| 研究課題/領域番号 |
23580251
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| 研究機関 | 名古屋大学 |
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研究代表者 |
金森 章 名古屋大学, 理学(系)研究科(研究院), 助教 (40324389)
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| 研究分担者 |
阪倉 良孝 長崎大学, 水産・環境科学総合研究科, 教授 (20325682)
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| キーワード | 雌雄同体魚 / 自家受精 / 育種 / CAPSマーカー / RAD-tag マッピング |
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| 研究概要 |
本研究では、比較ゲノム解析を基に魚類での汎用性の高い遺伝子マーカーセットを機能性遺伝子配列上に設計する。新規モデルとしてマングローブ・キリフィッシュKryptolebias marmoratus(以下Km) を用いる。Km は自家受精で殖える唯一の脊椎動物であり，各系統は自然の近交系である。そこでKm 雑種より迅速な複数系統の樹立をおこなう。これらを用いKm の遺伝地図を作成し、養殖に大事な形質のQTL 解析をおこなう。さらに最終的には選抜育種へと展開することを目的とし，数種の有用養殖魚種でこのマーカーセットの適用性とQTL 解析の汎用性を検討する。
方法としては１）さまざまな魚類ゲノム情報をもとにCAPS マーカー用primer set を設計し、二つのKm 親系統でPCR 増幅する。塩基配列より多型を検出した後、使用する制限酵素を検討する。２）既に確立されている形質の異なる2 系統と，その雑種ヘテロ個体由来の個体を10 世代以上個別飼育し，全個体の形質の遺伝様式を明らかにし，高成長かつ攻撃性の低い家系，すなわち養殖に適した形質を持つ家系を確立する。３）１と２を用いQTL 解析を行なう。さらに４）有用養殖魚種においてCAPS マーカーセットがどの程度汎用性を示すか検討する。
平成25年度は24年度に引き続き、上記の１）と２）を行なった。２）では着実に継代を重ね、検定用の家系が確立されてきた。１）ではこれまでのCAPSマーカーの検討にくわえて、上記2系統とそのF2個体のDNAをもちい、次世代シークエンサーによるRAD-tag mappingをおこなった。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
CAPSマーカーによるマッピングにくらべ簡便な、次世代シークエンサーを用いたRAD-tag マッピングにシフトしたが、その方法習得と実験に遅れが出て、2014年3月に実験が終了したところである。マッピングにはまだ結果の解析が必要であり、平成26年度前半までかかる予定である。
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| 今後の研究の推進方策 |
平成26年度前半までに次世代シークエンサーのデータ解析を終え、マッピングを終了する。さらに染色体 in situ ハイブリダイゼーションにより連鎖群と染色体の対応をおこなう。またQTL解析も引き続きRAD-tag mapping により進めたい。
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| 次年度の研究費の使用計画 |
米国オレゴン大学との共同研究でおこなっているRAD-tag mappingに予想以上の時間がかかってしまい、2014年3月に最後の実験をオレゴンで行なった。ここで得られる結果とこれまでのCAPSマーカーによる結果をあわせ、全体をまとめるべく新たなprimer setの設計をおこなう。データ処理に若干時間がかかるため、primer set制作費を平成26年度に持ち越す。
上記のmappingのまとめ用primer set設計と制作費など。またデータ解析に若干費用を要する。
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