高精度遺伝子座同定法の開発

2012 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 23651195
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 基金
• 研究分野: ゲノム医科学
• 研究機関: 九州大学
• 研究代表者: 大川 恭行 九州大学, 医学研究院, 准教授 (80448430)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2012
• キーワード: クロマチン / 転写 / RNA ポリメラーゼII / 発現プロファイリング / リン酸化

研究概要

細胞機能は厳密にコントロールされた mRNA 量のバランスによって成立している。mRNA を転写する RNA polymerase II(RNAPII)は、触媒サブユニット RPB1 のリン酸化により分類される。ゲノムワイドな RNAPII のリン酸化レベルと mRNA 発現量の関係は未だに不明である。我々はリン酸化 RNAPII の分布と mRNA の発現量の関係について解析した。 mRNA の発現量が Ser2 と Ser5 の段階的なリン酸化と強く相関していることを明らかにした。結果、複雑な mRNA 発現制御機構はRNAPII のリン酸化の状態によって3つのカテゴリーに分類可能であることが示された。

研究成果

• [雑誌論文] A co-localization model of paired ChIP-seq data using a large ENCODE data set enables comparison of multiple samples (2013)
  • 著者名/発表者名: Maehara K, Odawara J, Harada A, Yoshimi T, Nagao K, Obuse C, Akashi K, Tachibana T, Sakata T, Ohkawa Y
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 巻: Vol.41、No.1 ページ: 54-62
  • DOI: DOI:10.1093/nar/gks1010
  • 査読あり
• [雑誌論文] Ly6C(+) Ly6G(-) Myeloid-derived suppressor cells play a critical role in the resolution of acute inflammation and the subsequent tissue repair process after spinal cord injury (2013)
  • 著者名/発表者名: Saiwai H, Kumamaru H, Ohkawa Y, Kubota K, Kobayakawa K, Yamada H, Yokomizo T, Iwamoto Y, Okada S
  • 雑誌名: J Neurochem 巻: Vol.125、No.1 ページ: 74-88
  • DOI: DOI:10.1111/jnc.12135
  • 査読あり
• [雑誌論文] Chd2 interacts with H3.3 to determine myogenic cell fate (2012)
  • 著者名/発表者名: Harada A, Okada S, Konno D, Odawara J, Yoshimi T, Yoshimura S, Kumamaru H, Saiwai H, Tsubota T, Kurumizaka H, Akashi K, Tachibana T, Imbalzano AN, Ohkawa Y
  • 雑誌名: EMBO J 巻: Vol.31、No.13 ページ: 2994-3007
  • DOI: DOI:10.1038/emboj.2012.136
  • 査読あり
• [雑誌論文] Direct isolation and RNA-seq reveal environment-dependent properties of engrafted neural stem/progenitor cells (2012)
  • 著者名/発表者名: Kumamaru H, Ohkawa Y, Saiwai H, Yamada H, Kubota K, Kobayakawa K, Akashi K, Okano H, Iwamoto Y, Okada S
  • 雑誌名: Nat Commun 巻: Vol.3 ページ: 1140
  • DOI: DOI:10.1038/ncomms2132
  • 査読あり
• [雑誌論文] Surf4 modulates STIM1-dependent calcium entry (2012)
  • 著者名/発表者名: Fujii Y, Shiota M, Ohkawa Y, Baba A, Wanibuchi H, Kinashi T, Kurosaki T, Baba Y
  • 雑誌名: Biochem Biophys Res Commun 巻: Vol.422、No.4 ページ: 615-620
  • DOI: DOI:10.1016/j.bbrc.2012.05.037
  • 査読あり
• [雑誌論文] Age-related differences in cellular and molecular profiles of inflammatory responses after spinal cord injury (2012)
  • 著者名/発表者名: Kumamaru H, Saiwai H, Ohkawa Y, Yamada H, Iwamoto Y, Okada S
  • 雑誌名: J Cell Physiol 巻: Vol.227、No.4 ページ: 1335-1346
  • DOI: DOI:10.1002/jcp.22845
  • 査読あり
• [雑誌論文] Chromatin accessibility and transcription factor binding at the PPARγ2promoter during adipogenesis is protein kinase A-dependent (2011)
  • 著者名/発表者名: Xiao H, Leblanc SE, Wu Q, Konda S, Salma N, Marfella CG, Ohkawa Y,Imbalzano AN
  • 雑誌名: J Cell Physiol 巻: Vol.226、NO.1 ページ: 86-93
  • DOI: DOI:10.1002/jcp.22308
  • 査読あり
• [雑誌論文] Flow cytometric sorting of neuronal and glial nuclei from central nervous system tissue (2011)
  • 著者名/発表者名: Okada S, Saiwai H, Kumamaru H, Kubota K, Harada A, Yamaguchi M, Iwamoto Y,Ohkawa Y
  • 雑誌名: J Cell Physiol 巻: Vol.226、No.2 ページ: 552-558
  • DOI: DOI:10.1002/jcp.22365
  • 査読あり
• [雑誌論文] The classification of mRNA expression levels by the phosphorylation state of RNAPII CTD based on a combined genome-wide approach (2011)
  • 著者名/発表者名: Odawara J, Harada A, Yoshimi T, Maehara K, Tachibana T, Okada S, Akashi K, Ohkawa Y
  • 雑誌名: BMC Genomics 巻: Vo.12 ページ: 516
  • DOI: DOI:10.1186/1471-2164-12-516
  • 査読あり
• [学会発表] ヒストンバリアントによる骨格筋分化制御機構 (2013)
  • 著者名/発表者名: 大川 恭行
  • 学会等名: 第1回ヒストンバリアント研究会
  • 発表場所: 九州大学総合研究棟、福岡
  • 年月日: 2013-03-08
• [学会発表] Cd2 incorporates H3.3 to mark myogenic genes (2013)
  • 著者名/発表者名: 大川 恭行
  • 学会等名: 新学術領域「ゲノム支援」国際シンポジウム"Expanding Frontiers of Genome Science"
  • 発表場所: 東京大学 伊藤国際学術研究センター、東京
  • 年月日: 2013-01-10
• [学会発表] 共局在回帰モデルと ENCODE データセットを介した ChIP-seq データの多サンプル比較解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 前原 一満, 小田原 淳, 原田 哲仁, 吉見 智彦, 長尾 恒治, 小布施 力史, 立花 太郎, 坂田 年男, 大川 恭行
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡、福岡
  • 年月日: 2012-12-14
• [学会発表] CHD5(Chromodomain helicase DNA binding protein 5)はマウスの胚性幹細胞において H3.1 と結合して遺伝子発現を抑制しうる (2012)
  • 著者名/発表者名: 林 正康, 小田原 淳, 原田 哲仁, 前原一満, 立花 太郎, 赤司 浩一, 大川 恭行
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡、福岡
  • 年月日: 2012-12-13
• [学会発表] 高次クロマチン構造制御による骨格筋分化制御 (2012)
  • 著者名/発表者名: 大川 恭行
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡、福岡
  • 年月日: 2012-12-12
• [学会発表] Chd-2 dependent deposition of H3.3 is required for myogenic cell fate (2012)
  • 著者名/発表者名: Akihito Harada, Anthony N. Imbalzano, Yasuyuki Ohkawa
  • 学会等名: KEYSTONE SYMPOSIA
  • 発表場所: コロラド,USA
  • 年月日: 2012-01-19
• [学会発表] Control of gene expression through the phosphorylation of Ser2 and Ser5 of RNAP II : A combined analysis for ChIPseq and RNAseq (2012)
  • 著者名/発表者名: Jun Odawara, Akihito Harada, Yasuyuki Ohkawa
  • 学会等名: KEYSTONE SYMPOSIA
  • 発表場所: コロラド,USA
  • 年月日: 2012-01-19
• [学会発表] The deposition of histone varients is the basis of chromatin structual changes in cell fate decision (2011)
  • 著者名/発表者名: Yasuyuki Ohkawa, Jun Odawara, Akihito Harada
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜、神奈川
  • 年月日: 2011-12-16
• [学会発表] Chd-2 dependent deposition of H3.3 is crucial for Brg1 recruitment in myogenesis (2011)
  • 著者名/発表者名: Akihito Harada, Jun Odawara, Kazumitu Maehara, Tomohiko Yoshimi, Saori Yoshimura, Taro Tachibana, Hitoshi Kurumizaka, Hiroshi Kimura, Yasuyuki Ohkawa
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜、神奈川
  • 年月日: 2011-12-15
• [図書] 実験医学 (2013)
  • 著者名/発表者名: 大川 恭行, 小田原 淳, 原田 哲仁
  • 総ページ数: 577-582
  • 出版者: 羊土社
• [図書] 細胞工学 (2012)
  • 著者名/発表者名: 原田 哲仁, 大川 恭行
  • 総ページ数: 877-881
  • 出版者: 秀潤社
• [図書] Methods Mol Biol"Isolation of nuclei from skeletal muscle satellite cells and myofibers for use in chromatin immunoprecipitation assays." (2012)
  • 著者名/発表者名: Ohkawa Y, Mallappa C, Vallaster CS, Imbalzano AN
  • 総ページ数: 517-530
  • 出版者: Springer 社
• [図書] Methods Mol Biol"An improved restriction enzyme accessibility assay for analyzing changes in chromatin structure insamples of limited cell number." (2012)
  • 著者名/発表者名: Ohkawa Y, Mallappa C, Vallaster CS, Imbalzano AN
  • 総ページ数: 531-542
  • 出版者: Springer 社
• [備考] 九州大学 医学研究院 先端医療医学部門エピジェネティクス分野 / 大川研究室
  • URL: http://chromatin.med.kyushu-u.ac.jp/