次世代型統合的ゲノム解析による食道癌の治療効果予測アルゴリズム構築と分子標的探索

2013 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 23390325
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 消化器外科学
• 研究機関: 徳島大学
• 研究代表者: 井本 逸勢 (橘 逸勢) 徳島大学, ヘルスバイオサイエンス研究部, 教授 (30258610)
• 研究分担者: 丹黒 章 徳島大学, 大学院・へルスバイオサイエンス研究部, 教授 (10197593) ; 楊河 宏章 徳島大学, 病院, 准教授 (50263827)
• 連携研究者: 田嶋 敦 徳島大学, 大学院・へルスバイオサイエンス研究部, 准教授 (10396864)
• 研究期間 (年度): 2011-04-01 – 2014-03-31
• キーワード: 食道癌 / ゲノム / エピゲノム / 遺伝子 / トランスレーショナルリサーチ / 次世代シーケンサー

研究概要

食道扁平上皮癌(ESCC)の「個別化医療」実現のため、体系化されたプロトコールで治療された臨床検体と臨床情報を収集し、これらを対象に次世代シーケンサーとアレイによりオミックス(配列、コピー数、メチル化、発現)情報を抽出、統合することにより、分子マーカーを用いてESCCの悪性度や治療効果を予測するためのアルゴリズムを構築した。さらに統合データを用いて診断や治療の標的遺伝子候補の探索と同定を行い、ESCCのみならず他のがんでも、本アプローチが応用可能で有用であることを示した。

研究成果

• [雑誌論文] Specific molecular signatures of non-tumor liver tissues may predict a risk for development of hepatocellular carcinoma (2014)
  • 著者名/発表者名: Utsunomiya T, Shimada M, Morine Y, Tajima A, Imoto I
  • 雑誌名: Cancer Sci
  • DOI: 10.1111/cas.12431
  • 査読あり
• [雑誌論文] The expression and clinical significance of connective tissue growth factor in advanced head and neck squamous cell cancer (2014)
  • 著者名/発表者名: Kikuchi R, Kikuchi Y, Tsuda H, Maekawa H, Kozaki KI, Imoto I, Tamai S, Shiotani A, Iwaya K, Sakamoto M, Sekiya T, Matsubara O
  • 雑誌名: Hum Cell
  • DOI: 10.1007%2Fs13577-014-0092-0
  • 査読あり
• [雑誌論文] Integrated genomic and functional analyses reveal glyoxalase I as a novel metabolic oncogene in human gastric cancer (2014)
  • 著者名/発表者名: Hosoda F, Arai Y, Okada N, Hiroko Shimizu H, Miyamoto M, Kitagawa N, Katai H, T aniguchi H, Y anagihara K, Imoto I, Inazawa J, Ohki M, Shibata T
  • 雑誌名: Oncogene
  • DOI: 10.1038/onc.2014.57
  • 査読あり
• [雑誌論文] Novel PAX9 mutations cause nonsyndromic tooth agenesis in Japanese patients (2014)
  • 著者名/発表者名: Mitsui SN, Y asue A, Masuda K, Watanabe K, Horiuchi S, Imoto I, T anaka E
  • 雑誌名: J Dent Res 巻: 93(3) ページ: 245-249
  • DOI: 10.1177/0022034513519801
  • 査読あり
• [雑誌論文] NF-κB inducing kinase, a central signaling 1 component of the non-canonical pathway of NF-κB, contributes to ovarian cancer progression (2014)
  • 著者名/発表者名: Uno M, Saitoh Y, Mochida K, Tsuruyama E, Kiyono T, Imoto I, Inazawa J, Yuasa Y, Kubota T, Yamaoka S
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 9(2) ページ: e88347
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0088347
  • 査読あり
• [雑誌論文] Early results of omitting completion axillary lymph node dissection in sentinel lymph node metastasis-positive breast cancer patients (2013)
  • 著者名/発表者名: Honda J, Matsuoka H, Hirose C, Nagao T, Y oshida T, T akahashi M, Imoto I, Sasa S
  • 雑誌名: Advances Breast Cancer Res 巻: 2 ページ: 126-132
  • DOI: 10.4236/abcr.2013.24021
  • 査読あり
• [雑誌論文] NF90 in Posttranscriptional Gene Regulation and MicroRNA Biogenesis (2013)
  • 著者名/発表者名: Masuda K, Kuwano Y, Nishida K, Rokutan K, Imoto I
  • 雑誌名: Int J Mol Sci 巻: 14(8) ページ: 17111-17121
  • DOI: 10.3390/ijms140817111
  • 査読あり
• [雑誌論文] Junctional Rab13-binding protein (JRAB) regulates cell spreading via filamins (2013)
  • 著者名/発表者名: Sakane A, Abdallah AA, Nakano K, Honda K, Kitamura T, Imoto I, Matsushita N, Sasaki T
  • 雑誌名: Genes Cells 巻: 18(9) ページ: 810-822
  • DOI: 10.1111/gtc.12078
  • 査読あり
• [雑誌論文] Plasma total homocysteine is associated with DNA methylation in patients with schizophrenia. Epigenetics (2013)
  • 著者名/発表者名: Kinoshita M, Numata S, Tajima A, Shimodera S, Imoto I, Ohmori T
  • 雑誌名: Epigenetics 巻: 8(6) ページ: 584-590
  • DOI: 10.4161/epi.24621
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNA methylation signatures of peripheral leukocytes in schizophrenia (2013)
  • 著者名/発表者名: Kinoshita M, Numata S, Tajima A, Shimodera S, Ono S, Imamura A, Iga JI, Watanabe S, Kikuchi K, Kubo H, Nakataki M, Sumitani S, Imoto I, Okazaki Y, Ohmori T
  • 雑誌名: Neuromolecular Med 巻: 15(1) ページ: 95-101
  • DOI: 10.1007/s12017-012-8198-6
  • 査読あり
• [雑誌論文] Esophageal squamous cell carcinoma developed 11 years after allogeneic bone marrow transplantation for acute lymphatic leukemia (2013)
  • 著者名/発表者名: Miyawaki Y, Imoto I, Tokairin Y, Kawada K, Nakajima Y, Nishikage T, Nagai K, Kajiwara M, Inazawa J, Kawano T
  • 雑誌名: Jpn J Clin Oncol 巻: 43(1) ページ: 69-73
  • DOI: 10.1093/jjco/hys1
  • 査読あり
• [雑誌論文] Meta-analysis of association studies between DISC1 missense variants and schizophrenia in Japanese population (2012)
  • 著者名/発表者名: Kinoshita M, Numata S, Tajima A, Ohi K, Hashimoto R, Shimodera S, Imoto I, Itakura M, Takeda M, Ohmori T
  • 雑誌名: Schizophr Res 巻: 141(2-3) ページ: 271-273
  • DOI: 10.1016/j.schres.2012.07.020
  • 査読あり
• [雑誌論文] Integrative array-based approach identifies MZB1 as a frequently methylated putative tumor-suppressor in hepatocellular carcinoma (2012)
  • 著者名/発表者名: Matsumura S, Imoto I, Kozaki K, Matsui T, Muramatsu T, Furuta M, Tanaka S, Sakamoto M, Arii S, Inazawa J
  • 雑誌名: Clin Cancer Res 巻: 18(13) ページ: 3541-3551
  • DOI: 10.1158/1078-0432.CCR-11-1007
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genomic copy-number alterations of MYC and FHIT genes are associated with survival in esophageal squamous-cell carcinoma (2012)
  • 著者名/発表者名: Miyawaki Y, Kawauchi H, Ooi A, Eishi Y, Kawano T, Inazawa J, Imoto I.
  • 雑誌名: Cancer Sci 巻: 103(8) ページ: 1558-1662
  • DOI: 10.1111/j.1349-7006.2012.02329.x
  • 査読あり
• [雑誌論文] The incidence of hypoplasia of the corpus callosum in patients with dup (X)(q28) involving MECP2 is associated with the location of distal breakpoints (2012)
  • 著者名/発表者名: Honda S, Hayashi S, Nakane T, Imoto I, Kurosawa K, Mizuno S, Okamoto N, Kato M, Yoshihashi H, Kubota T, Nakagawa E, Goto YI, Inazawa J
  • 雑誌名: Am J Med Genet A 巻: 158A(6) ページ: 1292-1303
  • DOI: 10.1002/ajmg.a.35321
  • 査読あり
• [雑誌論文] ACTN4 gene amplification and actinin-4 protein overexpression drive tumour development and histological progression in a high-grade subset of ovarian clear-cell adenocarcinomas (2012)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto S, Tsuda H, Honda K, Takano M, Tamai S, Imoto I, Inazawa J, Yamada T, Matsubara O
  • 雑誌名: Histopathology 巻: 60(7) ページ: 1073-1083
  • DOI: 10.1111/j.1365-2559.2011.04163.x
  • 査読あり
• [雑誌論文] SIX1 promotes epithelialmesenchymal transition in colorectal cancer through ZEB1 activation (2012)
  • 著者名/発表者名: Ono H, Imoto I, Kozaki K, Tsuda H, Matsui T, Kurasawa Y, Muramatsu T, Sugihara K, Inazawa J
  • 雑誌名: Oncogene 巻: 31(47) ページ: 4923-4934
  • DOI: 10.1038/onc.2011.646
  • 査読あり
• [雑誌論文] Stabilization of phenotypic plasticity through mesenchymal-specific DNA hypermethylation in cancer cells (2012)
  • 著者名/発表者名: Kurasawa Y, Kozaki K, Pimkhaokham A, Muramatsu T, Ono H, Ishihara T, Uzawa N, Imoto I, Amagasa T, Inazawa J
  • 雑誌名: Oncogene 巻: 31(15) ページ: 1963-1974
  • DOI: 10.1038/onc.2011.373
  • 査読あり
• [雑誌論文] Deletion at chromosome 10p11.23-p12.1 defines characteristic phenotypes with marked midface retrusion (2012)
  • 著者名/発表者名: Okamoto N, Hayashi S, Masui A, Kosaki R, Oguri I, Hasegawa T, Imoto I, Makita Y, Hata A, Moriyama K, Inazawa J
  • 雑誌名: J Hum Genet 巻: 57(3) ページ: 191-196
  • DOI: 10.1038/jhg.2011.154
  • 査読あり
• [雑誌論文] Japanese Mental Retardation Consortium. Concomitant microduplications of MECP2 and ATRX in male patients with severe mental retardation (2012)
  • 著者名/発表者名: Honda S, Satomura S, Hayashi S, Imoto I, Nakagawa E, Goto Y, Inazawa J
  • 雑誌名: J Hum Genet 巻: 57(1) ページ: 73-77
  • DOI: 10.1038/jhg.2011.131
  • 査読あり
• [雑誌論文] Novel intragenic duplications and mutations of CASK in patients with mental retardation and microcephaly with pontine and cerebellar hypoplasia (MICPCH) (2012)
  • 著者名/発表者名: Hayashi S, Okamoto N, Chinen Y, Takanashi JI, Makita Y, Hata A, Imoto I, Inazawa J
  • 雑誌名: Hum Genet 巻: 131(1) ページ: 99-110
  • DOI: 10.1007/s00439-011-1047-0
  • 査読あり
• [雑誌論文] HECT-type ubiquitin ligase ITCH targets lysosomal-associated protein multispanning transmembrane 5 (LAPTM5) and prevents LAPTM5-mediated cell death (2011)
  • 著者名/発表者名: Ishihara T, Inoue J, Kozaki K, Imoto I, Inazawa J
  • 雑誌名: J Biol Chem 巻: 286(51) ページ: 44086-44094
  • DOI: 10.1074/jbc.M111.251694
  • 査読あり
• [雑誌論文] miR-152 is a tumor suppressor microRNA that is silenced by DNA hypermethylation in endometrial cancer (2011)
  • 著者名/発表者名: Tsuruta T, Kozaki KI, Uesugi A, Furuta M, Hirasawa A, Imoto I, Susumu N, Aoki D, Inazawa J
  • 雑誌名: Cancer Res 巻: 71(20) ページ: 6450-6462
  • DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-11-0364
  • 査読あり
• [雑誌論文] The tumor suppressive microRNA miR-218 targets the mTOR component Rictor and inhibits AKT phosphorylation in oral cancer (2011)
  • 著者名/発表者名: Uesugi A, Kozaki K, Tsuruta T, Furuta M, Morita K, Imoto I, Omura K, Inazawa J
  • 雑誌名: Cancer Res 巻: 71(17) ページ: 5765-5778
  • DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-11-0368
  • 査読あり
• [雑誌論文] SASPase regulates stratum corneum hydration through profilaggrin-to-filaggrin processing (2011)
  • 著者名/発表者名: Matsui T, Miyamoto K, Kubo A, Kawasaki H, Ebihara T, Hata K, Tanahashi S, Ichinose S, Imoto I, Inazawa J, Kudoh J, Amagai M
  • 雑誌名: EMBO Mol Med 巻: 3(6) ページ: 320-333
  • DOI: 10.1002/emmm.201100140
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome-wide DNA methylation profiles in renal tumors of various histological subtypes and non-tumorous renal tissues (2011)
  • 著者名/発表者名: Arai E, Wakai-Ushijima S, Fujimoto H, Hosoda F, Shibata T, Kondo T, Yokoi S, Imoto I, Inazawa J, Hirohashi S, Kanai Y
  • 雑誌名: Pathobiology 巻: 78(1) ページ: 1-9
  • DOI: 10.1159/000322072
  • 査読あり
• [学会発表] 次世代シークエンサー解析により診断した SENDA 小児例 (2013)
  • 著者名/発表者名: 岡本伸彦, 他
  • 学会等名: 日本人類遺伝学会第58回大会
  • 発表場所: 江陽グランドホテル(宮城県仙台市)
  • 年月日: 2013-11-22
• [学会発表] ゲノムワイドな DNA メチル化解析に基づく非 B 非 C 肝癌例の非癌部肝組織における DNA メチル化異常の特徴 (2013)
  • 著者名/発表者名: 宇都宮徹, 他
  • 学会等名: 第72回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
  • 年月日: 2013-10-05
• [学会発表] ゲノムワイドな異常DNA メチル化探索による新規メチル化標的喫煙関連肺腺癌抑制遺伝子の同定 (2013)
  • 著者名/発表者名: 梶浦耕一郎, 他
  • 学会等名: 第72回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
  • 年月日: 2013-10-03
• [学会発表] Genetic variations in primary breast cancer and its metastatic tumor. (2012)
  • 著者名/発表者名: Hosoda F, et al
  • 学会等名: 第71回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: ロイトン札幌(北海道札幌市)
  • 年月日: 2012-09-21
• [学会発表] A tumor-suppressive microRNA cluster targets multiple cell cycle regulators in hepatocellular carcinoma (2012)
  • 著者名/発表者名: Furuta M, et al
  • 学会等名: 第71回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: ロイトン札幌(北海道札幌市)
  • 年月日: 2012-09-20
• [学会発表] Genomic copy-number alterations of MYC and FHIT genes are associated with survival in esophageal squamous-cell carcinoma (2012)
  • 著者名/発表者名: Miyawaki Y, et al
  • 学会等名: 第71回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: ロイトン札幌(北海道札幌市)
  • 年月日: 2012-09-20
• [学会発表] Copy number alterations in urothelial carcinomas : Their clinicopathological correlation with DNA methylation (2012)
  • 著者名/発表者名: Nishiyama N, et al
  • 学会等名: 第71回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: ロイトン札幌 (北海道札幌市)
  • 年月日: 2012-09-20
• [学会発表] 統合的アレイ解析による肝細胞がんの新規がん抑制遺伝子候補PACAPの同定 (2011)
  • 著者名/発表者名: 村松 聡, 他
  • 発表場所: 名古屋国際会議場(愛知県名古屋市)
  • 年月日: 2011-10-05
• [学会発表] Functional スクリーニングを用いた肝細胞癌抑制性 microRNA の同定 (2011)
  • 著者名/発表者名: 古田 繭子, 他
  • 学会等名: 第70回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 名古屋国際会議場 (愛知県名古屋市)
  • 年月日: 2011-10-05
• [学会発表] 食道癌におけるオートファジー関連遺伝子 ATG7 の不活性化 (2011)
  • 著者名/発表者名: 小西 博貴, 他
  • 学会等名: 第70回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 名古屋国際会議場(愛知県名古屋市)
  • 年月日: 2011-10-04
• [学会発表] 食道扁平上皮癌において高頻度に発現される新規癌関連プロトカドヘリン遺伝子の同定 (2011)
  • 著者名/発表者名: 宮脇 豊, 他
  • 学会等名: 第70回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 名古屋国際会議場(愛知県名古屋市)
  • 年月日: 2011-10-04
• [学会発表] 胃がんにおける新規がん遺伝子グリオキサラーゼIの機能解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 細田 文恵, 他
  • 学会等名: 第70回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 名古屋国際会議場 (愛知県名古屋市)
  • 年月日: 2011-10-04
• [学会発表] 機能的スクリーニングとDNA メチル化解析による口腔癌関連新規癌抑制遺伝子型 microRNA の検索 (2011)
  • 著者名/発表者名: 上杉 篤史, 他
  • 学会等名: 第70回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 名古屋国際会議場(愛知県名古屋市)
  • 年月日: 2011-10-04
• [学会発表] 愛知がんセンター大規模病院疫学研究システムに基づく HLA クラスII アレルとピロリ菌感染に関する横断研究 (2011)
  • 著者名/発表者名: 田嶋 敦, 他
  • 学会等名: 第70回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 名古屋国際会議場(愛知県名古屋市)
  • 年月日: 2011-10-03
• [学会発表] 卵巣癌細胞における恒常的NF-kB 活性化と足場非依存症増殖能に対する NIK の寄与 (2011)
  • 著者名/発表者名: 宇野 雅哉, 他
  • 学会等名: 第70回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 名古屋国際会議場(愛知県名古屋市)
  • 年月日: 2011-10-03
• [学会発表] 大腸癌において SIX1 はZEB1 を介し上皮間葉転換を誘導する (2011)
  • 著者名/発表者名: 小野 宏晃, 他
  • 学会等名: 第70回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 名古屋国際会議場(愛知県名古屋市)
  • 年月日: 2011-10-03
• [図書] 肝細胞癌の早期診断 : 画像と分子マーカー II 各論-2 分子マーカー-肝細胞癌関連 microRNA (2012)
  • 著者名/発表者名: 小崎健一, 他
  • 総ページ数: 265(241-249)
  • 出版者: アークメディア
• [図書] メディカルサイエンス遺伝子検査学 IV 染色体検査法-1 染色体分染法-2 染色法 (2011)
  • 著者名/発表者名: 井本逸勢
  • 総ページ数: 185(69-72)
  • 出版者: 近代出版
• [備考] 徳島大学・大学院ヘルスバイオサイエンス研究部・人類遺伝学ホームページ
  • URL: http://www.tokushima-u.ac.jp/med/culture/jinruiiden/