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2013 年度 実績報告書

色を知り、色を作る:ロドプシンタンパク質群の挑戦

研究課題

研究課題/領域番号 23657100
研究機関名古屋大学

研究代表者

須藤 雄気  名古屋大学, 理学(系)研究科(研究院), 准教授 (10452202)

研究分担者 林 重彦  京都大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (70402758)
キーワード生物物理 / シグナル伝達 / 生体分子 / 分子認識 / 分子機械
研究概要

本研究目的は、自然界で最も幅広い吸収帯を示す光受容タンパク質の一つである、“ロドプシンタンパク質群”の「色を知り」「色を作る」ことである。代表者がこれまで蓄積してきた、幅広い吸収極大を持つ数十種類のロドプシンを実験的に解剖し、分担者が理論的に予見し解釈を与えることとした。
[1] 実験(代表者):560nm付近(紫色)に極大吸収を持つ、センサリーロドプシンI(SRI)と、バクテリオロドプシン(BR)について、種々の変異体を作製し、480~600nmの様々な色(吸収帯)を持つ人工的ロドプシン分子の作製に成功した(前者はSudo et al. (2011) J. Biol. Chem., 後者はSudo et al. (2013) J. Biol. Chem.)。この研究を通じて、新しい色制御メカニズムを提案すると共に、発色団レチナールの構造及び、周辺アミノ酸残基の重要性を確認した。また、他のレチナールタンパク質へも拡張し、それらの効果の普遍性について確認した(Mori et al., (2013) Phys. Chem., Tsukamoto et al., (2013) J. Biol. Chem.)。
[2] 理論(分担者):量子化学計算の高精度化を目指し、アルゴリズムや力場の検討を行った。1)で得られた実験結果を計算により分子論的に解釈することに成功した(Sudo et al., (2013) J. Biol. Chem.)。また、さらに波長変化が期待できるモディフィケーションを理論から提案し、実験的に確かめることが出来た(Sudo et al., in preparation)。さらには、これら創成分子を使って、動物・線虫内での発現と光行動制御にも合わせて成功した(Sudo et al., (2013) J. Biol. Chem., and in preparation)。このように、実験と理論の融合により、これまでに無い波長変換体を創成することができた。
このような研究成果(期間中に10報を越える原著論文を発表)からも、本挑戦的萌芽研究は当初の目的以上に、研究が進展したものと考えている。

  • 研究成果

    (15件)

すべて 2014 2013

すべて 雑誌論文 (8件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (5件) (うち招待講演 5件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] The early steps in the photocycle of a photosensor protein sensory rhodopsin I from Salinibacter ruber2014

    • 著者名/発表者名
      Sudo, Y., Mizuno, M., Wei, Z., Takeuchi, S., Tahara, T., & Mizutani, Y
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. B

      巻: 118 ページ: 1510-1518

  • [雑誌論文] Color discriminating retinal configurations of sensory rhodopsin I by photo-irradiation solid state NMR spectroscopy2014

    • 著者名/発表者名
      Yomoda, H., Makino, Y., Tomonaga, Y., Hidaka, T., *Kawamura, I., Okitsu, T., Wada, A., *Sudo Y., & Naito, A.
    • 雑誌名

      Angew. Chem. Int. Ed.

      巻: 未定 ページ: 未定

    • DOI

      10.1002/ange.201309258

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Large spectral change due to amide modes of a β-sheet upon the formation of an early photointermediate of middle rhodopsin2013

    • 著者名/発表者名
      Furutani, Y., Okitsu, T., Reissig, L., Mizuno, M., Homma, M., Wada, A., Mizutani, Y., & Sudo, Y
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. B

      巻: 117 ページ: 3449-3458

  • [雑誌論文] Thermal and spectroscopic characterization of a proton pumping rhodopsin from an extreme thermophile2013

    • 著者名/発表者名
      Tsukamoto, T., Inoue, K., Kandori, H., & *Sudo, Y.
    • 雑誌名

      J. Biol. Chem.

      巻: 288 ページ: 21581-21592

    • DOI

      10.1074/jbc.M113.479394

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A blue-shifted light-driven proton pump for neural silencing2013

    • 著者名/発表者名
      *Sudo, Y., Okazaki, A., Ono, H., Yagasaki, J., Sugo, S., Kamiya, M., Reissig, L., Inoue, K., Ihara, K., Kandori, H., Takagi, S., & Hayashi, S.
    • 雑誌名

      J. Biol. Chem.

      巻: 288 ページ: 20624-20632

    • DOI

      10.1074/jbc.M113.475533

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Investigation of the chromophore binding cavity in the 11-cis acceptable microbial rhodopsin MR2013

    • 著者名/発表者名
      Mori, A., Yagasaki, J., Homma, M., Reissig, L., & *Sudo, Y.
    • 雑誌名

      Chem. Phys.

      巻: 419 ページ: 23-29

    • DOI

      10.1016/j.chemphys.2012.11.020

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Adenosine triphosphate hydrolysis mechanism in kinesin studied by combined quantum-mechanical/molecular-mechanical metadynamics simulations2013

    • 著者名/発表者名
      *McGrath, M.J., Kuo, I.F., Hayashi, S., & *Takada, S.
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc.

      巻: 135 ページ: 8908-8919

    • DOI

      10.1021/ja401540g

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Facile catch and release of fullerenes using a photoresponsive molecular tube2013

    • 著者名/発表者名
      Kishi, N., Akita, M., Kamiya, M., Hayashi, S., Hsu, H.F., & *Yoshizawa, M.
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc.

      巻: 135 ページ: 12976-12979

    • DOI

      10.1021/ja401540g

    • 査読あり
  • [学会発表] Photobiophysical chemistry: What should we learn from retinal proteins?2014

    • 著者名/発表者名
      Sudo, Y.
    • 学会等名
      iCeMS symposium on Mesoscopic Chemical Biology: Integrated Chemical-Physical Systems Towards Cell Control
    • 発表場所
      Kyoto
    • 年月日
      20140202-20140202
    • 招待講演
  • [学会発表] 微生物型レチナールタンパク質の非常識で未来を拓く2013

    • 著者名/発表者名
      須藤雄気
    • 学会等名
      分子科学研究所研究会「ロドプシン研究の故きを温ねて新しきを知る」
    • 発表場所
      岡崎
    • 年月日
      20131119-20131119
    • 招待講演
  • [学会発表] 光受容レチナールタンパク質の常識と非常識2013

    • 著者名/発表者名
      須藤雄気
    • 学会等名
      東京工業大学第1回生体分子専攻・若手コロキウム
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      20130829-20130829
    • 招待講演
  • [学会発表] 微生物型レチナールタンパク質の理解と利用2013

    • 著者名/発表者名
      須藤雄気
    • 学会等名
      大阪市立大学セミナー
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      20130604-20130604
    • 招待講演
  • [学会発表] ロドプシンの、ロドプシンによる、ロドプシンのための蛋白質科学2013

    • 著者名/発表者名
      須藤雄気
    • 学会等名
      大阪大学蛋白研セミナー
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      20130420-20130420
    • 招待講演
  • [図書] Molecular and evolutionary aspects of microbial sensory rhodopsins2014

    • 著者名/発表者名
      Inoue, K., Tsukamoto, T., & *Sudo, Y.
    • 総ページ数
      16
    • 出版者
      Biochim. Biophys. Acta
  • [図書] Sensory rhodopsins2014

    • 著者名/発表者名
      Tsukamoto, T., & *Sudo, Y.
    • 総ページ数
      7
    • 出版者
      In: eLS. John Wiley & Sons, Ltd: Chichester.

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公開日: 2015-05-28  

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