細菌進化におけるリコンビネーションの頻度と特性に関する研究

2013 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 23651183
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 基金
• 研究分野: ゲノム生物学
• 研究機関: 東北大学
• 研究代表者: 大坪 嘉行 東北大学, 生命科学研究科, 助教 (40342761)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2013
• キーワード: recombination / ShortReadManager / illumina

研究概要

細菌の進化におけるリコンビネーションの特性と頻度を明らかにするため、近縁の2株の土壌細菌を混合して滅菌土壌に接種した。およそ1年間のインキュベーション後に、細菌株を回収し、イルミナシーケンサーにより解析し、多数のリードデータを得た。リードデータを作成したソフトウエア(http://www.ige.tohoku.ac.jp/joho/gf/index.phpにて公開)により解析したが、リコンビネーションが起きたことを示すデータは得られなかった。当該サンプルについては将来の解析のためインキュベーションを継続している。他方、マルチジーンファミリー遺伝子の協奏進化を示す結果を得た。

研究成果

• [雑誌論文] Complete Genome Sequence of Pseudomonas sp. Strain TKP, Isolated from a gamma-Hexachlorocyclohexane-Degrading Mixed Culture (2014)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo Y, Kishida K, Sato T, Tabata M, Kawasumi T, Ogura Y, Hayashi T, Tsuda M, Nagata Y
  • 雑誌名: Genome announcements 巻: 2 ページ: e01241-13.
  • DOI: 10.1128/genomeA.01241-13
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complete Genome Sequence of the Thermophilic Polychlorinated Biphenyl Degrader Geobacillus sp. Strain JF8 (NBRC 109937) (2014)
  • 著者名/発表者名: Shintani M, Ohtsubo Y, Fukuda K, Hosoyama A, Ohji S, Yamazoe A, Fujita N, Nagata Y, Tsuda M, Hatta T, Kimbara K
  • 雑誌名: Genome announcements 巻: 2 ページ: e01213-13
  • DOI: 10.1128/genomeA.01213-13
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complete Genome Sequence of Pseudomonas aeruginosa MTB-1, Isolated from a Microbial Community Enriched by the Technical Formulation of Hexachlorocyclohexane (2014)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo Y, Sato T, Kishida K, Tabata M, Ogura Y, Hayashi T, Tsuda M, Nagata Y
  • 雑誌名: Genome announcements 巻: 2 ページ: e01130-13
  • DOI: 10.1128/genomeA.01130-13
  • 査読あり
• [雑誌論文] Design and Experimental Application of a Novel Non-Degenerate Universal Primer Set that Amplifies Prokaryotic 16S rRNA Genes with a Low Possibility to Amplify Eukaryotic rRNA Genes (2014)
  • 著者名/発表者名: Mori H, Maruyama F, Kato H, Toyoda A, Dozono A, Ohtsubo Y, Nagata Y, Fujiyama A, Tsuda M, Kurokawa K
  • 雑誌名: DNA Res 巻: 21 ページ: 217-227
  • DOI: 10.1093/dnares/dst052
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complete Genome Sequence of Ralstonia pickettii DTP0602, a 2, 4, 6-Trichlorophenol Degrader (2013)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo Y, Fujita N, Nagata Y, Tsuda M, Iwasaki T, Hatta T
  • 雑誌名: Genome announcements 巻: 1 ページ: e00903-13
  • DOI: 10.1128/genomeA.00903-13
  • 査読あり
• [雑誌論文] Inhibitory effect of Pseudomonas putida nitrogen-related phosphotransferase system on conjugative transfer of IncP-9 plasmid from Escherichia coli (2013)
  • 著者名/発表者名: Inoue K, Miyazaki R, Ohtsubo Y, Nagata Y, Tsuda M
  • 雑誌名: FEMS microbiology letters 巻: 345 ページ: 102-109
  • DOI: 10.1111/1574-6968.12188
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complete genome sequence of the・ -hexachlorocyclohexane-degrading bactrium Sphingomonas sp. stain MM-1 (2013)
  • 著者名/発表者名: Tabata, M., Y. Ohtsubo, S. Ohhata, M. Tsuda, and, Y. Nagata
  • 雑誌名: Genome Announcements 巻: 1 (3) ページ: e00247-13
  • DOI: 10.1128/genomeA.00247-13
  • 査読あり
• [雑誌論文] 機能相補による芳香族化合物複合汚染土壌からの新規分解酵素遺伝子の検索 (2013)
  • 著者名/発表者名: 永山浩史, 菅原智詞, 遠藤諒, 加藤広海, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 雑誌名: Journal of Environmental Biotechnology 巻: 13 (1) ページ: 51-56
  • 査読あり
• [雑誌論文] Coinetgrate-resolution of toluene-catabolic transposon Tn4651 (2013)
  • 著者名/発表者名: Yano, H., H. Genka, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, E.M. Top, M. Tsuda
  • 雑誌名: Plasmid 巻: 69 ページ: 24-35
  • DOI: 10.1016/j.plasmid.2012.07.004
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complete genome sequence of Acidovorax sp. KKS102, a polychlorinated biphenyl-degrading strain (2012)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo Y, Maruyama F, Mitsui H, Nagata Y, Tsuda M
  • 雑誌名: J Bacteriol 巻: 194 ページ: 6970-6971
  • DOI: 10.1128/JB.01848-12
  • 査読あり
• [雑誌論文] Conjugal transfer of polychlorinated biphenyl/biphenyl degradation genes in Acidovorax sp. strain KKS102, which are located on an integrative and conjugative element (2012)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo Y., Y. Ishibashi, H. Naganawa, S. Hirokawa, S. Atobe, Y. Nagata, M. Tsuda
  • 雑誌名: J Bacteriol 巻: 194 ページ: 4237-4248
  • DOI: 10.1128/JB.00352-12
  • 査読あり
• [雑誌論文] Suppression of pleiotropic phenotypes of a Burkholderia multivorans fur mutant by oxyR mutation (2012)
  • 著者名/発表者名: Kimura A, Yuhara S, Ohtsubo Y, Nagata Y, Tsuda M
  • 雑誌名: Microbiology 巻: 158 ページ: 1284-1293
  • DOI: 10.1099/mic.0.057372-0
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genomic organization and genomic structural rearrangements of SphingobiumjaponicumUT26, an archetypal gamma- hexachlorocyclohexane- degrading bacterium (2011)
  • 著者名/発表者名: Nagata, Y., S. Natsui, R. Endo, Y. Ohtsubo, N. Ichikawa, A. Ankai, A. Oguchi, S. Fukui, N. Fujita, and M. Tsuda
  • 雑誌名: Enzyme and Microbial Technology 巻: 49 ページ: 499-508
  • 査読あり
• [学会発表] 環境細菌の PCB 分解能を司る遺伝因子の解析と各種ゲノム解析ソフトウエアの開発 (2014)
  • 著者名/発表者名: 大坪 嘉行
  • 学会等名: 日本農芸化学会 2014年大会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 20140327-30
• [学会発表] FinishChecker : 完全決定したつもりのゲノム配列のチェック機能 (2014)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会 2014年大会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 20140327-30
• [学会発表] Finish したゲノム配列のチェックツール : FinishChecker (2014)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 第8回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 20140307-10
• [学会発表] フィニッシング支援ツール GenoFinisher とAceFileViewer (2013)
  • 著者名/発表者名: 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
  • 学会等名: 農芸化学会 2013年度大会
  • 発表場所: 仙台
  • 年月日: 20130327-28
• [学会発表] GenomeMatcher 等ウェット研究者向けツール (2013)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行
  • 学会等名: 第7回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 長浜バイオ大学(長浜)
  • 年月日: 20130308-10
• [学会発表] Finishing関連の3つのツール : GenoFinisher, AceFileViewer, ShortReadManager (2013)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 第7回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 長浜バイオ大学(長浜)
  • 年月日: 20130308-10
• [学会発表] フィニッシング用のツールGenoFinisher の開発 (2012)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行
  • 学会等名: 第85回日本細菌学会
  • 発表場所: 長崎
  • 年月日: 20120327-29
• [学会発表] フィニッシング用のツール GenoFinisherの開発 (2012)
  • 著者名/発表者名: 大坪 嘉行, 奥野 周, 永田 裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 農芸化学会 2012年度大会
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 20120323-26
• [学会発表] 微生物ドラフトゲノムのフィニッシングツール GenoFinisher (2012)
  • 著者名/発表者名: 大坪 嘉行, 奥野 周, 永田 裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 第6回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 20120310-12
• [学会発表] Development of a computational tool for finishing of draft genomic sequence (2011)
  • 著者名/発表者名: Yoshiyuki Ohtsbuo, et al
  • 学会等名: International Union of Microbiological Societies 2011 Congress
  • 発表場所: Sapporo, Japan
  • 年月日: 20110906-10
• [図書] Mobile catabolic genetic elements in pseudomonads. In: Nojiri, H., M. Tsuda, M. Fukuda, and Y. Kamagata (eds), Biodegradative Bacteria: How Bacteria Degrade, Survive, Adapt, and Evolve (2014)
  • 著者名/発表者名: Tsuda, M., Y. Ohtsubo, and H. Yano
  • 総ページ数: 83-103
  • 出版者: Springer, Tokyo
• [図書] Strategies to reveal genomic function in natural soil systems. In: Nojiri H, Tsuda M, Fukuda M, Kamagata Y (eds) Biodegradative Bacteria (2014)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo Y, Nishiyama E, Ishibashi Y, Nagata Y, Tsuda M
  • 総ページ数: 279-291
  • 出版者: Springer Verlag, Tokyo
• [備考]
  • URL: http://www.ige.tohoku.ac.jp/joho/gf/index.php