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2013 年度 実績報告書

エタノール発酵責任遺伝子群の新規エピジェネティック制御機構の解明と応用展開

研究課題

研究課題/領域番号 23658281
研究機関東北大学

研究代表者

原田 昌彦  東北大学, (連合)農学研究科(研究院), 准教授 (70218642)

キーワード出芽酵母 / 遺伝子発現 / クロマチン / 細胞核
研究概要

1,発酵関連遺伝子の細胞内空間配置とその変化の解析
これまでの解析によって、Arp6が遺伝子の核膜近傍への空間配置に必要であることを示している。これを受けて、マイクロアレイで検出された発酵関連遺伝子の発現変化に遺伝子の核内空間配置の変化が寄与している可能性が考えらえらた。そこで、クロマチン免疫沈降や遺伝子の可視化などにより、グルコース濃度に依存したこれらの遺伝子の空間配置の変化を解析した。また、arp6変異に伴うこれらの遺伝子の空間配置の変化を解析した。その結果、グルコース濃度、およびarp6変位によって核内空間配置が変化する可能性のある遺伝子を複数同定した。また、核膜に存在する核膜抗複合体と遺伝子の位置が一致するかどうかについて解析を行い、部分的な一致が観察された。
2,Arp6の発酵関連遺伝子領域への結合の解析
予備的な実験により、Arp6がいくつかの発酵関連遺伝子に結合していることが示されていたため、クロマチン免疫沈降(chromatin immunoprecipitation; ChIP)を用いて、さらに詳細な結合を解析した。その結果、解析した遺伝子の多くで、Arp6がこれらの遺伝子領域に結合していることが示された。しかし、対象として用いた非発酵関連遺伝子領域にもArp6の結合が観察されたため、現在、これらの遺伝子群の間で、Arp6の結合に有意な差があるかについても解析を行っている。また、Arp6の結合がどのようにこれらの遺伝子に寄与しているかについて解析を行い、ヒストンバリアントH2A.Z導入以外の機能が、これらの遺伝子発現の制御に関与していることを示した。

  • 研究成果

    (22件)

すべて 2014 2013 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (16件) (うち招待講演 3件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] Improvement of the transformation efficiency of Saccharomyces cerevisiae by altering carbon sources in pre-culture2014

    • 著者名/発表者名
      Konishi, T., et al.
    • 雑誌名

      Bioscience, Biotechnology and Biochemistry

      巻: in press ページ: in press

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Reorganization of Damaged Chromatin by the Exchange of Histone Variant H2A.Z-22014

    • 著者名/発表者名
      Nishibuchi, I. et al.
    • 雑誌名

      International Journal of Radiation Oncology, Biology, Physics

      巻: in press ページ: in press

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Possible involvement of LKB1-AMPK signaling in non-homologous end joining.2014

    • 著者名/発表者名
      Ui, A., et al.
    • 雑誌名

      Oncogene

      巻: 33 ページ: 1640-1648

    • DOI

      10.1038/onc.2013.125.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural polymorphism in the L1 loop regions of human H2A.Z.1 and H2A.Z.2.2013

    • 著者名/発表者名
      Horikoshi, N., et al.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2013 69, 2431-2439.

      巻: 69 ページ: 2431-2439

    • DOI

      10.1107/S090744491302252X

    • 査読あり
  • [学会発表] 細胞分化における核内アクチンの機能解析2014

    • 著者名/発表者名
      山本浩志
    • 学会等名
      農芸化学会2014年度大会
    • 発表場所
      生田
    • 年月日
      20140328-20140330
  • [学会発表] 遺伝子欠損細胞を用いたヒストンバリアントH2A.Zの機能解析2014

    • 著者名/発表者名
      奥裕行
    • 学会等名
      農芸化学会2014年度大会
    • 発表場所
      生田
    • 年月日
      20140328-20140330
  • [学会発表] 転写およびアクチンダイナミクス制御におけるアクチンファミリーArp5, Arp8の機能解析2014

    • 著者名/発表者名
      村上寛和
    • 学会等名
      農芸化学会2014年度大会
    • 発表場所
      生田
    • 年月日
      20140328-20140330
  • [学会発表] Roles of actin-related proteins in chromatin function and nuclear organization Masahiko Harata2013

    • 著者名/発表者名
      Masahiko Harata
    • 学会等名
      Annual Meeting, American Society of Cell Biology meeting
    • 発表場所
      New Orleans, USA
    • 年月日
      20131214-20131218
  • [学会発表] ヒトINO80クロマチンリモデリング複合体による遺伝子発現の酸化ストレス応答制御2013

    • 著者名/発表者名
      原田 昌彦
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      20131203-20131206
  • [学会発表] Arp4による核内アクチンダイナミクスとゲノム機能の制御2013

    • 著者名/発表者名
      山崎祥他
    • 学会等名
      第31回 染色体ワークショップ・第12回 核ダイナミクス研究会
    • 発表場所
      箱根
    • 年月日
      20131125-20131126
  • [学会発表] ヒストンバリアントH2A.Zアイソフォームの転写制御における機能解析2013

    • 著者名/発表者名
      日下部将之
    • 学会等名
      第31回染色体ワークショップ・第11回核ダイナミクス研究会
    • 発表場所
      箱根
    • 年月日
      20131125-20131126
  • [学会発表] アクチン・ヒストン両ファミリーによる核・クロマチン機能制御2013

    • 著者名/発表者名
      原田 昌彦
    • 学会等名
      平成25年度遺伝研研究会「クロマチンによる遺伝情報のエピジェネティック制御機構」
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      20131017-20131018
    • 招待講演
  • [学会発表] Contribution of SWR1- and INO80 chromatin remodeling complexes to the spatial positioning of DNA double-strand break.2013

    • 著者名/発表者名
      Masahiko Harata
    • 学会等名
      酵母エピジェネティックス国際シンポジウム
    • 発表場所
      福井市
    • 年月日
      20130902-20130904
  • [学会発表] Actin family proteins involved in the functional organization of the nucleus2013

    • 著者名/発表者名
      Masahiko Hatata
    • 学会等名
      23th Wilhelm Bernhard Workshop on the cell nucleus
    • 発表場所
      Debrecen, Hungary
    • 年月日
      20130819-23
    • 招待講演
  • [学会発表] INVOLVEMENT OF THE NUCLEAR ACTIN-RELATED PROTEIN ARP4 IN THE SUBCELLULAR LOCALIZATION AND POLYMERIZATION OF ACTIN2013

    • 著者名/発表者名
      Shota Yamazaki
    • 学会等名
      23rd Wilhelm Bernhard Workshop on the Cell Nucleus
    • 発表場所
      Debrecen, Hungary
    • 年月日
      20130819-20130824
  • [学会発表] Contribution of histone variant H2A.Z isoforms to transcriptional activation in hyper-acetylated chromatin2013

    • 著者名/発表者名
      Masayuki Kusakabe
    • 学会等名
      23th Wilhelm Bernhard Workshop on the cell nucleus
    • 発表場所
      Debrecenm Hungary
    • 年月日
      20130819-20130824
  • [学会発表] Involvement of nuclear actin- and myosin-families in genome function2013

    • 著者名/発表者名
      Masahiko Harata
    • 学会等名
      NIH Tohoku University JSPS Symposium
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      20130509-20130511
  • [学会発表] アクチンファミリーによる細胞核・クロマチンの機能構造形成

    • 著者名/発表者名
      原田昌彦
    • 学会等名
      第86回日本生化学会大会シンポジウム「細胞核内構造体の構築原理と高次生命機能」
    • 発表場所
      横浜
    • 招待講演
  • [学会発表] 転写制御におけるヒストンバリアントH2A.Zアイソフォームの機能解析

    • 著者名/発表者名
      日下部将之
    • 学会等名
      日本生化学会東北支部会第79回例会・シンポジウム
    • 発表場所
      仙台
  • [学会発表] Analyses of human INO80 complex involvement in gene expression regulation under oxidative stress condition

    • 著者名/発表者名
      Yuichiro Takahashi
    • 学会等名
      第86回日本生化学会大会
    • 発表場所
      横浜
  • [図書] 染色体と細胞核のダイナミクス-DNAを操る細胞の仕組み- 原口徳子・平岡泰編 第11章 核骨格と核タンパク質 p169-p1832013

    • 著者名/発表者名
      原田昌彦
    • 総ページ数
      236 (169-183)
    • 出版者
      化学同人
  • [図書] ベーシックマスター分子生物学(改訂版) 東中川徹、大山隆、清水光弘編 第8章 翻訳の調節2013

    • 著者名/発表者名
      原田昌彦
    • 総ページ数
      439 (216-241)
    • 出版者
      オーム社

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公開日: 2015-05-28  

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