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2011 年度 実施状況報告書

膵島エピゲノム変化による耐糖能異常進展過程に関するゲノム網羅的解析

研究課題

研究課題/領域番号 23591330
研究機関独立行政法人国立国際医療研究センター

研究代表者

南茂 隆生  独立行政法人国立国際医療研究センター, 研究所 糖尿病研究センター 代謝疾患研究部, 室長 (50594115)

研究期間 (年度) 2011-04-28 – 2014-03-31
キーワードエネルギー・糖質代謝異常
研究概要

10週齢の雄性C57BL/6Jに4週間の60%高脂肪食(以下、HFD)を摂取させたところ(HFDマウス)、通常食摂取の対照マウスと比較し、体重の増加と空腹時血糖の軽度増加を認めた。これらマウスから膵島を単離し、H3K27ac、H3K4me1、H3K36me3といったヒストン修飾についてChIP-seqを行った。H3K27acはエンハンサーのマーカーとして知られるが、HFDマウス膵島では対照マウス膵島と比較して、全ゲノム上11,066箇所においてそのエンリッチメントが増加していた。また、GREAT(Genomic Regions Enrichment of Annotations Tool, Nat Biotechnol 28, 495-501, 2010)を用いた解析により、これらの領域が膵ベータ細胞数、タンパク質フォールディングに関する遺伝子の発現調節に関与している可能性が示された。H3K4me1は遺伝子発現調節領域に特徴的なマーカーとして知られる。このヒストン修飾に関しては、HFDマウス膵島では対照と比較し、全ゲノム上において8,143箇所のエンリッチメントが上昇していた。転写領域に特徴的なH3K36me3については、HFDマウス膵島において4,683箇所のエンリッチメントが上昇していた。膵島からtotal RNAを精製し、mRNA-seqも行ったところ、遺伝子発現レベルとヒストン修飾のエンリッチメントには関連性が認められた。特に、HFDマウス膵島においてH3K27acエンリッチメントが対照マウス膵島より増大していた場合、その近傍に位置する遺伝子のmRNA発現レベルは、変化のなかったH3K27ac近傍の遺伝子と比較し上昇していた。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

糖尿病の病態にエピゲノム変化が関与している可能性が提唱されているが、その実体は未だにほとんど不明である。本研究を開始した初年度であったが、肥満および軽度耐糖能異常を有するHFDマウス膵島において、対照サンプルと比較してエピゲノム状態の顕著な差が広範囲に示された。さらに、これらの変化は多くの遺伝子発現の変化と関連しており、それらの遺伝子には膵島の機能亢進との強い関連性が示された。2型糖尿病の発症には、インスリン抵抗性をインスリン過剰分泌で補いうる「代償期」を経ることが知られているが、本結果が環境負荷による膵島の代償反応を示していることにはまず疑いの余地がなく、そのメカニズムにエピジェネティクス調節機構が関与していることが初めて明らかとなった。このような理由によって、本研究の方向性もより明確になったと考えられ、現在までにおおむね順調に進展していると考えられた。

今後の研究の推進方策

HFD負荷による膵島エピゲノム変化の多数のターゲットが明らかとなりつつある。他のエピゲノムマーカーの検討を追加することは有用であると考えられるため、引き続いて実験を継続する。C57BL/6JマウスのHFD負荷モデルにおいて、18週間の負荷後においても、血糖値の上昇は軽度であった。今後は、耐糖能異常がより顕性化するようなモデルを用いてエピゲノム変化を検討し、代償性変化との違いを検討することにより、糖尿病発症の直接的な原因となるエピゲノム変化と、それに関連する遺伝子の候補を絞り込む。その後は、特定の遺伝子に注目した過剰発現やノックダウンをはじめ、機能解析実験の開始を考慮する。

次年度の研究費の使用計画

顕性糖尿病を発症するモデルマウスの価格はC57BL/6Jマウスの約10倍であることが予想されるが、約40匹の購入を計画している(合計、約600千円)。動物施設使用料は、およそ180千円/一人・年である。8サンプル(一回分)のChIP-seqあるいはRNA-seqには約1,000 千円必要である。ChIP実験に適した抗体の購入には、1種類につき60-100千円が必要である。さらに、siRNAは1製品につき約40千円である。なお、本研究を実施する過程において、RNA-seq解析の有用性が認識された。また、新しくかつよりインパクトの高い手法が開発されたため、これらを視野に入れることにより、より高い研究成果が得られると判断し、「次年度使用額」として経費の一部を有効利用するよう考慮した。

  • 研究成果

    (8件)

すべて 2012 2011 その他

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (2件) 図書 (4件)

  • [雑誌論文] KIF5B-RET fusions in lung adenocarcinoma.2012

    • 著者名/発表者名
      Kohno T, Ichikawa H, Totoki Y, Yasuda K, Hiramoto M, Nammo T, et al.
    • 雑誌名

      Nat Med.

      巻: 18 ページ: 375-377

    • DOI

      10.1038/nm.2644.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mapping open chromatin with formaldehyde-assisted isolation of regulatory elements.2011

    • 著者名/発表者名
      Nammo T, Rodriguez-Segui SA, Ferrer J.
    • 雑誌名

      Methods Mol Biol.

      巻: 791 ページ: 287-296

    • DOI

      10.1007/978-1-61779-316-5_21

    • 査読あり
  • [学会発表] 次世代シークエンサーを用いたヒト膵島のエピゲノム解析と糖尿病

    • 著者名/発表者名
      南茂 隆生
    • 学会等名
      第10回山口糖尿病フォーラム(招待講演)
    • 発表場所
      山口大学
    • 年月日
      平成24年1月23日
  • [学会発表] FAIRE-seqを用いたヒト膵島のゲノム網羅的解析と2型糖尿病

    • 著者名/発表者名
      南茂 隆生
    • 学会等名
      第11回Islet Biology研究会(招待講演)
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      平成23年7月16日
  • [図書] 特集 病態と遺伝子多型 糖尿病. 森 正樹(編):SURGERY FRONTIER.2012

    • 著者名/発表者名
      南茂 隆生, 安田 和基
    • 総ページ数
      7
    • 出版者
      メディカルレビュー社
  • [図書] non-coding RNAによる代謝調節. 春日雅人(編): 糖尿病学イラストレイテッド.2012

    • 著者名/発表者名
      南茂 隆生, 安田 和基
    • 総ページ数
      4
    • 出版者
      羊土社
  • [図書] ヒト膵島を使った研究. 安田和基(編著):別冊プラクティス 糖尿病とヒトゲノムQ&A.2011

    • 著者名/発表者名
      南茂 隆生, 安田 和基
    • 総ページ数
      3
    • 出版者
      医歯薬出版株式会社
  • [図書] FAIRE-seqを用いたヒト膵島における開放型クロマチンの網羅的同定. 岡芳知, 谷澤幸生(編): 糖尿病学2011.2011

    • 著者名/発表者名
      南茂 隆生, Jorge Ferrer
    • 総ページ数
      7
    • 出版者
      診断と治療社

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公開日: 2013-07-10  

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