次世代型統合的ゲノム解析による食道癌の治療効果予測アルゴリズム構築と分子標的探索

2013 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 23390325
• 研究機関: 徳島大学
• 研究代表者: 井本 逸勢 (橘 逸勢) 徳島大学, ヘルスバイオサイエンス研究部, 教授 (30258610)
• 研究分担者: 丹黒 章 徳島大学, ヘルスバイオサイエンス研究部, 教授 (10197593) ; 楊河 宏章 徳島大学, 大学病院, 准教授 (50263827)
• 研究期間 (年度): 2011-04-01 – 2014-03-31
• キーワード: 食道癌 / ゲノム / 遺伝子 / エピゲノム / トランスレーショナルリサーチ / 次世代シーケンサー

研究概要

食道扁平上皮癌(ESCC)の「個別化医療」実現のため、臨床情報を付帯した高品位臨床検体を対象に次世代テクノロジーを駆使して抽出するオミックス情報から、悪性度や治療効果予測アルゴリズムを構築すると共に分子標的治療の標的遺伝子候補探索を目的に研究を推進し、24年度に引き続き25年度は以下の成果を得た。
1. ESCC臨床例からの臨床検体と派生するバイオリソース、臨床情報収集：(1)術前化学療法または化学療法単独、(2)術前化学放射線療法または化学放射線療法単独、(3)化学放射線療法など体系化されたプロトコールで治療されたESCC臨床例の組織ならびに臨床情報の収集・データベース作成を継続した。個々の症例における病態や変異に類似するモデル実験系構築のために癌細胞株も追加収集した。
2. ESCCのオミックス解析：次世代シーケンサー・アレイによるゲノム配列、ゲノムコピー数、DNAメチル化、遺伝子発現解析の継続とデータ蓄積を進めた。他のグループとの連携による配列収集の推進を図ると共に、全ゲノム解析の検討も開始し、これらを基に、オミックスデータの統合情報解析法の改良を進めた。これらの各取り組みから候補遺伝子を同定すると共に、腫瘍内の不均一性に基く治療効果の推定の可能性の検討、ゲノム編集によるハイスループット機能解析系構築にも取り組んだ。
3. ESCC以外の腫瘍ならびに他疾患について、解析プラットフォームが有用であることを確認し、ゲノム・エピゲノム異常の標的遺伝子同定を進めることができた（Oncogene 2014他）。
これらの結果から、本課題で構築されたシステムにより、さらにESCCの診断・治療標的同定達成が期待できることが示された。

現在までの達成度 (区分)

理由

25年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

25年度が最終年度であるため、記入しない。

研究成果

• [雑誌論文] Specific molecular signatures of non-tumor liver tissues may predict a risk for development of hepatocellular carcinoma (2014)
  • 著者名/発表者名: Utsunomiya T, Shimada M, Morine Y, Tajima A, Imoto I
  • 雑誌名: Cancer Sci
  • DOI: 10.1111/cas.12431
  • 査読あり
• [雑誌論文] The expression and clinical significance of connective tissue growth factor in advanced head and neck squamous cell cancer. (2014)
  • 著者名/発表者名: Kikuchi R, Kikuchi Y, Tsuda H, Maekawa H, Kozaki KI, Imoto I, Tamai S, Shiotani A, Iwaya K, Sakamoto M, Sekiya T, Matsubara O.
  • 雑誌名: Hum Cell 巻: 印刷中 ページ: 印刷中
  • 査読あり
• [雑誌論文] Integrated genomic and functional analyses reveal glyoxalase I as a novel metabolic oncogene in human gastric cancer. (2014)
  • 著者名/発表者名: Hosoda F, Arai Y, Okada N, Hiroko Shimizu H, Miyamoto M, Kitagawa N, Katai H, Taniguchi H, Yanagihara K, Imoto I, Inazawa J, Ohki M, Shibata T.
  • 雑誌名: Oncogene 巻: 印刷中 ページ: 印刷中
  • DOI: 10.1038/onc.2014.57
  • 査読あり
• [雑誌論文] Novel PAX9 mutations cause nonsyndromic tooth agenesis in Japanese patients. (2014)
  • 著者名/発表者名: Mitsui SN, Yasue A, Masuda K, Watanabe K, Horiuchi S, Imoto I, Tanaka E.
  • 雑誌名: J Dent Res 巻: 93 ページ: 245-249
  • DOI: 10.1177/0022034513519801
  • 査読あり
• [雑誌論文] NF-κB inducing kinase, a central signaling 1 component of the non-canonical pathway of NF-κB, contributes to ovarian cancer progression. (2014)
  • 著者名/発表者名: Uno M, Saitoh Y, Mochida K , Tsuruyama E, Kiyono T, Imoto I, Inazawa J, Yuasa Y, Kubota T, Yamaoka S.
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 9 ページ: e88347
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0088347
  • 査読あり
• [雑誌論文] Early results of omitting completion axillary lymph node dissection in sentinel lymph node metastasis-positive breast cancer patients. (2013)
  • 著者名/発表者名: Honda J, Matsuoka H, Hirose C, Nagao T, Yoshida T, Takahashi M, Imoto I, Sasa S.
  • 雑誌名: Advances in Breast Cancer Research 巻: 2 ページ: 126-132.
  • DOI: 10.4236/abcr.2013.24021
  • 査読あり
• [雑誌論文] NF90 in Posttranscriptional Gene Regulation and MicroRNA Biogenesis. (2013)
  • 著者名/発表者名: Masuda K, Kuwano Y, Nishida K, Rokutan K, Imoto I.
  • 雑誌名: Int J Mol Sci 巻: 14 ページ: 17111-17121
  • DOI: 10.3390/ijms140817111
  • 査読あり
• [雑誌論文] Junctional Rab13-binding protein (JRAB) regulates cell spreading via filamins. (2013)
  • 著者名/発表者名: Sakane A, Abdallah AA, Nakano K, Honda K, Kitamura T, Imoto I, Matsushita N, Sasaki T.
  • 雑誌名: Genes Cells 巻: 18 ページ: 810-822
  • DOI: 10.1111/gtc.12078
  • 査読あり
• [雑誌論文] Plasma total homocysteine is associated with DNA methylation in patients with schizophrenia. (2013)
  • 著者名/発表者名: Kinoshita M, Numata S, Tajima A, Shimodera S, Imoto I, Ohmori T.
  • 雑誌名: Epigenetics 巻: 8 ページ: 584-590
  • DOI: 10.4161/epi.24621
  • 査読あり
• [学会発表] 次世代シークエンサーにより診断したSENDA小児例 (2013)
  • 著者名/発表者名: 岡本伸彦、長谷川龍志、池田妙、山崎藍、井本逸勢
  • 学会等名: 日本人類遺伝学会第58回大会
  • 発表場所: 江陽グランドホテル(宮城県仙台市）
  • 年月日: 20131121-20131123
• [学会発表] ゲノムワイドな異常DNAメチル化探索による新規メチル化標的喫煙関連肺腺癌抑制遺伝子の同定 (2013)
  • 著者名/発表者名: 梶浦耕一郎、井本逸勢、増田清士、田嶋敦、近藤和也、丹黒章
  • 学会等名: 第72回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
  • 年月日: 20131003-20131005
• [学会発表] ゲノムワイドなDNA メチル化解析に基づく非B 非C 肝癌例の非癌部肝組織におけるDNA メチル化異常の特徴 (2013)
  • 著者名/発表者名: 宇都宮徹、島田光生、居村暁、森根裕二、池本哲也、金本真美、荒川悠佑、岩橋衆一、斉藤裕、山田眞一郎、石川大地、田嶋敦、井本逸勢
  • 学会等名: 第72回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
  • 年月日: 20131003-20131005
• [備考] 徳島大学医学部人類遺伝学分野
  • URL: http://www.tokushima-u.ac.jp/med/culture/jinruiiden/