次世代シーケンサーを活用するプロテオミクス技術の開発

2013 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 23651190
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 基金
• 研究分野: ゲノム生物学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 宮本 悦子 東京大学, 医科学研究所, 特任准教授 (70327708)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2012
• キーワード: プロテオーム / 次世代シーケンサ / インタラクトーム / IVV

研究概要

mRNA ディスプレイ法の一種であるin vitro virus （IVV）法は、タンパク質間相互作用の大規模解析に適した技術である。これまでのIVV 法では、相互作用するタンパク質の一方をベイトとして個別に調製する工程が律速となることから、相互作用するタンパク質対の両方を精製することなく組み合わせを検出する手法の開発を実施した。その結果、相互作用のみられた対応付け分子複合体の架橋、エマルジョンPCR および次世代シーケンサによる配列解析によって、ベイトフリーな相互作用対の検出が可能であることを明らかにした。今回開発した新手法により、簡便で網羅的なタンパク質間相互作用解析が可能となる。

研究成果

• [雑誌論文] Efficiency of puromycin-based technologies mediated by release factors and a ribosome recycling factor (2013)
  • 著者名/発表者名: Ohashi, H., Ishizaka, M., Hirai, N., and Miyamoto-Sato, E
  • 雑誌名: Protein Engineering, Design and Selection 巻: 8 ページ: 533-537
  • DOI: 10.1093/protein/gzt031
  • 査読あり
• [雑誌論文] インタラクトームが拓くパーソナル医療への展望『実験医学』 (2013)
  • 著者名/発表者名: 宮本悦子, 西川純一
  • 雑誌名: ゲノム 医学・生命科学研究 巻: 31(15) ページ: 2405-2411
  • 査読あり
• [雑誌論文] A next generation evolutionary molecular engineering system and the future prospects (2012)
  • 著者名/発表者名: Ohashi, H. and Miyamoto-Sato, E
  • 雑誌名: Viva Origino 巻: 40 ページ: 25
  • 査読あり
• [雑誌論文] IRView : a database and viewer for protein interacting regions (2012)
  • 著者名/発表者名: Fujimori, S., Hirai, N., Masuoka, K., Oshikubo, T., Yamashita, T., Washio, T., Saito, A., Nagasaki, M., Miyano, S. and Miyamoto-Sato, E
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 28(14) ページ: 1949-1950
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/bts289
  • 査読あり
• [雑誌論文] PRD : A protein-RNA interaction database (2012)
  • 著者名/発表者名: Fujimori, S., Hino, K., Saito, A., Miyano, S. and Miyamoto-Sato, E
  • 雑誌名: Bioinformation 巻: 8(15) ページ: 729-730
  • DOI: 10.6026/97320630008729
  • 査読あり
• [雑誌論文] Next-generation sequencing coupled with a cell-free display technology for high-throughput production of reliable interactome data (2012)
  • 著者名/発表者名: Fujimori, S., Hirai, N., Ohashi, H., Masuoka, K., Nishikimi, A., Fukui, Y., Washio, T., Oshikubo, T., Yamashita, T. and Miyamoto-Sato, E
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 2 ページ: 691
  • DOI: 10.1038/srep00691
  • 査読あり
• [雑誌論文] Toward personalized medicine mediated by mRNA display-based interactome approaches
  • 著者名/発表者名: Ohashi, H. and Miyamoto-Sato, E
  • 雑誌名: International Journal of Molecular Sciences 巻: (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mitochondria-nucleus shuttling FK506-binding protein 51 interacts with TRAF proteins and facilitates the RIG-I-like receptor-mediated expression of type I IFN
  • 著者名/発表者名: Akiyama, T., Shiraishi, T., Qin, J., Konno, H., Akiyama, N., Shinzawa, M., Miyauchi, M., Takizawa, N., Yanai, H., Ohashi, H., Miyamoto-Sato, E., Yanagawa H., Yong, W., Shou, W., and Inoue, J
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Next-generation sequencing technologies for multi-omics approaches
  • 著者名/発表者名: Ohashi, H. and Miyamoto-Sato, E
  • 雑誌名: BioMed Research International 巻: (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analysis of Transcription Factor Networks using IVV Method
  • 著者名/発表者名: Ohashi, H., Fujimori, S., Hirai, N., Yanagawa H. and Miyamoto-Sato, E
  • 雑誌名: Methods in Molecular Biology 巻: (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Next-generation Sequencing Coupled with a Cell-free Display Technology for Reliable Interactome of Translational Factors
  • 著者名/発表者名: Miyamoto-Sato, E
  • 雑誌名: Methods in Molecular Biology 巻: (in press)
  • 査読あり
• [学会発表] 次世代の個の医療のためのIVVディスプレイ法を基盤としたインタラクトーム医科学の展開 (2014)
  • 著者名/発表者名: 宮本悦子
  • 学会等名: 東京理科大 生命医科学研究所 招待セミナー
  • 発表場所: 東京理科大 生命医科学研究所(千葉県)
  • 年月日: 2014-01-14
  • 招待講演
• [学会発表] 次世代の個の医療に向けたIVV スクエア法を基盤としたケミカルインタラクトーム技術の開発 (2013)
  • 著者名/発表者名: 西川純一, 佐々木啓孝, 大橋広行, 平井直也, 與儀琢也, 宮本悦子
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド(兵庫県)
  • 年月日: 2013-12-03
• [学会発表] 次世代の個の医療に向けたがんオミクス解析による標的たんぱく質抽出と分子標的薬の設計 (2013)
  • 著者名/発表者名: 西川純一, 佐々木啓孝, 大橋広行, 平井直也, 與儀琢也, 清水孝恒, 山口類, 井元清哉, 鷲尾尊規, 山下辰博, 佐谷秀行, 宮野悟, 宮本悦子
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド(兵庫県)
  • 年月日: 2013-12-03
• [学会発表] 次世代の個の医療に向けたケミカルノックダウン法を基盤とした標的たんぱく質制御技術の開発 (2013)
  • 著者名/発表者名: 佐々木啓孝, 西川純一, 内海典之, 大橋広行, 平井直也, 與儀琢也, 堤邦彦, 宮本悦子
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド(兵庫県)
  • 年月日: 2013-12-03
• [学会発表] IVV スクエア : パーソナル医療に向けた細胞丸ごとインタラクトーム解析法 (2013)
  • 著者名/発表者名: 西川純一, 清水孝恒, 井元清哉, 山口類, 佐谷秀行, 宮野悟, 宮本悦子
  • 学会等名: 第72回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(神奈川県)
  • 年月日: 2013-10-04
• [学会発表] ピューロマイシンを利用したたんぱく質検出技術が拓くインタラクトーム医科学 (2013)
  • 著者名/発表者名: 宮本悦子
  • 学会等名: 東京理科大第51回同窓学位取得者記念講演会・祝賀会
  • 発表場所: 東京理科大学 葛飾キャンパス(東京都)
  • 年月日: 2013-07-20
• [学会発表] Toward Understanding and Control of Cancer Stem Cells using IVV-HiTSeq for Personal Omics (2012)
  • 著者名/発表者名: Miyamoto-Sato, E
  • 学会等名: 第7回研究所ネットワーク国際シンポジウム
  • 発表場所: 東北大学(宮城県)
  • 年月日: 20120614-15
  • 招待講演
• [学会発表] Next-generation sequencing to generte interactome data for understanding and control of cancer stems cells (2012)
  • 著者名/発表者名: Miyamoto-Sato, E
  • 学会等名: The 19th East Asia Joint Symposium on Biomedical Research
  • 発表場所: Seoul National University (Seoul, Korea)
  • 年月日: 20120323-24
  • 招待講演
• [学会発表] パーソナルゲノム医療 : 細胞丸ごとオミクス解析によるがん幹細胞の理解と制御 (2012)
  • 著者名/発表者名: 藤森茂雄, 清水孝恒, 山口類, 大橋広行, 井本清哉, 平井直也, 川畑順子, 佐谷秀行, 宮野悟, 宮本悦子
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: マリンメッセ福岡(福岡県)
  • 年月日: 2012-12-13
• [学会発表] In vitro virus 法を用いたインタラクトーム解析とタンパク質相互作用領域データベースの構築 (2012)
  • 著者名/発表者名: 藤森茂雄, 大橋広行, 平井直也, 押久保朋宏, 山下辰博, 鷲尾尊規, 斉藤あゆむ, 宮野悟, 宮本悦子
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: マリンメッセ福岡(福岡県)
  • 年月日: 2012-12-13
• [学会発表] パーソナルゲノム医療に向けた細胞丸ごとインタラクトーム解析技術の開発 (2012)
  • 著者名/発表者名: 大橋広行, 藤森茂雄, 平井直也, 清水孝恒, 佐谷秀行, 宮本悦子
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: マリンメッセ福岡(福岡県)
  • 年月日: 2012-12-13
• [学会発表] ピューロマイシンテクノロジのあゆみ -第3回資生堂女性研究者サイエンスグラント賞のインパクト- (2012)
  • 著者名/発表者名: 宮本悦子
  • 学会等名: 日本女性科学者の会 第9回学術大会
  • 発表場所: アルカディア市ヶ谷(東京都)
  • 年月日: 2012-10-08
• [学会発表] 統合的オミクス解析に基づく癌幹細胞の個性の理解と制御に向けて (2012)
  • 著者名/発表者名: 宮本悦子, 藤森茂雄, 大橋広行, 平井直也, 清水孝恒, 佐谷秀行, 井本清哉, 山口類, 宮野悟, 森泰昌, 川畑順子, 増岡和代
  • 学会等名: 第71回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: ロイトン札幌(北海道)
  • 年月日: 2012-09-19
• [学会発表] 次世代型進化分子工学的手法の構築とその展望 (2012)
  • 著者名/発表者名: 大橋広行, 宮本悦子
  • 学会等名: 第37回生命の起原および進化学会学術講演会
  • 発表場所: 大阪薬科大学(大阪府)
  • 年月日: 2012-03-08
• [図書] Transcription Factor Regulatory Networks - Methods and Protocols. ( Methods in Molecular Biology, Vol. 1164)
  • 著者名/発表者名: Miyamoto-Sato, E., Ohashi, H., Sasaki, H., Nishikawa, J. and Yanagawa, H (eds.)
  • 出版者: Springer
• [備考] 月刊化学経済5月号(2011年5月1日)に掲載
  • URL: http://www.kagakukogyonippo.com/monthly/backnumber/201105.html
• [備考] (記事全文)
  • URL: http://www.ims.u-tokyo.ac.jp/interactome/web_materials/kagakukeizai.pdf
• [備考] 日経バイオテク(2012年10月9日)に掲載
  • URL: https://bio.nikkeibp.co.jp/article/news/20121005/163633/
• [備考] 東京大学医科学研究所ホームページに掲載
  • URL: http://www.ims.u-tokyo.ac.jp/imsut/jp/research/papers/ivv.php
• [備考] マイナビニュース(2012年10月24日)に掲載
  • URL: http://news.mynavi.jp/news/2012/10/24/033/
• [備考] Yahoo!Japan ニュースに掲載
• [備考] 日本経済新聞(2012年11月20日)に掲載
  • URL: http://www.nikkei.com/article/DGXNZO48609040Z11C12A1TJM000/
• [備考] (記事全文)
  • URL: http://www.ims.u-tokyo.ac.jp/interactome/web_materials/nikkei_2012-11-20.pdf
• [備考] Nature Japan「注目の論文」に掲載
  • URL: http://www.natureasia.com/ja-jp/srep/abstracts/40682
• [備考] 日経産業新聞(2012年12月6日)に掲載(記事全文)
  • URL: http://www.ims.u-tokyo.ac.jp/interactome/web_materials/press_sentanjin.pdf
• [備考] ホームページ情報研究室
  • URL: http://www.ims.u-tokyo.ac.jp/interactome/info.html
• [産業財産権] 標的物質と相互作用するタンパク質の検出方法 (2011)
  • 発明者名: 宮本悦子, 藤森茂雄
  • 権利者名: 東京大学
  • 産業財産権種類: 特許
  • 産業財産権番号: 2011-213424
  • 出願年月日: 2011-09-28