ヒト数千人規模ncRNAの網羅的探索と機能予測をスパコンで一気通貫に実現する技術

2012 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 23650150
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 東北大学 (2012); 東京大学 (2011)
• 研究代表者: 長崎 正朗 東北大学, 東北メディカル・メガバンク機構, 教授 (90396862)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2012
• キーワード: 次世代シーケンサ

研究概要

次世代シークエンサではさまざまな転写産物を同時に見ることができるが同じ領域から出る転写産物について実際にどの転写産物がどの程度出ているかを区別することが課題である。特に機能を行っているかどうか未知であるncRNAやmicroRNAの網羅的探索においてはより正確な転写産物の推定が重要である。本研究ではこれらの特性を生かした転写量推定アルゴリズムを開発した。また、スーパーコンピュータを用いてlincRNAおよびmRNAを抽出できる環境整備を本研究成果により実現することができた。

研究成果

• [雑誌論文] XiP: a computational environment to create, extend, and share workflows (2012)
  • 著者名/発表者名: Nagasaki M, Fujita A, Sekiya Y, Saito A, Ikeda E, Li C and Miyano S
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 28 ページ: 21
  • DOI: doi:10.1093/bioinformatics/bts630
  • 査読あり
• [雑誌論文] Transposon mutagenesis identifies genes that transform neural stem cells into glioma-initiating cells (2012)
  • 著者名/発表者名: Koso H, Takeda H, Yew CC, Ward JM, Nariai N, Ueno K, Nagasaki M, Watanabe S, Rust AG, Adams DJ, Copeland NG, Jenkins NA
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci USA 巻: 109(44) ページ: E2998-3007
  • DOI: doi:10.1073/pnas.1217039110
  • 査読あり
• [学会発表] Data Management and Bioinformatics ofHigh Throughput Sequencing Data on the Massive Parallel Supercomputer Environment and Future (2012)
  • 学会等名: Bilateral Workshop between Tohoku University and National Tsing Hua University
  • 発表場所: 仙台(招待講演)
  • 年月日: 2012-12-11
• [学会発表] ゲノム超ビックデータ時代における次世代シークエンスデータ解析環境の構築と解析 (2012)
  • 学会等名: 化学工学会第44回秋季大会秋季大会シンポジウム
  • 発表場所: 仙台(招待講演)
  • 年月日: 2012-09-21
• [学会発表] Data Managenoment and Bioinformatics of High Throughput Sequencing Data on the Massive Parallel Supercomputer Environment (2012)
  • 学会等名: CSI-GCOE Joint workshopon Genome Science
  • 発表場所: 仙台(招待講演)
  • 年月日: 2012-08-21
• [学会発表] スーパーコンピュータを用いた超快適高速次世代シークエンスデータ解析環境の構築と解析 (2012)
  • 学会等名: 東北大学研究科シンポジウム
  • 発表場所: 仙台(招待講演)
  • 年月日: 2012-04-26