血清中の疾患特異的なタンパク質変異の探索法開発とその可能性の実証

2012 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 23659305
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 病態検査学
• 研究機関: 北里大学
• 研究代表者: 小寺 義男 北里大学, 理学部物理学科, 准教授 (60265733)
• 連携研究者: 前田 忠計 北里大学, 名誉教授 (90265728) ; 野村 文夫 千葉大学, 医学研究院, 教授 (80164739) ; 五島 直樹 (独)産業技術総合研究所生物情報解析研究センター, 主任研究員 (70215482)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2012
• キーワード: 臨床検査医学 / 血中診断マーカー

研究概要

疾患特異的な翻訳後修飾やプロテアーゼによる切断、スプライシング異常等のタンパク質の状態変化(ここでは「変異」と記述する)が様々な点で疾患に関与していることは明らかである。本研究では、独自の前処理技術と最先端の質量分析技術を組み合わせて、血清中の任意のタンパク質の変異を網羅的に分析する方法を開発した。

研究成果

• [雑誌論文] Enhanced recovery of lyophilized peptides in shotgun proteomics by using an LC-ESI-MS compatible surfactant (2013)
  • 著者名/発表者名: Kawashima Y, Takahashi N, Satoh M, Saito T, Kado S, Nomura F, Matsumoto H, Kodera Y
  • 雑誌名: Proteomics 巻: 13(5) ページ: 751-5
  • 査読あり
• [雑誌論文] Establishment and application of a high-quality comparative analysis strategy for the discovery and small-scale validation of low-abundance biomarker peptides in serum based on an optimized novel peptide extraction method (2013)
  • 著者名/発表者名: Saito T, Kawashima Y, Minamida M, Matsumoto K, Araki K, Matsui T, Satoh M, Nomura F, Iwamura M, Maeda M, Baba S, Kodera Y
  • 雑誌名: J. Electrophoresis 巻: 57 ページ: 1-9
  • DOI: DOI:10.2198/jelectroph.57.1
  • 査読あり
• [雑誌論文] Application of quantitative proteomic analysis using tandem mass tags for discovery and identification of novel biomarkers in periodontal disease (2013)
  • 著者名/発表者名: Tsuchida S, Satoh M, Kawashima Y, Sogawa K, Kado S, Sawai S, Nishimura M, Ogita M, Takeuchi Y, Kobyashi H, Aoki A, Kodera Y,Matsushita K, Izumi Y, Nomura F
  • 雑誌名: Proteomics
  • 査読あり
• [雑誌論文] Serum monomeric α2-macroglobulin as a clinical biomarker in diabetes (2013)
  • 著者名/発表者名: Takada T, Kodera Y, Matsubara M, Kawashima Y, Maeda T, Fujita Y, Shichiri M
  • 雑誌名: Atherosclerosis 巻: 228(1) ページ: 270-6
  • 査読あり
• [雑誌論文] Cyclic sample pooling using two-dimensional liquid chromatography system enhances coverage in shotgun proteomics (2013)
  • 著者名/発表者名: Kawashima Y, Satoh M, Saito T, Matsui T, Nomura F, Matsumoto H, Kodera Y
  • 雑誌名: Biomed Chromatogr 巻: 27(6) ページ: 691-4
  • 査読あり
• [雑誌論文] Oryziaslatipes, as a model for human obesity-related glomerulopathy (2013)
  • 著者名/発表者名: Ichimura K, Kawashima Y, Nakamura T, Powell R, Hidoh Y, Terai S, Sakaida I,Kodera Y, Tsuji T, Ma JX, Sakai T, Matsumoto H, Obara T. Medaka
  • 雑誌名: Biochem Biophys Res Commun 巻: 431(4) ページ: 712-7
  • 査読あり
• [雑誌論文] Integrated view of the humanchromosome X-centric proteome project (2013)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto T, Nakayama K, Hirano H, Tomonaga T, Ishihama Y, Yamada T, Kondo T,Kodera Y, Sato Y, Araki N, Mamitsuka H, Goshima N
  • 雑誌名: J Proteome Res 巻: 12(1) ページ: 58-61
  • 査読あり
• [雑誌論文] Angiotensin-converting enzymeinhibition curbs tyrosine nitration of mitochondrial proteins in the renal cortexduring the early stage of diabetes mellitus in rats (2013)
  • 著者名/発表者名: Ishii N, Carmines PK, Yokoba M, Imaizumi H, Ichikawa T, Ikenagasa H, Kodera Y,Oh-Ishi M, Aoki Y, Maeda T, Takenaka T, Katagiri M
  • 雑誌名: Clin Sci (Lond) 巻: 124(8) ページ: 543-52
  • 査読あり
• [雑誌論文] Preanalytical evaluation of serum 25-hydroxyvitamin D3 and25-hydroxyvitamin D2 measurements using LC-MS/MS (2013)
  • 著者名/発表者名: Mochizuki A, Kodera Y, Saito T, Satoh M, Sogawa K, Nishimura M, Seimiya M, Kubota M, Nomura F
  • 雑誌名: Clin Chim Acta 巻: 420 ページ: 114-20
  • 査読あり
• [雑誌論文] A strategy for large-scale phosphoproteomics and SRM-based validation of human breast cancer tissue samples (2012)
  • 著者名/発表者名: Narumi R, Murakami T, Kuga T, Adachi J, Shiromizu T, Muraoka S, Kume H, Kodera Y, Matsumoto M, Nakayama K, Miyamoto Y, Ishitobi M, Inaji H, Kato K, Tomonaga T
  • 雑誌名: J Proteome Res 巻: 11(11) ページ: 5311-22
  • 査読あり
• [雑誌論文] The application of a three-step serum proteome analysis for the discovery andidentification of novel biomarkers of hepatocellular carcinoma (2012)
  • 著者名/発表者名: Kimura A, Sogawa K, Satoh M, Kodera Y, Yokosuka O, Tomonaga T, Nomura F
  • 雑誌名: Int J Proteomics 巻: 2012 ページ: 623190
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of a Novel Biomarker for Biliary Tract Cancer Using Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-FlightMass Spectrometry (2012)
  • 著者名/発表者名: Kikkawa S, Sogawa K, Satoh M, Umemura H, Kodera Y, Matsushita K, Tomonaga T, Miyazaki M, Yokosuka O, Nomura F
  • 雑誌名: Int J Proteomics 巻: 2012 ページ: 108609
  • 査読あり
• [雑誌論文] Strategy for SRM-basedverification of biomarker candidates discovered by iTRAQ method in limited breast cancer tissue samples (2012)
  • 著者名/発表者名: Muraoka S, Kume H, Watanabe S, Adachi J, Kuwano M, Sato M, Kawasaki N, Kodera Y,Ishitobi M, Inaji H, Miyamoto Y, Kato K, Tomonaga T
  • 雑誌名: J Proteome Res 巻: 11(8) ページ: 4201-10
  • 査読あり
• [雑誌論文] Proteomic analysis of gingivalcrevicular fluid for discovery of novel periodontal disease markers (2012)
  • 著者名/発表者名: Tsuchida S, Satoh M, Umemura H, Sogawa K, Kawashima Y, Kado S, Sawai S,Nishimura M, Kodera Y, Matsushita K, Nomura F
  • 雑誌名: Proteomics 巻: 12(13) ページ: 2190-202
  • 査読あり
• [雑誌論文] Potential ofclassification of cancer by multiple discriminant analysis for relationshipbetween cancer and expression of human cellular phosphoprotein (2012)
  • 著者名/発表者名: Motofuji Y, Saito A, Koike M, Kodera Y, Maeda T, Komatsu H
  • 雑誌名: Biomed Res 巻: 33(2) ページ: 139-43
  • 査読あり
• [雑誌論文] Plectin promotes migration and invasion of cancer cells and is a novel prognostic marker for head and neck squamous cell carcinoma (2012)
  • 著者名/発表者名: Katada K, Tomonaga T, Satoh M, Matsushita K, Tonoike Y, Kodera Y, Hanazawa T, Nomura F, Okamoto Y
  • 雑誌名: J Proteomics 巻: 75(6) ページ: 1803-15
  • 査読あり
• [雑誌論文] 14-3-3 protein beta/alpha as a urinary biomarker forrenal cell carcinoma: proteomic analysis of cyst fluid (2011)
  • 著者名/発表者名: Minamida S, Iwamura M, Kodera Y, Kawashima Y, Tabata K, Matsumoto K, FujitaT, Satoh T, Maeda T, Baba S
  • 雑誌名: Anal Bioanal Chem 巻: 401(1) ページ: 245-52
  • 査読あり
• [雑誌論文] Development of a sandwich ELISA for the 5.9-kDa fibrinogen alpha C chain fragment detected by serum proteome analysis (2011)
  • 著者名/発表者名: Noda K, Sogawa K, Kikuchi W, Kiyokawa I, Miura T, Kojima R, Katayama K, Kodera Y, Nomura F
  • 雑誌名: Proteomics Clin Appl 巻: 5(3-4) ページ: 141-6
  • 査読あり
• [雑誌論文] The measurement of a fibrinogen a C-chain 5.9 kDa fragment (FIC 5.9) using MALDI-TOF MS and a stable isotope-labeled peptidestandard dilution (2011)
  • 著者名/発表者名: Sogawa K, Kodera Y, Noda K, Ishizuka Y, Yamada M, Umemura H, Maruyama K, Tomonaga T, Yokosuka O, Nomura F
  • 雑誌名: Clin Chim Acta 巻: 412(11-12) ページ: 1094-9
  • 査読あり
• [雑誌論文] Profilin 1 overexpression in renal cell carcinoma (2011)
  • 著者名/発表者名: Minamida S, Iwamura M, Kodera Y, Kawashima Y, Ikeda M, Okusa H, Fujita T,Maeda T, Baba S
  • 雑誌名: Int J Urol 巻: 18(1) ページ: 63-71
  • 査読あり
• [雑誌論文] Increased serum levels of pigment epithelium-derived factor by excessive alcohol consumption-detection and identification by a three-step serum proteome analysis (2011)
  • 著者名/発表者名: Sogawa K, Kodera Y, Satoh M, Kawashima Y, Umemura H, Maruyama K, Takizawa H, Yokosuka O, Nomura F
  • 雑誌名: Alcohol Clin Exp Res 巻: 35(2) ページ: 211-7
  • 査読あり
• [学会発表] 血中診断マーカーペプチド獲得を目指したペプチドーム解析法の包括的な開発 (2012)
  • 著者名/発表者名: 小寺義男
  • 学会等名: 第19回遺伝子診療学会/シンポジウム
  • 発表場所: 千葉
  • 年月日: 2012-07-28
• [学会発表] 血中診断マーカーペプチド獲得を目指した ペプチドーム解析法の包括的な開発 (2012)
  • 著者名/発表者名: 小寺義男
  • 学会等名: 第10回日本プロテオーム学会(JHUPO)年会(シンポジウム)
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2012-07-27
• [学会発表] 血中疾患マーカーペプチド獲得を目指した包括的なアプローチ (2012)
  • 著者名/発表者名: 小寺義男
  • 学会等名: 東北大学医学部・最先端学術セミナー
  • 発表場所: 東北大学医学部(招待講演)
  • 年月日: 2012-06-15
• [学会発表] 血中診断マーカーペプチド獲得を目指した包括的なアプローチ (2011)
  • 著者名/発表者名: 小寺義男
  • 学会等名: 第2回バイオビジネス・スタートアップ -バイオマーカー研究と診断への応用-
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2011-12-20
• [学会発表] 血中診断マーカーペプチド開発に向けた様々なアプローチ (2011)
  • 著者名/発表者名: 小寺義男
  • 学会等名: 第224回液体クロマトグラフィー研究懇談会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2011-10-25
• [学会発表] 共同利用における LC-MS 解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 小寺義男
  • 学会等名: 第84回日本生化学会・フォーラム(フォーラム企画、発表)
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2011-09-23
• [学会発表] 血中診断マーカー獲得を目指した定量的プロテオミクス (2011)
  • 著者名/発表者名: 小寺義男
  • 学会等名: 日本プロテオーム学会 2011 大会(シンポジウム)
  • 発表場所: 新潟
  • 年月日: 2011-07-29
• [図書] 臨床プロテオミクス-バイオマーカー探索から個別化医療へ-, 第3 章 臨床試料の取り扱い「2.血液(血漿)および生体試液」 (2012)
  • 著者名/発表者名: 小寺義男,朝長毅
  • 総ページ数: 64-69
  • 出版者: 金原出版株式会社
• [産業財産権] METHOD FOR CONCENTRATION OF LOW-MOLECULAR-WEIGHT PROTEINS AND PEPTIDES IN BODY FLUID SAMPLE (2013)
  • 発明者名: Kodera Y. Kawashima Y. Maeda T
  • 権利者名: The Kitasato Institute
  • 産業財産権番号: No.8,399,260
  • 出願年月日: 2013-03-19
  • 外国