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2014 年度 実績報告書

ミトコンドリアにおけるtRNAプロセシング機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 23687015
研究機関独立行政法人産業技術総合研究所

研究代表者

沼田 倫征  独立行政法人産業技術総合研究所, バイオメディカル研究部門, 主任研究員 (10401564)

研究期間 (年度) 2011-04-01 – 2015-03-31
キーワードtRNA / ミトコンドリア / tRNAプロセシング / RNase P / 生体高分子複合体
研究実績の概要

本研究では、ミトコンドリアtRNAのプロセシング機構の解明を目指している。本年度は、pre-tRNAのプロセシングに関わるミトコンドリアRNase Pの機能構造解析を行った。高等真核生物のミトコンドリアには、RNAサブユニットを欠いたタンパク質性のRNase Pが存在し、動物では3種のタンパク質サブユニット(MRPP1、MRPP2、MRPP3)から、植物ではMRPP3とアミノ酸配列が類似したPRORP1と呼ばれる1種類のタンパク質から成る。これらRNase Pによる反応機構を解明するために、pre-tRNAとの複合体の結晶構造解析を目指した。野生型酵素を使用した場合、pre-tRNAが切断されてしまうため、まず、MRPP3やPRORP1で保存されている触媒Asp残基をAlaに置換した変異体を作製した。調製した変異体を用いてpre-tRNAの切断活性を検討し、酵素活性が消失していることを確認した。PRORP1変異体とpre-tRNAとの複合体の結晶化条件をスクリーニングしたが結晶は得られなかった。また、変異体MRPP3を含むRNase Pを再構成してpre-tRNAとともに結晶化条件をスクリーニングしたが、結晶は得られなかった。結晶が得られない原因として、タンパク質の構造が揺らぎ柔軟性に富むため結晶化に至っていないことが推定された。そこで、MRPP3に関して限定分解を行った。その結果、N末端部分が柔軟な構造をとっていることが分かった。N末端領域を欠損させたMRPP3(MRPP3-ΔN)を調製してRNase Pを再構成し、pre-tRNAの切断活性を検討した結果、野生型と同じ活性を確認した。次に、MRPP3-ΔNを含んだRNase Pとpre-tRNAとの複合体の結晶化条件をスクリーニングしたが、現在のところ結晶は得られていない。今後、PRORP1についてもコア領域を同定し、pre-tRNAとの複合体の結晶化を目指す。

現在までの達成度 (段落)

26年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

26年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (6件)

すべて 2015 2014

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 謝辞記載あり 2件) 学会発表 (4件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Mechanisms of the tRNA wobble cytidine modification essential for AUA codon decoding in prokaryotes2015

    • 著者名/発表者名
      Tomoyuki Numata
    • 雑誌名

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      巻: 79 ページ: 347-353

    • DOI

      10.1080/09168451.2014.975185

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Convergent evolution of AUA decoding in bacteria and archaea2014

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Suzuki and Tomoyuki Numata
    • 雑誌名

      RNA Biology

      巻: 11 ページ: 1586-1596

    • DOI

      10.4161/15476286.2014.992281

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [学会発表] N6-スレオニルカルバモイルアデノシンの環化反応を触媒するtRNA修飾酵素CsdLの機能構造解析2015

    • 著者名/発表者名
      沼田倫征、宮内健常、大澤拓生、鈴木勉
    • 学会等名
      第3回物構研サイエンスフェスタ
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城)
    • 年月日
      2015-03-17
  • [学会発表] tRNA転写後修飾メカニズムの分子的基盤解明2014

    • 著者名/発表者名
      沼田倫征
    • 学会等名
      日本農芸化学会2014年度第2回関東支部例会
    • 発表場所
      東京工業大学(神奈川)
    • 年月日
      2014-11-29
    • 招待講演
  • [学会発表] N6-スレオニルカルバモイルアデノシンの環化反応を触媒するtRNA修飾酵素CsdLの機能構造解析2014

    • 著者名/発表者名
      沼田倫征、宮内健常、大澤拓生、鈴木勉
    • 学会等名
      第38回蛋白質と酵素の構造と機能に関する九州シンポジウム
    • 発表場所
      レイクサイドホテル久山(福岡)
    • 年月日
      2014-09-11
  • [学会発表] N6-スレオニルカルバモイルアデノシンの環化を触媒するtRNA修飾酵素の結晶構造2014

    • 著者名/発表者名
      沼田倫征、宮内健常、大澤拓生、鈴木勉
    • 学会等名
      第14回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      横浜産貿ホール マリネリア(神奈川)
    • 年月日
      2014-06-25

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公開日: 2016-06-01  

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