

    • 著者名/発表者名
      芝るみ
    • 学会等名
      第13回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      とりぎん文化会館、鳥取県鳥取市
    • 年月日
      20130612-20130614
  • [学会発表] 弱い相互作用で関連づけられたタンパク質分子集団の構造学的解析

    • 著者名/発表者名
      上久保裕生
    • 学会等名
      国際高等研究所研究プロジェクト「分子基盤に基づく生体機能への揺らぎとダイナミックネットワークの解明」2013年度第1回研究会プログラム
    • 発表場所
      国際高等研究所、京都府木津川市
  • [学会発表] 光センサー蛋白質の局所状態変化と全体構造変化

    • 著者名/発表者名
      上久保裕生
    • 学会等名
      第3回CIMoSセミナー
    • 発表場所
      分子科学研究所協奏分子システム研究センター、愛知県岡崎市
    • 招待講演
  • [学会発表] 光センサー蛋白質からみた階層間の連続性

    • 著者名/発表者名
      上久保裕生
    • 学会等名
      国際高等研究所研究プロジェクト「分子基盤に基づく生体機能への揺らぎとダイナミックネットワークの解明」2013年度第2回研究会プログラム
    • 発表場所
      国際高等研究所、京都府木津川市
  • [学会発表] 折り畳み機構を踏まえた蛋白質分子設計方の開発

    • 著者名/発表者名
      上久保裕生
    • 学会等名
      NAIST未来開発コロキウム-明日をつくる分子・人材ネットワーク
    • 発表場所
      奈良先端科学技術大学院大学 物質創成科学研究科、奈良県生駒市
    • 招待講演
  • [学会発表] 機能を生み出す単位生体分子集団

    • 著者名/発表者名
      上久保裕生
    • 学会等名
      生命システムにおける動的秩序形成と高次機能発現 第1回公開シンポジウム
    • 発表場所
      岡崎コンファレンスセンタ-、愛知県岡崎市
    • 招待講演
  • [学会発表] Extraction of Function Elements from Green Fluorescent Protein

    • 著者名/発表者名
      Toshio Morimoto
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館、京都府京都市

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公開日: 2015-05-28  

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