次世代シークエンサーによるＣ型肝炎ウイルスゲノム多様性解析法の確立

2013 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 23659407
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 消化器内科学
• 研究機関: 国立感染症研究所
• 研究代表者: 脇田 隆字 国立感染症研究所, ウイルス第二部, 部長 (40280789)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2012
• キーワード: 肝炎ウイルス / 次世代シーケンス / quasispecies

研究概要

Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）は我が国に多くのキャリアが存在する重要な感染症の原因ウイルスである。ＨＣＶのゲノムは多様性に富む（quasispecies）ことが知られている。quasispeciesはこれまでのシークエンス技術では十分に解析ができなかったが、次世代シークエンサーを用いてウイルスゲノム解析法を確立した。その結果、HCV患者の血清から、２種類の独立したウイルスゲノムRNA配列を特定した。C型慢性肝炎患者のインターフェロン／リバビリン併用療法の感受性を決定する因子は複数報告されているが、コア70番の配列により独立した2群のウイルスゲノムが存在し、それぞれ個別に進化していることがわかった。

研究成果

• [雑誌論文] Replication of hepatitis C virus genotype 3a in cultured cells (2013)
  • 著者名/発表者名: Saeed M, Gondeau C, Hmwe S, Yokokawa H, Date T, Suzuki T, Kato T, Maurel P, Wakita T
  • 雑誌名: Gastroenterology 巻: 144(1) ページ: 56-58.e7
  • DOI: 10.1053/j.gastro.2012.09.017.
• [雑誌論文] Neutralizing antibodies induced by cell culture-derived hepatitis C virus protect against infection in mice (2013)
  • 著者名/発表者名: Akazawa D, Moriyama M, Yokokawa H, Omi N, Watanabe N, Date T, Morikawa K, Aizaki H, Ishii K, Kato T, Mochizuki H, Nakamura N, Wakita T
  • 雑誌名: Gastroenterology 巻: 145(2) ページ: 447-55.e1-4
  • DOI: 10.1053/j.gastro.2013.05.007.
• [雑誌論文] Specific inhibition of hepatitis C virus entry into host hepatocytes by fungi-derived sulochrin and its derivatives (2013)
  • 著者名/発表者名: Nakajima S, Watashi K, Kamisuki S, Tsukuda S, Takemoto K, Matsuda M, Suzuki R, Aizaki H, Sugawara F, Wakita T
  • 雑誌名: Biochem Biophys Res Commun 巻: 440(4) ページ: 515-20
  • DOI: 10.1016/j.bbrc.2013.09.100.
• [雑誌論文] Replication and infectivity of a novel genotype 1b hepatitis C virus clone (2012)
  • 著者名/発表者名: Date T, Morikawa K, Tanaka Y, Tanaka-Kaneko K, Sata T, Mizokami M, Wakita T
  • 雑誌名: Microbiol Immunol 巻: 56(5) ページ: 308-17
  • DOI: 10.1111/j.1348-0421.2012.00437.x.
• [雑誌論文] Detergent-induced activation of the hepatitis C virus genotype 1b RNA polymerase (2012)
  • 著者名/発表者名: Weng L, Kohara M, Wakita T, Shimotohno K, Toyoda T
  • 雑誌名: Gene 巻: 496(2) ページ: 79-87
  • DOI: 10.1016/j.gene.2012.01.044.
• [雑誌論文] Novel cell culture-adapted genotype 2a hepatitis C virus infectious clone (2012)
  • 著者名/発表者名: Date T, Kato T, Kato J, Takahashi H, Morikawa K, Akazawa D, Murayama A,Tanaka-Kaneko K, Sata T, Tanaka Y, Mizokami M, Wakita T
  • 雑誌名: J Virol 巻: 86(19) ページ: 10805-20
  • DOI: 10.1128/JVI.07235-11.
• [雑誌論文] Trans-complemented hepatitis C virus particles as a versatile tool forstudy of virus assembly and infection (2012)
  • 著者名/発表者名: Suzuki R, Saito K, Kato T, Shirakura M, Akazawa D, Ishii K, Aizaki H, Kanegae Y, Matsuura Y, Saito I, Wakita T, Suzuki T
  • 雑誌名: Virology 巻: 432(1) ページ: 29-38
  • DOI: 10.1016/j.virol.2012.05.033.
• [雑誌論文] Visualization and measurement of ATP levels in living cells replicating hepatitis C virus genome RNA (2012)
  • 著者名/発表者名: Ando T, Imamura H, Suzuki R, Aizaki H, Watanabe T, Wakita T, Suzuki T
  • 雑誌名: PLoS Pathog 巻: 8(3) ページ: e1002561
  • DOI: 10.1371/journal.ppat.1002561.
• [雑誌論文] 25-Hydroxyvitamin D3 suppresses hepatitis C virus production (2012)
  • 著者名/発表者名: Matsumura T, Kato T, Sugiyama N, Tasaka-Fujita M, Murayama A, Masaki T, Wakita T, Imawari M
  • 雑誌名: Hepatology 巻: 56(4) ページ: 1231-9
  • DOI: 10.1002/hep.25763.
• [雑誌論文] Potent and selective inhibition of hepatitis C virus replication by novel phenanthridinone derivatives (2011)
  • 著者名/発表者名: Salim MT, Aoyama H, Sugita K, Watashi K, Wakita T, Hamasaki T, Okamoto M, Urata Y, Hashimoto Y, Baba M
  • 雑誌名: Biochem Biophys Res Commun 巻: 415(4) ページ: 714-9
  • DOI: 10.1016/j.bbrc.2011.10.153.
• [雑誌論文] Genetic Variation of the IL-28B Promoter Affecting Gene Expression (2011)
  • 著者名/発表者名: Sugiyama M, Tanaka Y, Wakita T, Nakanishi M, Mizokami M
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 6(10) ページ: e26620
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0026620.
• [雑誌論文] Hepatitis C virus reveals a novel early control in acute immune response (2011)
  • 著者名/発表者名: Arnaud N, Dabo S, Akazawa D, Fukasawa M, Shinkai-Ouchi F, Hugon J, Wakita T, Meurs EF
  • 雑誌名: PLoS Pathog 巻: 7(10) ページ: e1002289
  • DOI: 10.1371/journal.ppat.1002289.
• [雑誌論文] Role of the endoplasmic reticulum-associated degradation ERAD) pathway in degradation of hepatitis C virus envelope proteins and production of virus particles (2011)
  • 著者名/発表者名: Saeed M, Suzuki R, Watanabe N, Masaki T, Tomonaga M, Muhammad A, Kato T, Matsuura Y, Watanabe H, Wakita T, Suzuki T
  • 雑誌名: J Biol Chem 巻: 286(43) ページ: 37264-73
  • DOI: 10.1074/jbc.M111.259085.
• [雑誌論文] Development of recombinant hepatitis C virus with NS5A from strains of genotypes 1 and 2 (2011)
  • 著者名/発表者名: Okamoto Y, Masaki T, Murayama A, Munakata T, Nomoto A, Nakamoto S, Yokosuka O, Watanabe H, Wakita T, Kato T
  • 雑誌名: Biochem Biophys Res Commun 巻: 410(3) ページ: 404-9
  • DOI: 10.1016/j.bbrc.2011.05.144.
• [雑誌論文] Structural requirements of virion-associated cholesterol for infectivity, buoyant density and apolipoprotein association of hepatitis C virus (2011)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto M, Aizaki H, Fukasawa M, Teraoka T, Miyamura T, Wakita T, Suzuki T
  • 雑誌名: J Gen Virol 巻: 92(Pt 9) ページ: 2082-7
  • DOI: 10.1099/vir.0.032391-0.
• [雑誌論文] Production and characterization of HCV particles from serum-free culture (2011)
  • 著者名/発表者名: Akazawa D, Morikawa K, Omi N, Takahashi H, Nakamura N, Mochizuki H, Date T, Ishii K, Suzuki T, Wakita T
  • 雑誌名: Vaccine 巻: 29(29-30) ページ: 4821-8
  • DOI: 10.1016/j.vaccine.2011.04.069.
• [雑誌論文] In vivo adaptation of hepatitis C virus in chimpanzees for efficient virus production and evasion of apoptosis (2011)
  • 著者名/発表者名: Saeed M, Shiina M, Date T, Akazawa D, Watanabe N, Murayama A, Suzuki T, Watanabe H, Hiraga N, Imamura M, Chayama K, Choi Y, Krawczynski K, Liang TJ, Wakita T, Kato T
  • 雑誌名: Hepatology 巻: 54(2) ページ: 425-33
  • DOI: 10.1002/hep.24399.
• [雑誌論文] Hokuriku Liver Study Group. Malnutrition impairs interferon signaling through mTOR and FoxO pathways in patients with chronic hepatitis C (2011)
  • 著者名/発表者名: Honda M, Takehana K, Sakai A, Tagata Y, Shirasaki T, Nishitani S, Muramatsu T, Yamashita T, Nakamoto Y, Mizukoshi E, Sakai Y, Yamashita T, Nakamura M, Shimakami T, Yi M, Lemon SM, Suzuki T, Wakita T, Kaneko S
  • 雑誌名: Gastroenterology 巻: 141(1) ページ: 128-40, 140.e1-2
  • DOI: 10.1053/j.gastro.2011.03.051.
• [雑誌論文] Development of mouse hepatocyte lines permissive for hepatitis C virus (HCV) (2011)
  • 著者名/発表者名: Aly HH, Oshiumi H, Shime H, Matsumoto M, Wakita T, Shimotohno K, Seya T
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 6(6) ページ: e21284
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0021284.
• [学会発表] Molecular Biology and Experimental Models of HCV (2013)
  • 著者名/発表者名: T Wakita
  • 学会等名: 19th Annual KASL Meeting
  • 発表場所: Sheraton Grande Walkerhill Hotel, Seoul, Korea
  • 年月日: 20130613-15
• [学会発表] 患者血清中におけるHCV ゲノム多種性の存在形式 (2013)
  • 著者名/発表者名: 脇田隆字、安東友美、林和彦、杉山真也、石上雅敏、片野義明、後藤秀実、溝上雅史、黒田誠、相崎英樹
  • 学会等名: 第49回日本肝臓学会総会
  • 発表場所: 京王プラザホテル、ワークショップ3「ウイルス肝炎の新潮流」
  • 年月日: 20130606-07
• [学会発表] Independent Evolution of Multi-dominant Viral Genome Species of Hepatitis C Virus (2012)
  • 著者名/発表者名: T Wakita
  • 学会等名: The 10th JSH Single Topic Conference, "Hepatitis C : Best Practice Based on Science"
  • 発表場所: Keio Plaza Hotel, Tokyo, Japan
  • 年月日: 20121121-22
• [学会発表] Independent evolution of multi-dominant viral genome species observed in a single HCV carrier (2012)
  • 著者名/発表者名: T Ando, H Aizaki, M Sugiyama, M Mizokami, M Kuroda, T Wakita
  • 学会等名: 19th International Meeting on Hepatitis C and Related Viruses
  • 発表場所: Palazzo del Cinema, Lido-Venice, Italy
  • 年月日: 20121005-09
• [学会発表] Hepatitis C virus replication models and anti-viral development (2012)
  • 著者名/発表者名: T Wakita
  • 学会等名: The 1^<st> International Symposium on Latent TGF-beta Activation Reaction
  • 発表場所: RIKEN Kobe Inst, Ctr. For Delop Biol, Auditorium, Kobe
  • 年月日: 2012-02-25
• [学会発表] Hepatitis C virus replication in vitro and persistent infection in vivo : mechanistic analysis and antiviral development (2012)
  • 著者名/発表者名: T Wakita
  • 学会等名: Challenges to overcome Emerging Infectious Diseases in South-eastern Asia
  • 発表場所: Siran Kaikan, Kyoto Uninversity. Kyoto
  • 年月日: 2012-01-13
• [学会発表] Hepatitis C virus replication in vitro and persistent infection in vivo : mechanistic analysis and antiviral development (2011)
  • 著者名/発表者名: T Wakita
  • 学会等名: Singapore-Japan Forum on Emerging Concepts in Microbiology
  • 発表場所: National University of Singapore, Singapore
  • 年月日: 20111115-16
• [学会発表] HCV JFH-1キメラ株を用いたNS5a阻害剤の株特異的抗ウイルス活性の評価 (2011)
  • 著者名/発表者名: 加藤孝宣、政木隆博、脇田隆字
  • 学会等名: 第15回日本肝臓学会大会
  • 発表場所: 福岡国際会議場、シンポジウム1「C 型肝炎治療の新たな展開」
  • 年月日: 20111020-21
• [学会発表] Strain Specific Susceptibility to The Hepatitis C Virus NS5A Inhibitor (2011)
  • 著者名/発表者名: Y Okamoto, T Masaki, A Murayama, A Nomoto, T Wakita, T Kato
  • 学会等名: XV International Congress of Virology
  • 発表場所: Sapporo Convention Center, Sapporo, Japan
  • 年月日: 20110911-16
• [学会発表] Identification of lipid droplet-associated membrane proteins that are involved in HCV production (2011)
  • 著者名/発表者名: H Aizaki, Y Matsumoto, K Goto, K Watashi, R Suzuki, M Fukasawa, K Hanada, S Sato, N Takahashi, Y Matsuura, K Motojima, T Miyamura, T Suzuki , T Wakita
  • 学会等名: XV International Congress of Virology
  • 発表場所: Sapporo Convention Center, Sapporo, Japan
  • 年月日: 20110911-16
• [学会発表] Antiviral activity of glycyrrhizic acid against hepatitis C virus in vitro (2011)
  • 著者名/発表者名: Y Matsumoto, K Watashi, R Suzuki, T Matsuura, T Suzuki, T Miyamura, K Wake, T Wakita , H Aizaki
  • 学会等名: XV International Congress of Virology
  • 発表場所: Sapporo Convention Center, Sapporo, Japan
  • 年月日: 20110911-16
• [学会発表] Identification of small molecules affecting late steps of hepatitis C virus life cycle (2011)
  • 著者名/発表者名: K Watashi, N Uchida, R Suzuki, H Aizaki, T Wakita
  • 学会等名: XV International Congress of Virology
  • 発表場所: Sapporo Convention Center, Sapporo, Japan
  • 年月日: 20110911-16
• [学会発表] Identification of novel NS5A-associated proteins in the host-cell membrane fraction and their role in HCV life cycle (2011)
  • 著者名/発表者名: K Goto, T Kimura, K Watashi, R Suzuki, S Yamagoe, T Miyamura, K Moriya, H Yotsuyanagi, K Koike, T Suzuki, T Wakita, H Aizaki
  • 学会等名: 18th International Meeting on Hepatitis C and Related Viruses
  • 発表場所: Seattle Sheraton Hotel, Seattle, USA
  • 年月日: 20110908-12
• [学会発表] Does a vaccine derived from a single HCV strain elicit broadly cross-neutralising antibodies in humans? (2011)
  • 著者名/発表者名: J Law, D Hockman, S Frey,R Khoshy, T Wakita, J Bukh, C Rice, M Houghton
  • 学会等名: 18th International Meeting on Hepatitis C and Related Viruses
  • 発表場所: Seattle Sheraton Hotel, Seattle, USA
  • 年月日: 20110908-12
• [学会発表] Isolation of a highly infectious hepatitis C virus with adaptive mutations (2011)
  • 著者名/発表者名: M Fukasawa, Y Shirasago, K Saito, Y Murakami, H Fukazawa, T Suzuki, R Suzuki, T Wakita, K Hanada, J Chiba
  • 学会等名: 18th International Meeting on Hepatitis C and Related Viruses
  • 発表場所: Seattle Sheraton Hotel, Seattle, USA
  • 年月日: 20110908-12
• [学会発表] Development of purification method for HCV particles using chromatographic technique (2011)
  • 著者名/発表者名: H Yokokawa, D Akazawa, M Moriyama, N Nakamura, T Kato, K Ishii, T Wakita
  • 学会等名: 18th International Meeting on Hepatitis C and Related Viruses
  • 発表場所: Seattle Sheraton Hotel, Seattle, USA
  • 年月日: 20110908-12
• [学会発表] Serum and trypsin inhibitors inhibit the early step of hepatitis C virus infection (2011)
  • 著者名/発表者名: M Esumi, S Kikuta, H Yamaguchi, S Nakajima, M Ishibashi, T Wakita
  • 学会等名: 18th International Meeting on Hepatitis C and Related Viruses
  • 発表場所: Seattle Sheraton Hotel, Seattle, USA
  • 年月日: 20110908-12
• [学会発表] Immunological memory response to induce neutralizing immunoglobulin in HCV particles-immunized mice (2011)
  • 著者名/発表者名: M Moriyama, D Akazawa, H Yokokawa, K Nishimura, N Nakamura, H Mochizuki, T Kato, K Ishii, T Wakita
  • 学会等名: 18th International Meeting on Hepatitis C and Related Viruses
  • 発表場所: Seattle Sheraton Hotel, Seattle, USA
  • 年月日: 20110908-12
• [学会発表] Identification of small molecules affecting late steps of hepatitis C virus life cycle (2011)
  • 著者名/発表者名: K Watashi, N Uchida, R Suzuki, H Aizaki, T Wakita
  • 学会等名: 18th International Meeting on Hepatitis C and Related Viruses
  • 発表場所: Seattle Sheraton Hotel, Seattle, USA
  • 年月日: 20110908-12
• [学会発表] Halopemide inhibited a post-assembly step in hepatitis C virus life cycle (2011)
  • 著者名/発表者名: N Uchida, K Watashi, R Suzuki, H Aizaki, J Chiba, T Wakita
  • 学会等名: 18th International Meeting on Hepatitis C and Related Viruses
  • 発表場所: Seattle Sheraton Hotel, Seattle, USA
  • 年月日: 20110908-12
• [学会発表] 2 種類のヒト肝細胞株を用いたHCV 感染レポーターアッセイ系の開発 (2011)
  • 著者名/発表者名: 武田緑、池田正徳、有海康雄、脇田隆字、加藤宜之
  • 学会等名: 第47回日本肝臓学会総会
  • 発表場所: ホテルグランパシフィック
  • 年月日: 20110602-03
• [学会発表] 「新型シーケンサで展開するウイルスゲノム研究」、ランチョンセミナー (2011)
  • 著者名/発表者名: 脇田隆字
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2011-12-14
• [学会発表] HCV RNA replication and drug development (2011)
  • 著者名/発表者名: T Wakita
  • 学会等名: The 8th APASL Single Topic Conference Beijing
  • 発表場所: China
  • 年月日: 2011-10-07
• [学会発表] Hepatitis C Virus Infection and Replication, annual meeting of Prof (2011)
  • 著者名/発表者名: T Wakita
  • 学会等名: Juei-Low Sung's Research Foundation
  • 発表場所: Taipei, Taiwan
  • 年月日: 2011-08-06