• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2013 年度 実績報告書

補酵素結合様式を考慮した次世代活性部位探索アルゴリズムの開発

研究課題

研究課題/領域番号 23500373
研究機関独立行政法人産業技術総合研究所

研究代表者

長野 希美  独立行政法人産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 主任研究員 (70357648)

研究分担者 加藤 毅  群馬大学, 理工学研究科, 准教授 (40401236)
キーワード酵素 / 活性部位 / 予測法 / 重みつき偏差 / カーネル
研究概要

研究代表者・長野は、NAD(P)補酵素結合酵素のヒドリド転移反応の分類を行った結果をRLCP分類に導入し、酵素反応分類データベースEzCatDB上で、一般公開した(http://mbs.cbrc.jp/EzCatDB/RLCP/)。
研究分担者・加藤は、以下の研究を行った:酵素に分類されるタンパク質は活性部位と呼ばれる局所的な部位のみによって機能を果たすため、同じ機能を持つ酵素を見つけるために類似の形状を持つ活性部位を探索する必要がある。従来は、ある機能の活性部位を見つけるために、その機能を持つ既知の活性部位における原子間の二乗距離の重みなし平均距離によって形状の類似性を評価していた。これに対して、本研究では重み係数を導入して原子間の二乗距離の線形結合で評価した。この重み係数の学習にはBregman Divergence Regularized Machine を導入した。このようにして求めた重みつき偏差を使うと良好な探索性能が得られることを実験的に示した。また、本研究と関連して、識別タスクに関する研究も行った。近年のアプローチは各例題をベクトルの形式とは異なるものを用いていたが、ベクトル系列のための新しいカーネル、平均多項式カーネルを提案した。近年の研究では、各例題を線形部分空間で近似して、グラスマン多様体上の元として扱っているが、提案したカーネルはより一般的な形式でデータを表し、かつ、高速に計算できるという利点がある。こうした手法は、酵素活性部位予測だけでなく、顔認識など他の技術にも応用できるという利点・側面もある。

  • 研究成果

    (10件)

すべて 2014 2013 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (4件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] 多項式カーネルと動画像認識およびブレインマシンインタフェースへの応用2014

    • 著者名/発表者名
      レラトーレイサ、廣橋義寛、伊藤栄祐、加藤毅
    • 雑誌名

      電子情報通信学会技術報告書

      巻: 113 ページ: 281-286

  • [雑誌論文] Mean Polynomial Kernel and Its Application to Vector Sequence Recognition2014

    • 著者名/発表者名
      Raissa Relator, Yoshihiro Hirohashi, Eisuke Ito, Tsuyoshi Kato
    • 雑誌名

      IEICE Transactions on Information & Systems

      巻: E97-D ページ: in press

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Bregman Divergence Regularized Machine による酵素活性部位予測2013

    • 著者名/発表者名
      レラトーレイサ、加藤毅、長野希美
    • 雑誌名

      電子情報通信学会技術報告書

      巻: 113 ページ: 61-66

  • [雑誌論文] A Discriminative Metric Learning Algorithm for Face Recognition.2013

    • 著者名/発表者名
      Tsuyoshi Kato, Wataru Takei, Shinichiro Omachi
    • 雑誌名

      IPSJ Transactions on Computer Vision and Applications

      巻: 5 ページ: 85-89

    • DOI

      10.2197/ipsjtcva.5.85

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Improved protein-ligand prediction using kernel weighted canonical correlation analysis2013

    • 著者名/発表者名
      Raissa Relator, Tsuyoshi Kato, Richard Lemence
    • 雑誌名

      IPSJ Transaction on Bioinformatics

      巻: 6 ページ: 18-28

    • DOI

      10.2197/ipsjtbio.6.18

    • 査読あり
  • [学会発表] 平均多項式カーネルと動画像認識およびブレインマシンインタフェースへの応用2014

    • 著者名/発表者名
      レラトーレイサ、廣橋義寛、伊藤栄祐、加藤毅
    • 学会等名
      PRMU2014
    • 発表場所
      大阪大学(大阪府)
    • 年月日
      20140123-20140124
  • [学会発表] Bregman Divergence Regularized Machine による酵素活性部位予測2013

    • 著者名/発表者名
      レラトーレイサ、加藤毅、長野希美
    • 学会等名
      PRMU2013
    • 発表場所
      三重大学(三重県)
    • 年月日
      20131212-20131213
  • [学会発表] A Discriminative Metric Learning Algorithm for Face Recognition.2013

    • 著者名/発表者名
      Tsuyoshi Kato, Wataru Takei, Shinichiro Omachi
    • 学会等名
      MIRU2013
    • 発表場所
      国立情報学研究所(東京都)
    • 年月日
      20130729-20130801
  • [学会発表] A random-forest based method that can predict detailed enzyme functions and also identify specificity determining residues

    • 著者名/発表者名
      長尾知生子、長野希美、水口賢司
    • 学会等名
      CBI学会2013年大会 -生命医薬情報学連合大会-
    • 発表場所
      タワーホール船堀(東京都)
  • [備考] 階層的酵素反応分類(RLCP)

    • URL

      http://mbs.cbrc.jp/EzCatDB/RLCP/

URL: 

公開日: 2015-05-28  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi