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平成25年度は「農業集落排水施設導入による，集落排水施設の上流河川での医薬品濃度改善効果」と「集落排水施設での医薬品除去状況」の調査を実施した．その結果，平成25年度末には，集落排水施設の上流にある河川調査地点の集水域に存在する家屋の集落排水接続率は約50%に達し，河川水中の濃度低下が明確になってきた成分が存在した．具体的には，平成23年からの接続率の上昇にともなって，Propyphenazone(解熱消炎鎮痛剤)，Bezafibrate(高脂血症用剤)，Sulpiride(抗潰瘍剤)の濃度低下は顕著あった．しかし，Ketoprofen(解熱消炎鎮痛剤)などについては，濃度低下はあまり明確ではなかった．底泥についても，医薬品の濃度低下が見られた成分と，そうでない成分があった．一方，接続先の集落排水施設の処理水からは様々な医薬品が検出されたが，それらの濃度は，いずれも生態系に悪影響を与える程の濃度には達していなかった．以上のことから，集落排水施設接続による河川の医薬品汚染の改善効果は接続率が100%近くにならなくても存在し，集落排水処理水も安全であることが明らかとなった．ただし，集落排水施設接続による河川水の医薬品汚染の改善効果は，接続率50%では限定的であり，改善効果をより顕著にするためには，さらなる接続率向上が必要であると考えられた．このような結果となったのは，医薬品には使用量が時間的に大きく変動するものがあり，そのような医薬品については，集落排水未接続の家屋からの河川への排出量が大きく変動しているためと推測される．
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