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2013 年度 研究成果報告書

バイオインフォーマティクスによるロイシンリッチリピートの進化、構造、機能の研究

研究課題

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研究課題/領域番号 23500368
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 生体生命情報学
研究機関札幌医科大学

研究代表者

松嶋 範男  札幌医科大学, 医療人育成センター, 教授 (60137403)

研究期間 (年度) 2011 – 2013
キーワードロイシンリッチリピート / タンデムリピート / 水平進化
研究概要

ロイシンリッチリピート(LRR)は、同じまたは似た配列を繰り返すタンデムリピートの一つであり、2万個以上の蛋白質に存在する。多くのLRRは蛋白質やリガンドと相互作用し、動物や植物の自然免疫などの機能に関与している。LRRの繰り返しの長さは20から30アミノ酸残基からなり、8つのクラスが存在する。
本研究により、植物にのみ存在するLRRクラスがバクテリアにも存在することを見出し、このLRR遺伝子は植物からバクテリアに水平伝播したことを示した。また。単細胞真核生物とバクテリア由来蛋白質から、これまでLRRモチーフと同定されていない新規なLRRモチーフを見出した。

  • 研究成果

    (25件)

すべて 2014 2013 2012 2011 その他

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (16件) (うち招待講演 5件) 図書 (1件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Novel leucine rich repeat domains in proteins from unicellular eukaryotes and bacteria2014

    • 著者名/発表者名
      Miyashita H, Kuroki Y, Matsushima N
    • 雑誌名

      Protein and Peptide Letters

      巻: 21(3) ページ: 292-305

    • DOI

      10.2174/09298665113206660112

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Horizontal gene transfer of plant-specific leucine-rich repeats between plants and bacteria2013

    • 著者名/発表者名
      Miyashita H, Kuroki Y, Kretsinger RH, Matsushima N
    • 雑誌名

      Natural Science

      巻: 5(5) ページ: 580-598

    • DOI

      10.4236/ns.2013.55074

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Novel Mechanism of Regulation of Protein 4.1G Binding Properties Through Ca(2+)/Calmodulin-Mediated Structural Changes2013

    • 著者名/発表者名
      Nunomura W, Jinbo Y, Isozumi N, Ohki S, Izumi Y, Matsushima N, Takakuwa Y
    • 雑誌名

      Cell Biochem Biophys

      巻: 66(3) ページ: 545-558

    • DOI

      10.1007/s12013-012-9502-7

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Leucine-rich repeat (LRR) domains containing intervening motifs in plants2012

    • 著者名/発表者名
      Matsushima N, Miyashita H
    • 雑誌名

      Biomolecules

      巻: 2 ページ: 288-311

    • DOI

      10.3390/biom2020288

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular evolution of vertebrate Toll-like receptors : Evolutional rate difference between their leucine-rich repeats and TIR domains2012

    • 著者名/発表者名
      Mikami T, Miyashita H, Takatsuka S, Kuroki Y, Matsushima N
    • 雑誌名

      Gene

      巻: 503(2) ページ: 235-243

    • DOI

      10.016/j.gene.04.007

    • 査読あり
  • [雑誌論文] ω-Helices2011

    • 著者名/発表者名
      Enkhbayar P, Boldgiv B, Matsushima N
    • 雑誌名

      Current Topics in Peptide & Protein Research

      巻: 12 ページ: 17-28

    • URL

      http://www.researchtrends.net/tia/title_issue.asp?id=26&in=0&vn=12&type=3

    • 査読あり
  • [学会発表] Novel leucine rich repeats2013

    • 著者名/発表者名
      Miyashita H, Kuroki K, Matsushima N
    • 学会等名
      24th International Conference on Genome Informatics (GIW2013)
    • 発表場所
      Matrix, Biopolis, Singapore
    • 年月日
      20131216-18
  • [学会発表] 新しいロイシンリッチリピート2013

    • 著者名/発表者名
      宮下博樹, 黒木由夫, 松嶋範男
    • 学会等名
      第86回日本生化学会大会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜, 横浜
    • 年月日
      20130911-13
  • [学会発表] Horizontal gene transfer of plant-specific leucine-rich repeats between plants and bacteria2013

    • 著者名/発表者名
      Miyashita H, Kuroki Y, Kretsinger, RH, Matsushima N
    • 学会等名
      ISMB/ECCB 2013
    • 発表場所
      the Messe Berlin (ICC Berlin), Germany
    • 年月日
      20130719-23
  • [学会発表] Structures and Evolution of Tandem Leucine Rich Repeat2013

    • 著者名/発表者名
      Matsushima N
    • 学会等名
      The seminar of biophysics in Saarland University
    • 発表場所
      Saarbruecken (Prof. Ingolf Bernhardt) Germany
    • 年月日
      2013-06-24
    • 招待講演
  • [学会発表] Prediction and Evolution of Tandem Leucine Rich Repeats2013

    • 著者名/発表者名
      Matsushima N
    • 学会等名
      The seminar of structural biology in University of Pittsburgh (Dr. Rieko Ishima)
    • 発表場所
      Pitssburgh, USA
    • 年月日
      2013-04-08
    • 招待講演
  • [学会発表] Geometric architecture of solenoid structures of tandem leucine-rich repeats in proteins2013

    • 著者名/発表者名
      宮 下博樹, 黒木由夫, 松嶋範男
    • 学会等名
      2012年度日本生物物理学会北海道支部例会
    • 発表場所
      北海道大学
    • 年月日
      2013-03-05
  • [学会発表] 単細胞生物のロイシンリッチリピートの比較解析2012

    • 著者名/発表者名
      宮下博樹, 黒木由夫, 松嶋範男
    • 学会等名
      第85回日本生化学会大会
    • 発表場所
      福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
    • 年月日
      20121214-16
  • [学会発表] Leucine-Rich Repeat Domains Intersected by Non-LRR Island Regions2012

    • 著者名/発表者名
      Miyashita H, Matsushima, N
    • 学会等名
      Genome Informatics Workshop (GIW2012)
    • 発表場所
      Tainan, Taiwan
    • 年月日
      20121212-14
  • [学会発表] LRRpred : A New Method for the Identification of Leucine-Rich Repeats2012

    • 著者名/発表者名
      Miyashita H, Matsushima, N
    • 学会等名
      Genome Informatics Workshop (GIW2012)
    • 発表場所
      Tainan, Taiwan
    • 年月日
      20121212-14
  • [学会発表] Stuctural features of helical secondary structures and leucine-rich repeat superhelix in proteins as revealed by HELFIT analyses2012

    • 著者名/発表者名
      Matsushima N, Enkhbayar P
    • 学会等名
      ICNAAM 2012 (10th International Conference on Numerical Analysis and Applied Mathematics)
    • 発表場所
      Kos, Greece
    • 年月日
      20120919-25
    • 招待講演
  • [学会発表] HELFIT : Algorithm and applications2012

    • 著者名/発表者名
      Enkhbayar P, Matsushima N
    • 学会等名
      ICNAAM 2012 (10th International Conference on Numerical Analysis and Applied Mathematics)
    • 発表場所
      Kos, Greece
    • 年月日
      20120919-25
    • 招待講演
  • [学会発表] Molecular Evolution of Toll-like receptors2012

    • 著者名/発表者名
      Matsushima N
    • 学会等名
      2nd International Conference on Computation for Science and Technology (ICCST-2)
    • 発表場所
      Nigde, Turky
    • 年月日
      20120709-11
    • 招待講演
  • [学会発表] バクテリア蛋白質のロイシンリッチリピートの分子進化II2012

    • 著者名/発表者名
      宮下博樹, 黒木由夫, Robert H. Kretsinger, 松嶋範男
    • 学会等名
      日本生物物理学会北海道支部例会
    • 発表場所
      旭川市民文化会館
    • 年月日
      2012-03-06
  • [学会発表] Plant Leucine-rich Repeat (LRR) - containing Proteins with Non-LRR, Islands Interrupting LRRs2011

    • 著者名/発表者名
      Matsushima N, Mikami T, Miyashita H, Yamada K
    • 学会等名
      XXIV SPPS Congress
    • 発表場所
      Stavanger, Norway
    • 年月日
      20110821-25
  • [学会発表] ロイシンリッチリピートの分子進化2011

    • 著者名/発表者名
      宮下博樹, 黒木由夫, 松嶋範男
    • 学会等名
      第84回日本生化学会大会
    • 発表場所
      京都国際会館
    • 年月日
      2011-09-22
  • [学会発表] バクテリア"Plant-specific"ロイシンリッチリピートの分子進化2011

    • 著者名/発表者名
      宮下博樹, 黒木由夫, 松嶋範男
    • 学会等名
      日本生化学会北海道支部例会
    • 発表場所
      札幌医科大学
    • 年月日
      2011-08-05
  • [図書] "A new method for the identification of leucine-rich repeats by incorporating protein secondary structure prediction" in Bioinformatics : Genome Bioinformatics and Computational Biology (Renu Tuteja editor)2011

    • 著者名/発表者名
      Matsushima N, Miyashita H, Mikami T, Yamada K
    • 総ページ数
      61-88
    • 出版者
      NOVA Sience Pulishers : Hauppauge, NY, USA
  • [備考] ホームページ

    • URL

      http://www.sapmed.ac.jp/~matusima/

  • [備考] 出前講義 : 登別中学校での全校授業 "生命科学の最前線-生命の歴史-" (2012年)10月3日, 登別市

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公開日: 2015-07-16  

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