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2011 年度 実績報告書

生命の初期進化を模擬した実験モデルの構築

研究課題

研究課題/領域番号 23687034
研究機関大阪大学

研究代表者

市橋 伯一  大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 招聘教員 (20448096)

キーワード進化 / 自己複製 / 生命の起源 / 無細胞翻訳系 / エマルション
研究概要

本研究では人工自己複製反応を実験的に進化させることにより、自己複製反応系は進化して生命の特徴である高効率性や複雑性を獲得することができるのかを実験的に問い、その進化過程を詳細に解析することにより、進化プロセスがどのように進行するのかを理解することを目的としている。本年度は、RNA複製反応を約100世代にわたり継代した。当初の複製効率は大変低く、そのままでは次の反応を続けることが困難であったため、複製したRNAを逆転写反応とPCR反応、そしてRNA合成反応により増幅した。この一連の操作を100回繰り返した。約20回目までは、平均のRNA複製能力は徐々に低下した。
この原因は変異の蓄積により、多くのRNAの複製能力が低下したためだと考えられる。その後20回目以降は逆に平均RNA複製能力が上昇し、最終的に元のRNAの約30倍の複製能力を示した。最終的に得られたRNAをクローン化し、いくつかの配列を解析したところ、約20個の変異が集団内に固定されていた。
これらの結果は、RNA自己複製反応を継代することにより、複製エラーにより変異が導入され、RNA複製能力に多様性が生じ、より複製能力の高いRNAがより多くの子孫を残すことによって集団内での割合を上昇させたことを支持している。この多様性の創出により子孫を残した個体の選択は、まさにダーウィン進化が起きたことを示している。そしてその進化は約20の変異によって達成されたていた。今後、さらに継代を続けるとともに、進化途中の配列を解析することにより、進化プロセスの詳細が理解できるだろう。

現在までの達成度
現在までの達成度

2: おおむね順調に進展している

理由

本研究の目的の一つは、RNA複製反応を継代することにより、より高効率に複製するRNAを進化させることである。今年度の継代実験で、すでに30倍反応効率の高いRNAを得ることができた。これは上記の目的がすでにある程度達成されたことを意味する。

今後の研究の推進方策

いまのところ継代実験は順調であるため、このままさらに長期間の継代実験を行う。また、これまでは人為的な複製を行っていたため時間がかかっていたが、ある程度複製能力の上がった現在のRNAでは不要になっている可能性がある。もし人為的な複製が不要であれば、継代実験のスピードが約6倍に向上するため、こちらの可能性も併せて検討する。いずれかの方法で継代をさらに続けながら、これまでの進化過程の配列解析を行う予定である。

  • 研究成果

    (16件)

すべて 2012 2011

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (11件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Kinetic analysis of aptazyme-regulated gene expression in a cell-free translation system: modeling of ligand-dependent and -independent expression.2012

    • 著者名/発表者名
      Kobori S
    • 雑誌名

      RNA

      巻: 18 ページ: 1458-1465

    • DOI

      10.1261/rna.032748.112

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Importance of parasite RNA species repression for prolonged translation-coupled RNA self-replication.2012

    • 著者名/発表者名
      Bansho Y
    • 雑誌名

      CHEMISTRY BIOLOGY

      巻: 19 ページ: 478-487

    • DOI

      10.1016/j.chembiol.2012.01.019

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effects of Compartment Size on the Kinetics of Intracompartmental Multimeric Protein Synthesis.2012

    • 著者名/発表者名
      Tomoaki Matsuura, et al
    • 雑誌名

      ACS Synth. Biol

    • DOI

      10.1021/sb300041z

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Construction of Gene Screening System Using Giant Unilamellar Liposomes and Fluorescence Activated Cell Sorter.2012

    • 著者名/発表者名
      Takehiro Nishikawa, et al
    • 雑誌名

      analytical chemistry 2012

      巻: Vol.84 ページ: 5017-5024

    • DOI

      10.1021/ac300678w

    • 査読あり
  • [学会発表] Creating an artificial cell with different size revealed the effect of compartment volume on the intracompartmental multimeric protein synthesis2012

    • 著者名/発表者名
      Tomoaki Matsuura, et al
    • 学会等名
      The Thirteenth International Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems (Artificial Life XIII)
    • 発表場所
      Michigan, USA
    • 年月日
      20120719-20120722
  • [学会発表] Darwinian Evolution of Translation-coupled RNA Self-replication System.2012

    • 著者名/発表者名
      Norikazu Ichihashi, et al
    • 学会等名
      The Thirteenth International Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems (Artificial Life XIII)
    • 発表場所
      Michigan, USA
    • 年月日
      20120719-20120722
  • [学会発表] Continuous RNA amplification with self-encoded replication system.2012

    • 著者名/発表者名
      Kimihito Usui, et al
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川県)
    • 年月日
      2012-12-14
  • [学会発表] Investigation on the mechanism of double strand formation during RNA replication.2012

    • 著者名/発表者名
      Yohei Uegami, et al
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川県)
    • 年月日
      2012-12-13
  • [学会発表] In Vitro Compartmentalization Using Unilamellar Lipsomes for Gene Screening.2012

    • 著者名/発表者名
      Takehiro Nishikawa, et al
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川県)
    • 年月日
      2012-12-13
  • [学会発表] Directed evolution of a self-encoding system using giant liposome.2012

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Sunam, et al
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川県)
    • 年月日
      2012-12-13
  • [学会発表] アプタザイムを用いた外部応答するリアクターの構築2012

    • 著者名/発表者名
      小堀峻吾, 他
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川県)
    • 年月日
      2012-12-13
  • [学会発表] Kinetic Analysis of Aptazyme-regulated Gene Expression in a Cell-free Translation System.2012

    • 著者名/発表者名
      Shungo Kobori, et al
    • 学会等名
      RNA 2012 PROGRAM & ABSTRACTS The 17th Annual Meeting
    • 発表場所
      Michigan, USA
    • 年月日
      2012-06-01
  • [学会発表] Kinetic Analysis of the Double-stranded RNA Formation in Qβ RNA Replication.2012

    • 著者名/発表者名
      Kimihito Usui, et al
    • 学会等名
      RNA 2012 PROGRAM & ABSTRACTS The 17th Annual Meeting
    • 発表場所
      Michigan, USA
    • 年月日
      2012-05-31
  • [学会発表] リボソームを反応場とする遺伝子スクリーニングによる活性型グルクロニダーゼの探索2012

    • 著者名/発表者名
      西川雄大, 他
    • 学会等名
      第61回高分子学会年次大会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川県)
    • 年月日
      2012-05-30
  • [学会発表] RNA自己複製反応の反応場体積依存性2011

    • 著者名/発表者名
      番所洋輔, 他
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川県)
    • 年月日
      2011-12-14
  • [図書] Genesis - in the Beginning: Precursors of Life, Chemical Models and Early Biological Evolution. (分担)2012

    • 著者名/発表者名
      Norikazu Ichihashi, et al
    • 総ページ数
      973
    • 出版者
      Springer

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公開日: 2014-07-16  

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