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2012 年度 研究成果報告書

抽象化を活用したプロセス計算の自動生成

研究課題

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研究課題/領域番号 23650066
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 知能情報学
研究機関東京大学

研究代表者

萩谷 昌己  東京大学, 大学院情報理工学系研究科, 教授 (30156252)

研究期間 (年度) 2011 – 2012
キーワード探索 / 論理 / 推論アルゴリズム / プロセス計算 / DNA デバイス
研究概要

DNAデバイスをモデル化するグラフもしくはグラフの集合を、局所構造(抽象ノードと呼ぶ)の集合として粗視化・抽象化する方法を開発した。この方法をもとに、抽象システムを進化的に探索することにより、各種の回路やオートマトンを実現するDNAデバイスの自動合成を行った。また、抽象化の方法をRNAiのシミュレーションに応用した結果、セグメント数が20個以上の複雑な場合のシミュレーションが可能となり、その結果、siRNAの濃度分布をシミュレーションにより再現することができた。

  • 研究成果

    (14件)

すべて 2013 2012 2011

すべて 雑誌論文 (6件) 学会発表 (8件)

  • [雑誌論文] Towards Co-evolution of Information, Life and Artificial Life, Natural Computing and Beyond2013

    • 著者名/発表者名
      Masami Hagiy a and Ibuki Kawamata
    • 雑誌名

      Proceedings in Information and Communications Technology

      巻: Vol.6 ページ: 39-48

  • [雑誌論文] Abstraction of Graph-Based Models of Bio-Molecular Reaction Systems for Efficient Simulation2012

    • 著者名/発表者名
      Ibuki Kawamata, Nathanael Aubert, Masahiro Hamano and Masami Hagiya
    • 雑誌名

      Computational Methods in Systems Biology, 10th International Conference CMSB 2012,Lecture Notes in Bioinformatics,

      巻: Vol.7605 ページ: 187-206

  • [雑誌論文] In Silico Design Control of the Trade-Off Balance in Robustness and Fragility of Logical Circuits Using DNA Nanostructures,2012

    • 著者名/発表者名
      Miki Hirabayashi, Ibuki Kawamata, Masami Hagiya, Hiroaki Kojima, and Kazuhiro Oiwa
    • 雑誌名

      IEEE NANO 2012

      ページ: 1-6

  • [雑誌論文] Tunable synthetic phenotypic diversification on Waddington's landscape through autonomous signaling2011

    • 著者名/発表者名
      Ryoji Sekine, Masayuki Yamamura, Shotaro Ayukawa, Kana Ishimatsu,Satoru Akama, Masahiro Takinoue,Masami Hagiya, and Daisuke Kiga:
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

      巻: Vol.108 ページ: 17969-17973

  • [雑誌論文] Design of Molecular-Based Network Robots -Toward the Environmental Control2011

    • 著者名/発表者名
      Miki Hirabayashi, Akio Nishikawa, Fumiaki Tanaka, Masami Hagiya, Hiroaki Kojima, and Kazuhiro Oiwa
    • 雑誌名

      IEEE NANO 2011

      ページ: 313-318

  • [雑誌論文] Abstraction of DNA Graph Structures for Efficient Enumeration and Simulation2011

    • 著者名/発表者名
      Ibuki Kawamata, Fumiaki Tanaka, and Masami Hagiya
    • 雑誌名

      The 2011 International Conference on Parallel and Distributed Processing,Techniques and Applications (PDPTA'11), Technical Session on Mathematical Modeling and Problem Solving

      ページ: 800-806

  • [学会発表] Efficiency and Exactness of Simulations by Abstracting Graph Models for DNA and RNA Reaction Systems,2012

    • 著者名/発表者名
      Ibuki Kawamata, Nathanael Aubert, Masahiro Hamano, and Masami Hagiya
    • 学会等名
      The 18th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming
    • 発表場所
      Aarhus University, Aarhus, Denmark.
    • 年月日
      20120814-16
  • [学会発表] 化学反応系の複雑さと分子ロボットの知能2012

    • 著者名/発表者名
      川又生吹, 萩谷昌己
    • 学会等名
      人工知能学会合同研究会第 51回分子生物情報研究会
    • 発表場所
      慶應義塾大学日吉キャンパス來往舎.
    • 年月日
      2012-11-15
  • [学会発表] Abstraction of Graph-Based Models of Bio-Molecular Reaction Systems for Efficient Simulation2012

    • 著者名/発表者名
      Ibuki Kawamata, Nathanael Aubert, Masahiro Hamano, and Masami Hagiya
    • 発表場所
      The Royal Society, London, UK.
    • 年月日
      2012-10-04
  • [学会発表] In Silico Design Control of the Trade-Off Balance in Robustness and Fragility of Logical Circuits Using DNA Nanostructures,2012

    • 著者名/発表者名
      Miki Hirabayashi, Ibuki Kawamata, Masami Hagiya, Hiroaki Kojima, andKazuhiro Oiwa
    • 学会等名
      12th IEEE Conference on Nanotechnology(IEEE-NANO) 2012
    • 発表場所
      International Convention Centre,Birmingham, UK.
    • 年月日
      2012-08-22
  • [学会発表] Enforcing Delays in DNA Computing Systems2012

    • 著者名/発表者名
      Nathanael Aubert, Yannick Rondelez,Teruo Fujii, and Masami Hagiya
    • 学会等名
      The 18th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming
    • 発表場所
      Aarhus University, Aarhus, Denmark.
    • 年月日
      2012-08-16
  • [学会発表] Towards Co-evolution of Information, Life and Artificial Life2012

    • 著者名/発表者名
      Masami Hagiya and Ibuki Kawamata
    • 学会等名
      6th International Workshop on Natural Computing
    • 発表場所
      University of Tokyo, Tokyo, Japan.
    • 年月日
      2012-03-29
  • [学会発表] Experimental Validation of Automatically Designed DNA Automaton2011

    • 著者名/発表者名
      Ibuki Kawamata and M a sa mi H ag i ya
    • 学会等名
      The 17th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming
    • 発表場所
      Pasadena, USA.
    • 年月日
      20110919-23
  • [学会発表] The 2011 International Conference on Parallel and Distributed Processing2011

    • 著者名/発表者名
      Ibuki Kawamata, Fumiaki Tanaka, and Masami Hagiya
    • 学会等名
      Techniques and Applications
    • 発表場所
      Las Vegas,USA.
    • 年月日
      2011-07-18

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公開日: 2014-09-25  

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