神経性食欲不振症を対象とした一塩基多型マーカーによるゲノムワイド相関遺伝子解析

2011 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 23390191
• 研究機関: 国際医療福祉大学
• 研究代表者: 小牧 元 国際医療福祉大学, 教授 (70225564)
• 研究分担者: 猪子 英俊 東海大学, 医学部・分子生命科学, 教授 (10101932) ; 安藤 哲也 精神保健研究所, 心身医学研究部, 室長 (50311428)
• キーワード: 神経性食欲不振症 / 摂食障害患者 / 感受性遺伝子 / ゲノムワイド相関解析 / マイクロサテライト / SNP

研究概要

SNPsを用いたゲノムワイドな関連解析(GWAS)においては、検出された遺伝子座はリスクが極めて小さいものばかりで該当疾患の遺伝性の多くを説明できていない。これはcommon disease-common variant仮説に基づいたGWASの限界を示唆している。そもそも疾患に寄与する有害な変異は、進化の過程で急速にその頻度を減少させられなければならず、それが 'common' な高頻度のアリルであるとは考えにくい。従って低頻度かもしくはde novo mutationのような変異の蓄積が疾患の原因ではないかと最近では考えられるようになってきた。しかし、それを検出する有用な手段は無かったが、近年、次世代シークエンサーが登場し、パーソナルゲノムが可能となって来た。この機器を利用した"Exome sequencing"が開発され、効率よく全exonのシークエンスを得ることが可能である。そこで、本研究においてもこの技術手法を応用し、摂食障害の病因に関与する変異同定を試みる。
具体的には、1個体あたり de novo mutationは数十塩基発生していると推定されており、孤発例の患者を対象にこの実験を実施しても、疾患の原因変異か、たまたま生じた変異かを区別することは容易ではない。しかしながら、家族例を利用すれば、変異と疾患形質の伝達が一致するか否か、また de novo mutationであるか否かを判断し、疾患との関連を追及することが可能となると考えられる。そこで本年度は、これまでに収集した摂食障害の家族例の中で、制限型の神経性食欲不振症の家系を対象とし、1家系2世代5名に含まれる罹患者および非罹患者のDNAを超音波切断により断片化し、断片の末端にアダプターを付加し、DNAライブラリーを調整した。さらにエクソンのDNA断片濃縮はSure Select Human All Exon Kit(Agilent)を用いDNAライブラリーよりエクソン配列のDNA断片のみを濃縮した。引き続き来年度は、次世代シークエンサーであるGenome analyzer(Illumina)により、全エクソンの配列の獲得を目指す。

現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

当初の計画段階において、common disease-common variant仮説に基づいたSNPマーカーを用いたゲノムワイド相関解析の有する問題点(リスクが極めて小さい変異しか同定出来ない)が明らかとなった。そのため、解析方法を変更し、次世代シークエンサーを利用したExome sequencingによりAN制限型家族例を対象として、疾患と関連したde novo mutationを探索し、原因変異を同定する方法へ変更した。現在まで1家系のDNAライブラリーを調整し、全エクソン配列のDNA断片のみの濃縮まで実施している。

今後の研究の推進方策

今後は、次世代シークエンサーであるGenome analyzer(Illumina)によりシークエンシングを実施する。得られたシークエンス・データ(read)はUCSC hg19を標準ゲノム配列としてBWAによりマッピングしたのち、SamtoolsおよびGenome AnalysisTKにより、信頼性も評価した多型・変異リストをアリル頻度とともに出力させる。この多型・変異リストを機能的、集団遺伝学的特徴に基づきフィルタリングすることで、候補となる変異を絞り込み、サンガーシークエンシング法により確認する予定である。こうした解析により得られた結果を考慮しつつ、同疾患の他家系について、全エクソン配列をシークエンシングを行い、疾患原因候補遺伝子を探索する。

研究成果

• [雑誌論文] Population genetic structure of peninsular Malaysia Malay sub-ethnic groups (2012)
  • 著者名/発表者名: Hatin WI, Nur-Shafawati AR, Zahri MK, Xu S, Jin L, Tan SG, Rizman-Idid M, Zilfalil BA; HU GO Pan-Asian SNP Consortium
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 5:6(4) ページ: e18312
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0018312
  • 査読あり
• [雑誌論文] A novel splicing variant of CADM2 as a protective transcript of psoriasis (2011)
  • 著者名/発表者名: Hiruma A, Ikeda S, Terui T, Ozawa M, Hashimoto T, Yasumoto S, Nakayama J, Kubota Y, Iijima M, Sueki H, Matsumoto Y, Kato M, Akasaka E, Ikoma N, Mabuchi T, Tamiya S, Matsuyama T, Ozawa A, Inoko H, Oka A
  • 雑誌名: Biochem Biophys Res Commun 巻: 412(4) ページ: 626-32
  • DOI: 10.1016/j.bbrc.2011.08.013
  • 査読あり
• [雑誌論文] No Association of Brain-Derived Neurotrophic Factor Val66Met Polymorphism With Anorexia Nervosa in Japanese (2011)
  • 著者名/発表者名: Ando T, Ishikawa T, Hotta M, Naruo T, Okabe K, Nakahara T, Takii M, Kawai K, Mera T, Nakamoto C, Takei M, Yamaguchi C, Nagata T, Okamoto Y, Ookuma K, Koide M, Yamanaka T, Murata S, Tamura N, Kiriike N, Ichimaru Y, Komaki G, the Japanese Genetic Research Group For Eating Disorders
  • 雑誌名: Am J Med Genet Part B 巻: 159B ページ: 48-52
  • DOI: doi:10.1002/ajmg.b.32000.Epub2011Nov29
  • 査読あり
• [雑誌論文] Which CIDE are you on? Apoptosis and energy metabolism (2011)
  • 著者名/発表者名: Yonezawa Tomo; Kurata Riho; Kimura Minoru, et al
  • 雑誌名: MOLECULAR BIOSYSTEMS 巻: 7 ページ: 91-100
  • DOI: 10.1007/s13577-011-0019-y
  • 査読あり
• [雑誌論文] NFKBIL1 Confers Resistance to Experimental Autoimmune Arthritis Through the Regulation of Dendritic Cell Functions (2011)
  • 著者名/発表者名: Chiba T.; Matsuzaka Y.; Warita T., et al
  • 雑誌名: SCANDINAVIAN JOURNAL OF IMMUNOLOGY 巻: 73:5 ページ: 478-485
  • DOI: 10.1111/j.1365-3083.2011.02524.x
  • 査読あり
• [雑誌論文] Meta-Analysis Confirms the LCE3C_LCE3B Deletion as a Risk Factor for Psoriasis in Several Ethnic Groups and Finds Interaction with HLA-Cw6 (2011)
  • 著者名/発表者名: Riveira-Munoz Eva; He Su-Min; Escaramis Georgia, et al
  • 雑誌名: JOUENAL OF INVESTIGATIVE DERMATOLOGY 巻: 131:5 ページ: 1105-1109
  • DOI: 10.1038/jid.2010.350
  • 査読あり
• [雑誌論文] Investigation of Association between TLR9 Gene Polymorphisms and VKH in Japanese Patients (2011)
  • 著者名/発表者名: Ito Ryuta; Ota Masao; Meguro Akira, et al
  • 雑誌名: OCULAR IMMUNOLOGY AND INFLAMMATION 巻: 19:3 ページ: 202-205
  • DOI: 10.3109/09273948.2011.553981
  • 査読あり
• [雑誌論文] Particular human leukocyte antigen alleles are associated with biochemical traits in the Japanese population (2011)
  • 著者名/発表者名: Mitsunaga Shigeki; Homma Yasuhiko; Narita Akira, et al
  • 雑誌名: HUMAN IMMUNOLOGY 巻: 72:7 ページ: 566-570
  • DOI: 10.1016/j.humimm.2011.03.011
  • 査読あり
• [雑誌論文] SLA-DRB1 and-DQB1 genotyping by the PCR-SSOP-Luminex method (2011)
  • 著者名/発表者名: Ando A.; Shigenari A.; Ota M., et al
  • 雑誌名: TISSUE ANTIGENS 巻: 78:1 ページ: 49-55
  • DOI: 10.1111/j.1399-0039.2011.01669.x
  • 査読あり
• [雑誌論文] Exact break point of a 50 kb deletion 8 kb centromeric of the HLA-A locus with HLA-A^*24:02 : the same deletion observed in other A^*24 alleles and A^*23:01 allele (2011)
  • 著者名/発表者名: Mitsunaga Shigeki; Okudaira Yuko; Kunii Nanae, et al
  • 雑誌名: IMMUNOGENETICS 巻: 63:8 ページ: 467-474
  • DOI: 10.1007/s00251-011-0521-0
  • 査読あり
• [雑誌論文] Cytochrome P450 genetic polymorphisms influence the serum concentration of calcineurin inhibitors in allogeneic hematopoietic SCT recipients (2011)
  • 著者名/発表者名: Onizuka M.; Kunii N.; Toyosaki M., et al
  • 雑誌名: BONE MARROW TRANSPLANTATION 巻: 46:8 ページ: 1113-1117
  • DOI: 10.1038/bmt.2010.273
  • 査読あり
• [雑誌論文] Simple cloning strategy using GFPuv gene as positive/negative indicator (2011)
  • 著者名/発表者名: Miura Hiromi; Inoko Hidetoshi; Inoue Ituro, et al
  • 雑誌名: ANALYTICAL BIOCHEMISTRY 巻: 416:2 ページ: 237-239
  • DOI: 10.1016/j.ab.2011.04.040
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Systems Genetics Approach Provides a Bridge from Discovered Genetic Variants to Biological Pathways in Rheumatoid Arthritis (2011)
  • 著者名/発表者名: Nakaoka Hirofumi; Cui Tailin; Tajima Atsushi, et al
  • 雑誌名: PLOS ONE 巻: 6:9 ページ: e25389
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0025389
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genetic variation and hitchhiking between structurally polymorphic Aluinsertions and HLA-A, -B, and -C alleles and other retroelements with in the MHC class I region (2011)
  • 著者名/発表者名: Kulski J.K.; Shigenari A.; Inoko H.
  • 雑誌名: TISSUE ANTIGENS 巻: 78:5 ページ: 359-377
  • DOI: 10.1111/j.1399-0039.2011.01776.x
  • 査読あり
• [雑誌論文] Enforced expression of the transcription factor HOXD3 under the control of the Wnt1 regulatory element modulates cell adhesion properties in the developing mouse neural tube (2011)
  • 著者名/発表者名: Taniguchi Yasushi; Tanaka Osamu; Sekiguchi Masaki, et al
  • 雑誌名: JOURNAL OF ANATOMY 巻: 219:5 ページ: 589-600
  • DOI: 10.1111/j.1469-7580.2011.01425.x
  • 査読あり
• [雑誌論文] Cytotoxic T-lympliocyte antigen 4 haplotype correlates with relapse and survival after allogeneic hematopoietic SCT (2011)
  • 著者名/発表者名: Murase M.; Nishida T.; Onizuka M., et al
  • 雑誌名: BONE MARROW TRANSPLANTATION 巻: 46:11 ページ: 1444-1449
  • DOI: 10.1038/bmt.2010.319
  • 査読あり
• [雑誌論文] GM-CSF-Independent CD1a Expression in Epidermal Langerhans Cells : Evidence from Human CD1A Genome-Transgenic Mice (2011)
  • 著者名/発表者名: Kobayashi Chisa; Shiina Takashi; Tokioka Atsuko, et al
  • 雑誌名: JOURNAL OF INVESTIGATIVE DERMATOLOGY 巻: 132:1 ページ: 241-244
  • DOI: 10.1038/jid.2011.280
  • 査読あり
• [雑誌論文] Current understanding of human genetics and genetic analysis of psoriasis (2011)
  • 著者名/発表者名: Oka Akira; Mabuchi Tomotaka; Ozawa Akira, et al
  • 雑誌名: JOURNAL OF DERMATOLOGY 巻: 39:3 ページ: 231-241
  • DOI: 10.1111/j.1346-8138.2012.01504.x
  • 査読あり
• [雑誌論文] Application of high-resolution, massively parallel pyrosequencing for estimation of haplotypes and gene expression levels of swine leukocyte antigen (SLA) class I genes (2011)
  • 著者名/発表者名: Kita Yuki F.; Ando Asako; Tanaka Keiko, et al
  • 雑誌名: IMMUNOGENETICS 巻: 64:3 ページ: 187-199
  • DOI: 10.1007/s00251-011-0572-2
  • 査読あり
• [雑誌論文] Targeted transgenesis through pronuclear injection of improved vectors into in vitro fertilized eggs (2011)
  • 著者名/発表者名: Ohtsuka, M., Miura, H., Nakaoka, H., Kimura, M., Sato, M., Inoko, H.
  • 雑誌名: Transgenic Research 巻: 21:1 ページ: 225-226
  • DOI: 10.1007/s11248-011-9505-y
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comparative genome analysis of the major histocompatibility complex (MHC) class i B/C segments in primates elucidated by genomic sequencing in common marmoset (Callithrix jacchus) (2011)
  • 著者名/発表者名: Shiina, T., Kono, A., Westphal, N., Suzuki, S., Hosomichi, K., Kita, Y.F, Roos, et al
  • 雑誌名: Immunogenetics 巻: 63:8 ページ: 485-499
  • DOI: 10.1007/s00251-011-0526-8
  • 査読あり
• [雑誌論文] Construction of Japanese BAC library Yamato-2 (JY2) : A set of 330K clone resources of damage-minimized DNA taken from a genetically established Japanese individual (2011)
  • 著者名/発表者名: Terabayashi, Y., Morita, K., Park, J.Y., Saito, S., Shiina, T., Inoko, H, et al
  • 雑誌名: Human Cell 巻: 24 ページ: 135-145
  • DOI: 10.1007/s13577-011-0019-y
  • 査読あり
• [雑誌論文] IκBL, a novel member of the nuclear IκB family, inhibits inflammatory cytokine expression (2011)
  • 著者名/発表者名: Chiba T, Miyashita K, Sugoh T, Warita T, Inoko H, Kimura M, Sato T
  • 雑誌名: FEBS Letters 巻: 585:22 ページ: 3577-3581
  • DOI: 10.1016/j.febslet.2011.10.024
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of close relatives in the HUGO Pan-Asian SNP database (2011)
  • 著者名/発表者名: Yang X, Xu S; HUGO Pan-Asian SNP Consortium; Indian Genome Variation Consortium
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 6:12 ページ: e29502
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0029502
  • 査読あり
• [学会発表] 次世代シークエンサーを用いた8桁レベルの完璧なHLA-DNAタイピング (2012)
  • 著者名/発表者名: 猪子英俊
  • 学会等名: 第5回輸血検査研修会
  • 発表場所: 兵庫県赤十字血液センター(神戸)(招待講演)
  • 年月日: 2012-02-12
• [学会発表] GFPuv遺伝子とTypellS制限酵素を用いた遺伝子発現ベクターの簡便な構築法とその応用 (2011)
  • 著者名/発表者名: 三浦浩美、佐藤正宏、猪子英俊、大塚正人
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 20111213-20111216
• [学会発表] コモンマーモセットMHCクラスI(Caja-G)亜領域のゲノム構造解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: Azumi Kono, 椎名隆、猪子英俊
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 20111213-20111216
• [学会発表] HLAI遺伝子における超高解像度DNAタイピング法の開発 (2011)
  • 著者名/発表者名: 鈴木進悟、尾崎有紀、吉川枝里、重成敦子、光永滋樹、椎名隆、猪子英俊
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 20111213-20111216
• [学会発表] HLAII遺伝子における超高解像度DNAタイピング法の開発 (2011)
  • 著者名/発表者名: 尾崎有紀、椎名隆、鈴木進悟、吉川枝里、重成敦子、岡晃、光永滋樹、猪子英俊
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 20111213-20111216
• [学会発表] エクソーム解析による関節リウマチ感受性遺伝子の探索 (2011)
  • 著者名/発表者名: 奥平裕子、光永滋樹、國井七絵、細道一善、田中政之、林英樹、河田寿子、鈴木康夫、佐藤慎二、本間康彦、井ノ上逸朗、猪子英俊
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 20111213-20111216
• [学会発表] 摂食障害発症の遺伝・心理社会的要因 (2011)
  • 著者名/発表者名: 小牧元
  • 学会等名: 第16回日本心療内科学会学術大会
  • 発表場所: 東京国際交流館・プラザ平成、東京
  • 年月日: 20111126-20111127
• [学会発表] 神経性食欲不振症における血漿アミノ酸濃度プロフィールの検討 (2011)
  • 著者名/発表者名: 安藤哲也、田村奈穂、山本浩史、倉尚樹、小西恵、富田吉敏、田中孝幸、知場奈津子、庭瀬亜香、濱田孝、杤久保修、石川俊男、小牧元
  • 学会等名: 第16回日本心療内科学会総会・学術大会
  • 発表場所: 東京国際交流館・プラザ平成、東京
  • 年月日: 20111126-20111127
• [学会発表] 摂食障害の遺伝子研究 (2011)
  • 著者名/発表者名: 安藤哲也・小牧元
  • 学会等名: 第15回日本摂食障害学会学術集会
  • 発表場所: 城山観光ホテル、鹿児島
  • 年月日: 20110903-20110904
• [学会発表] EDE-Q6.0から見た思春期・青年期摂食障害患者の特徴 (2011)
  • 著者名/発表者名: 高橋美智子, 武久千夏, 木川恵理, 新宅可奈子, 武田剛, 小牧元, 生野照子
  • 学会等名: 第15回日本摂食障害学会学術集会
  • 発表場所: 城山観光ホテル、鹿児島
  • 年月日: 20110903-20110904
• [学会発表] 女子大学生のダイエット経験者および気晴らし喰い経験者の心理的・身体的特徴 (2011)
  • 著者名/発表者名: 安藤哲也, 東風谷祐子, 市丸雄平, 兒玉直樹, 菊地裕絵, 小牧元
  • 学会等名: 15回日本摂食障害学会学術集会
  • 発表場所: 城山観光ホテル、鹿児島
  • 年月日: 20110903-20110904
• [学会発表] 次世代シークエンサーを用いたHLAゲノム領域の多様性解析-究極のHLAタイピングとHLAハプロクイプの塩基配列決定- (2011)
  • 著者名/発表者名: 猪子英俊、鈴木進悟、細道一善、河野あずみ、田中景子、北夕紀、吉川枝里、重成敦子、田中政之、林英樹、井ノ上逸朗、椎名隆
  • 学会等名: 第20回日本組織適合性学会大会
  • 発表場所: ツインメッセ静岡(招待講演)
  • 年月日: 20110828-20110830
• [学会発表] 次世代シークエンサーを用いたHLAクラスI遺伝子タイピング法の開発 (2011)
  • 著者名/発表者名: 鈴木進悟、吉川枝里、重成敦子、光永滋樹、椎名隆、猪子英俊
  • 学会等名: 第20回日本組織適合性学会大会
  • 発表場所: ツインメッセ静岡
  • 年月日: 20110828-20110830
• [学会発表] 日本人集団におけるHLAと生化学検査値の関連 (2011)
  • 著者名/発表者名: 奥平裕子、光永滋樹、成田暁、柏背貢一、椎名豊、本間康彦、井ノ上逸朗、猪子英俊
  • 学会等名: 第20回日本組織適合性学会大会
  • 発表場所: ツインメッセ静岡
  • 年月日: 20110828-20110830
• [学会発表] Eating Disorder Examination Questionnaire 6.0 Survey of 6,000 Japanese Junior High School Students (2011)
  • 著者名/発表者名: Komaki G, Hasebe T, Nishimura H, Ueno M, Kodama N, Hamada T, Kikuchi H, Ando T, Tojo M, Tachimori H, Ikuno T, Maeda M
  • 学会等名: The 21th World Congress on Psychosomatic Medicine
  • 発表場所: National Museum of Korea, Seoul/Korea
  • 年月日: 20110825-20110828
• [学会発表] Association of stress coping with eating disorder-tendencies in young Japanese women (2011)
  • 著者名/発表者名: Ando T, Hasegawa Y, Kochiya Y, Ichimaru Y, Komaki G
  • 学会等名: The 21th World Congress on Psychosomatic Medicine
  • 発表場所: National Museum of Korea, Seoul/Korea
  • 年月日: 20110825-20110828
• [学会発表] 摂食障害遺伝子解析研究協力者会議:脳由来神経栄養因子遺伝子の多型と神経性食欲不振症との関連の検討 (2011)
  • 著者名/発表者名: 安藤哲也, 石川俊男, 鈴木(堀田)眞理, 成尾鉄朗, 岡部憲二郎, 中原敏博, 瀧井正人, 河合啓介, 米良貴嗣, 中本智恵美, 武井美智子, 山口力, 永田利彦, 岡本百合, 大隈和喜, 小出将則, 山中隆夫, 田村奈穂, 切池信夫, 小牧元
  • 学会等名: 第52回日本心身医学会総会ならびに学術講演会
  • 発表場所: パシフィコ横浜、横浜
  • 年月日: 20110609-20110610
• [学会発表] 関節リウマチにおけるシステムズ・ゲネティクス・アプローチ～感受性遺伝子座から生物学的経路の推定 (2011)
  • 著者名/発表者名: 中岡博史、崔泰林、田嶋淳、光永滋樹、猪子英俊、井ノ上逸朗
  • 学会等名: 日本人類遺伝学会第56回大会、第11回東アジア人類遺伝学会日本人類遺伝学会第56回大会、第11回東アジア人類遺伝学会
  • 発表場所: 幕張メッセ
  • 年月日: 2011-11-11
• [学会発表] HLAアレルと強く関連する薬剤副作用因子検索のためのHLA領域のシーケンス (2011)
  • 著者名/発表者名: 細道一善、椎名隆、鈴木進悟、三浦浩美、田平知子、林健志、猪子英俊、井ノ上逸朗
  • 学会等名: 日本人類遺伝学会第56回大会、第11回東アジア人類遺伝学会日本人類遺伝学会第56回大会、第11回東アジア人類遺伝学会
  • 発表場所: 幕張メッセ
  • 年月日: 2011-11-10