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2011 年度 実施状況報告書

13C直接検出法を用いた高分子量天然変性タンパク質の構造解析技術開発

研究課題

研究課題/領域番号 23659024
研究機関広島大学

研究代表者

楯 真一  広島大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (20216998)

研究期間 (年度) 2011-04-28 – 2013-03-31
キーワード蛋白質 / 生体高分子 / 生物物理
研究概要

本年度は,新たに導入された700 MHz NMR分光器を用いて13C直接検出法のためのパルスプログラムを作成した.研究計画ではFliKを対象とすることにしていたが,13C直接観測に必要となる長時間の測定に耐えられるサンプルの安定性を実現させることができず計画が遅れた.本研究の目的が天然変性タンパク質のための13C直接測定によるシグナル帰属法の開発であるので研究対象を同様の天然変性タンパク質という性質を持つ基本転写因子TFIIEbフラグメント用いることで研究を進めることに変更した.TFIIEbフラグメントは長時間の測定の間も安定であるために,測定法の開発を進める上で最適であり,研究をスムーズに展開することができる様になった. 今期は,13C直接観測で行う基本的な2次元スペクトル測定法を新規導入の700MHzに組み込むことを可能とした.13C直接観測に必要となる特殊なデータ処理のためのプログラムを作成するなど基本測定の設定をおえた. TFIIEbの主鎖側鎖のシグナル帰属を予定通り終了し,残余双極子効果測定を試みた.残余双極子効果測定については異方性誘導の条件が十分ではなく,さらに測定条件の検討が必要であり,次年度にもちこすことになった.

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

新規に導入した700 MHzの通常の測定のセットアップを同時に進め無くてはならないために,13C検出という新しい実験の導入前に多くの時間を取られた.また,計画していたFliKのサンプル安定性が十分でなく,新たな測定を開発する対象としては不適切であり,研究対象とする蛋白質を変更するまでにも時間を要した.

今後の研究の推進方策

既に基本的な測定は可能となっているため,TFIIEbフラグメントを対象として1. 異方性核スピン相互作用(残余双極子効果)の測定の実現,残余化学シフト異方性効果の実現など初年度予定していた測定を実現する.2. 当初の予定通り,2年目で13C直接観測を用いたスピン緩和測定を実施して,TFIIEbフラグメントのダイナミックス解析を実現する.3.TFIIEbは転写因子Gal11と相互作用することが分かっているために,13C直接観測法を用いてTFIIEb-Gal11の相互作用解析を実現する.

次年度の研究費の使用計画

初年度は,計画が遅れたために消耗品費の執行など予定よりも低く抑えられた.ほぼ,研究実施の体制は整っているので,次年度は当該予算を使って集中的に研究を進展させる.

  • 研究成果

    (18件)

すべて 2012 2011

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (12件) 図書 (1件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] Structural implication for the impaired binding of W150A mutant LOX-1 to oxidized low density lipoprotein, OxLDL2012

    • 著者名/発表者名
      S.Nakano, M.Sugihara, R.Yamada, K.Katayanagi, S.Tate
    • 雑誌名

      Biochim. et Biophys. Acta

      巻: 1824 ページ: 739-749

    • DOI

      10.1016/j.bbapap.2012.02.003

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Pressure dependence of activity and stability of dihydrofolate reductase of the deep-sea bacterium Moritella profunda and Escherichia coli.2012

    • 著者名/発表者名
      E.Ohmae, C.Murakami, S.Tate, K.Gekko, K.Hata, K.Akasaka, C.Kato
    • 雑誌名

      Biochim. et Biophys. Acta.

      巻: 1824 ページ: 511-519

    • DOI

      10.1016/j.bbapa.2012.01.001

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Secondary-structure analysis of alcohol-denatured proteins by vacuum-ultraviolet circular dichroism spectroscopy2012

    • 著者名/発表者名
      M.Koichi, Y.Sakurada, S.Tate, H.Namatame, M.Taniguchi, K.Gekko
    • 雑誌名

      PROTEINS

      巻: 80 ページ: 281-293

    • DOI

      10.1002/prot.23206

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The NMR structure of FliK, the trigger for the switch of substrate specificity in the flagellar type III secretion appratus2011

    • 著者名/発表者名
      S.Mizuno, H.Amida, N.Kobayashi, S.Aizawa, S.Tate
    • 雑誌名

      J. Mol. Biol.

      巻: 409 ページ: 558-573

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2011.04.008

    • 査読あり
  • [学会発表] TAL effectorの結晶構造から明らかになったDNA認識機構2012

    • 著者名/発表者名
      楯 真一
    • 学会等名
      第1回 ゲノム編集研究会(招待講演)
    • 発表場所
      広島
    • 年月日
      2012.02.28
  • [学会発表] NMRを用いた新しいタンパク質構造研究のアプローチ2012

    • 著者名/発表者名
      楯 真一
    • 学会等名
      特定領域研究・高次系分子科学 ミニシンポジウム(招待講演)
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2012.01.24
  • [学会発表] Domain orientation dynamics revealed by alignment induced TROSY shift changes2011

    • 著者名/発表者名
      S.Tate, J.Uewaki, N.Utsunomiya-Tate
    • 学会等名
      ISNMR2011
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2011.11.17
  • [学会発表] Protein structural dynamics modulation induced by a mutation to flexible loop2011

    • 著者名/発表者名
      S.Tate
    • 学会等名
      日本生物物理学会第49回年会(招待講演)
    • 発表場所
      兵庫
    • 年月日
      2011.11.16
  • [学会発表] Prepared domain orientation of tandem HMG boxes defined by the inter-domain linker in HMGB22011

    • 著者名/発表者名
      J.Uewaki, J.Kurita, N-U.Tate, S.Tate
    • 学会等名
      日本生物物理学会第49回年会
    • 発表場所
      兵庫
    • 年月日
      2011.11.16
  • [学会発表] CH-p相互作用が規定するタンパク質の動的平衡2011

    • 著者名/発表者名
      上脇隼一,楯 直子,楯 真一
    • 学会等名
      2011年 日本化学会西日本大会
    • 発表場所
      徳島
    • 年月日
      2011.11.12
  • [学会発表] DNA結合により誘導されるタンパク質のドメイン配向変化の定量的観測2011

    • 著者名/発表者名
      竹内 彩,上脇隼一,楯 真一
    • 学会等名
      2011年 日本化学会西日本大会
    • 発表場所
      徳島
    • 年月日
      2011.11.12
  • [学会発表] 蛋白質の内部運動性と機能制御2011

    • 著者名/発表者名
      楯 真一
    • 学会等名
      「理論と実験」研究会2011(招待講演)
    • 発表場所
      広島
    • 年月日
      2011.10.07
  • [学会発表] Functional regulation through phosphorylation to acidic intrinsically disordered region in FACT as a chromatin remodeling factor2011

    • 著者名/発表者名
      S.Tate
    • 学会等名
      Annual meeting of Protein Science Japan(招待講演)
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2011.06.07
  • [学会発表] Determination of the alignment tensor of protein by orientation induced TROSY shift changes2011

    • 著者名/発表者名
      S.Tate
    • 学会等名
      Gordon Research Conference
    • 発表場所
      Lucca, Italy
    • 年月日
      2011.05.25
  • [学会発表] クロマチンリモデリングタンパク質のリン酸化による機能制御機構の解明2011

    • 著者名/発表者名
      橋本愛美,松井理恵子,上脇隼一,津中康央,森川耿右,楯 真一
    • 学会等名
      第52回 日本生化学会 中国四国支部例会
    • 発表場所
      広島
    • 年月日
      2011.05.24
  • [学会発表] 酸化LDL受容体タンパク質LOX-1の基質認識機構の解明2011

    • 著者名/発表者名
      杉原守,山田梨紗都,編田宏一,楯 真一
    • 学会等名
      日本生物物理学会 第3回中国四国支部大会
    • 発表場所
      広島
    • 年月日
      2011.05.15
  • [図書] Current Trends in X-ray crystallography2011

    • 著者名/発表者名
      S.Tate, A.Imada, N.Hiroguchi
    • 総ページ数
      436
    • 出版者
      InTech (chap. 18, pp 409-436)
  • [産業財産権] 酸化LDL受容体に作用するリポソーム2012

    • 発明者名
      町田幸子,倉持みゆき,楯真一,山田梨紗都
    • 権利者名
      町田幸子,倉持みゆき,楯真一,山田梨紗都
    • 産業財産権番号
      特許: 特願2012-72404
    • 出願年月日
      2012年03月27日

URL: 

公開日: 2013-07-10  

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