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2013 年度 実績報告書

ミトコンドリアをもたない真核微生物群フォルニカータの多様性の解明

研究課題

研究課題/領域番号 23405013
応募区分海外学術
研究機関筑波大学

研究代表者

橋本 哲男  筑波大学, 生命環境系, 教授 (50208451)

研究分担者 石田 健一郎  筑波大学, 生命環境系, 教授 (30282198)
稲垣 祐司  筑波大学, 生命環境系, 准教授 (50387958)
研究期間 (年度) 2011-04-01 – 2014-03-31
キーワードフォルニカータ / 多様性調査 / 嫌気環境 / 系統進化 / ミトコンドリア関連オルガネラ
研究概要

これまでにフォルニカータ生物や他の嫌気性真核微生物が検出されていない国内外の嫌気水圏環境を調査し、環境DNA解析や嫌気・微好気培養により新たなフォルニカータ生物および他の系統群に属す嫌気真核微生物を多数見出し、それらをもとに系統分類・進化学的な解析を行うことを目的として研究を進めた。
本年はパラオ海水湖の調査をH23年度に続いて行った。嫌気培養の結果得られた培養株の多くは既知の真核微生物であったが、1つの培養株(PAP020)については形態学的にもSSUrRNAによる分子系統解析でも真核生物系統樹の中に明確に位置付けることはできなかった。そのため、系統マーカーとして適切なα-,β-tubulin, Actin, HSP90, EF-2の5つの遺伝子の配列を決定し5遺伝子による連結分子系統解析を行ったが、位置づけを明確に示すことはできなかった。そこで現在、この培養株からRNAを抽出し、ライブラリーを作製して次世代シーケンサーによる網羅的なEST解析を行なうことにより、大規模分子系統解析(phylogenomics)のデータを得ることを目標に準備を進めている。
一方、H24年度に引き続き国内の嫌気水圏環境の調査も行い、形態学的情報とSSUrRNAの分子系統解析のみでは系統的位置を明らかにできない複数の分離株を得ることができた。
さらに、H23年度に分離した自由生活性EntamoebaのESTでデータのアノテーションの作業を進めた。

現在までの達成度 (区分)
理由

25年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

25年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (5件)

すべて 2014 2013 その他

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (3件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Gene-content evolution in discobid mitochondria deduced from the phylogenetic position and complete mitochondrial genome of Tsukubamonas globosa.2014

    • 著者名/発表者名
      Kamikawa R, Kolisko M, Nishimura Y, Yabuki A, Brown MW, Ishikawa SA, Ishida K, Roger AJ, Hashimoto T, Inagaki Y
    • 雑誌名

      Genome Biology and Evolution

      巻: 6 ページ: 306-315

    • DOI

      10.1093/gbe/evu015

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Parallel re-modeling of EF-1α function in eukaryotic evolution: Divergent, low-expressed EF-1α genes co-occur with EFL genes in diverse distantly related eukaryotes.2014

    • 著者名/発表者名
      Kamikawa R, Brown MW, Nishimura Y, Sako Y, Heiss AA, Yubuki N, Gawryluk R, Simpson AGB, Roger AJ, Hahimoto T, Inagaki Y
    • 雑誌名

      BMC Evol Biol

      巻: 13 ページ: -

    • DOI

      10.1186/1471-2148-13-131

    • 査読あり
  • [学会発表] A novel endomyxan amoeboflagellate isolated from Pacific Ocean2013

    • 著者名/発表者名
      Shiratori T. and Ishida K
    • 学会等名
      International Congress of Protistology (ICOP) XIV
    • 発表場所
      Vancouver, Canada
    • 年月日
      20130728-20130803
  • [学会発表] 新奇生物種の単離と大規模分子系統解析が解明(?)する真核生物の多様性と系統関係

    • 著者名/発表者名
      稲垣祐司
    • 学会等名
      お茶の水大学大学院生命情報学副専攻 公開セミナー 第39回バイオインフォマティックスへの招待
    • 発表場所
      東京, お茶の水女子大学
    • 招待講演
  • [学会発表] 生命の樹―昔と今

    • 著者名/発表者名
      橋本哲男
    • 学会等名
      日本進化学会 進化生物学夏の学校
    • 発表場所
      つくば, 筑波大学

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公開日: 2015-05-28  

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