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脊索動物の進化のメカニズムを解明するために、脊椎動物の姉妹群であるホヤの1種カタユウレイボヤにおいて遺伝学的アプローチを利用した遺伝子機能解析を実施した。カタユウレイボヤの任意の遺伝子の機能欠損体を作製するノックアウトをはじめとする実験手法を導入し、その手法を基にして脊索動物に保存された遺伝子のホヤにおける新機能を明らかにした。例えばHox転写因子群の消化管や表皮におけるパターニングへの関与、変態の研究基盤形成と性腺刺激ホルモン放出ホルモンの機能、細胞分裂制御機構の解明など、脊索動物の進化を知る上で欠かせない数多くの知見を得た。
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