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2011 年度 実績報告書

生体機能システムの頑健性と適応性の基本原理の探索

研究課題

研究課題/領域番号 23650115
研究機関北海道大学

研究代表者

小松崎 民樹  北海道大学, 電子科学研究所, 教授 (30270549)

研究期間 (年度) 2011-04-28 – 2012-03-31
キーワード情報理論 / 一分子解析 / 連結情報量 / 多変量解析 / 蛍光共鳴エネルギー移動 / 階層的ネットワーク
研究概要

1.一分子時系列情報から観測ノイズを取り除く新しい情報理論的アプローチの開発
任意の確率分布関数に対するノイズをもつ観測値の時系列データから、背後に存在する物理量を評価する解析理論を新規に開発した。当該理論は、非バイアス度を最大化(=測定結果から評価された物理量の期待値の、背後に存在する物理量の真値からのズレを最小化)したり、リスクを最小化(=真値からのズレの期待値)することが可能となり、データのサンプル数に応じて、適時選択することができる。蛍光共鳴エネルギー移動(FRET)測定する際に得られる光子のパルス列をシミュレートし、背後に存在する色素分子間距離を推定し、これまで提案されてきた情報論的ビニング解析よりも優れていることを示した。
2.一分子時系列情報から局所平衡・詳細釣り合いを前提としない、状態空間の階層的遷移ネットワーク構造を再構成する新規な時系列解析法の開発
多変量からなる複雑な系に対して、背後に存在する力学方程式などが未知の状況のもと、限られた多変量データから如何にして背後に存在する変数のあいだの(高次相関などの)階層的従属関係を推論することができるかという問いは、生物物理において最重要課題のひとつである。情報理論に基づく連結情報量と呼ばれる手法を用いて、ミクロ変数の結合確率が与えられたときに、それらの変数のあいだの階層的従属関係、どのような場合に、全結合確率のエントロピーがべき集合を構成する複数の変数群のエントロピーに分解できるか、換言すると、全体の挙動が構成要素の局所的挙動の単なる"和"で評価できるか否か、に関する基礎理論を構築した。情報理論的なモジュール構造と呼ぶべきもので、時系列データから構成される局所平衡・詳細釣り合いを前提としない、状態空間の階層的遷移ネットワークの解析に今後適用できるものと期待される。

  • 研究成果

    (13件)

すべて 2012 2011 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (7件) 備考 (3件)

  • [雑誌論文] Dynamic Disorder in Single Enzyme Experiments : Facts and Artifacts2011

    • 著者名/発表者名
      Tatyana Terentyeva, Hans Engelkamp, Alan Rowan, Tamiki Komatsuzaki, Johan Hofkens, Chun Biu Li, Kerstin Blank
    • 雑誌名

      ACS Nano

      巻: 6(1) ページ: 346-354

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Decomposability of Multivariate Interactions2011

    • 著者名/発表者名
      Naoki Miyagawa, Hiroshi Teramoto, Chun-Biu Li and Tamiki Komatsuzaki
    • 雑誌名

      Complex Systems

      巻: 20 ページ: 165-179

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Spatial Heterogeneity of Multivariate Dependence2011

    • 著者名/発表者名
      Naoki Miyagawa, Hiroshi Teramoto, Chun-Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
    • 雑誌名

      AIP Conference Proceedings

      巻: 1,389 ページ: 991-994

    • DOI

      10.1063/1.363777

    • 査読あり
  • [学会発表] 大域的パターンの連結情報量とその分解可能性2012

    • 著者名/発表者名
      宮川尚紀, 寺本央, 李振風, 小松崎民樹
    • 学会等名
      日本物理学会第67回年次大会
    • 発表場所
      関西学院大学西宮上ケ原キャンパス(兵庫県)(一般、口頭)
    • 年月日
      2012-03-27
  • [学会発表] 1分子実験を読み解くための新しい実践型分子理論を目指して2012

    • 著者名/発表者名
      小松崎民樹
    • 学会等名
      日本化学会第92春季年会"第2次先端ウォッチング高次分子システムのための分子科学:実験と理論の挑戦"
    • 発表場所
      慶応大学(神奈川県)(口頭)(招待講演)
    • 年月日
      2012-03-26
  • [学会発表] 階層構造をつくる多変数確率過程の数理2011

    • 著者名/発表者名
      宮川尚紀, 寺本央, 李振風, 小松崎民樹
    • 学会等名
      分子科学討論会(札幌)2011
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(札幌市)(一般、ポスター)
    • 年月日
      2011-09-21
  • [学会発表] "Mining" an effective Energy landscape of a protein from single molecule time series2011

    • 著者名/発表者名
      T.Komatsuzaki
    • 学会等名
      Telluride Workshop on Protein Dynamics
    • 発表場所
      Telluride Intermediate School (USA)(口頭)(招待講演)
    • 年月日
      2011-08-01
  • [学会発表] How can we "mine" effective energy landscapes of proteins from single molecule time series in the violation of local equilibrium and detailed balance?2011

    • 著者名/発表者名
      T.Komatsuzaki
    • 学会等名
      Telluride Workshop on Exploring energy landscapes, from single molecules to mesoscopic models
    • 発表場所
      Telluride Intermediate School (USA)(口頭)(招待講演)
    • 年月日
      2011-07-25
  • [学会発表] "Digging" single molecule time series to "mine" the underlying effective energy landscape2011

    • 著者名/発表者名
      T.Komatsuzak
    • 学会等名
      Telluride Workshop on Single Molecule Dynamics
    • 発表場所
      Telluride Intermediate School (USA)(口頭)(招待講演)
    • 年月日
      2011-06-27
  • [学会発表] Mining Energy Landscapes from Single-Molecule Time Series2011

    • 著者名/発表者名
      T.Komatsuzak
    • 学会等名
      Telluride Workshop on The Complexity of Dynamics and Kinetics in Many Dimensions
    • 発表場所
      Telluride Intermediate School (USA)(主催者、口頭)
    • 年月日
      2011-06-20
  • [備考]

    • URL

      http://pubs.acs.org/doi/pdfplus/10.1021/nn2050328

  • [備考]

    • URL

      http://www.es.hokudai.ac.jp/result/item.html?id=18

  • [備考]

    • URL

      http://www.hokudai.ac.jp/bureau/topics/pdf/120206_es.pdf

URL: 

公開日: 2013-06-26  

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