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2013 年度 実績報告書

生命の初期進化を模擬した実験モデルの構築

研究課題

研究課題/領域番号 23687034
研究機関大阪大学

研究代表者

市橋 伯一  大阪大学, 情報科学研究科, 准教授 (20448096)

研究期間 (年度) 2011-04-01 – 2014-03-31
キーワード進化 / 実験進化 / RNAゲノム / ダーウィン進化 / 人工細胞 / 人工ゲノム
研究概要

本研究では人工自己複製反応を実験的に進化させることにより、自己複製反応系は進化して生命の特徴である高効率性を獲得することができるのか、その進化プロセスがどのように進行するのかを理解することを目的としている。昨年度までにRNA複製反応を約600世代にわたり継代し、その間に複製能力が100倍以上に向上したことを示した。さらにその間に38種類の変異が集団内に固定されたことを示した。すなわちダーウィン型の進化が起きたことを示している。
今年度はさらにその進化プロセスを生化学的に詳細に解析した。本研究で用いたRNAにはRNA複製酵素のアミノ酸配列をコードするという機能と、その複製酵素によって複製される鋳型としての機能という2つの機能を持っている。本年度は進化によってこの2つ能力がどう変わっていったかを解析した。その結果、進化によりRNAにコードされた複製酵素の能力はほとんど変わっていないことがわかった。これに対し鋳型としてのRNAの能力は著しく向上していた。鋳型としての能力のなかでも、RNAが1本鎖のまま複製される能力が大きく上昇していた。この1本鎖として複製されることは、RNAが再帰的な複製をするために重要な能力である。さらにRNAの構造を構造予測ソフトにより解析すると、変異によりRNAの2次構造が強くなっていることも明らかになった。
本研究により、人工的に作った自己複製反応でもダーウィン型の進化が起こることを明らかにした。そして生命のひとつの特徴である高効率性を自発的に獲得することも示すことができた。この結果は初期生命が進化能を持つための十分条件を提示する。さらにその進化プロセスの解析から、RNAの構造が進化により変化しやすいことを見出した。この結果は、RNAをゲノムとして用いた初期生命の進化が現在のDNAゲノムを持つ生命の進化とは異なっていた可能性を示す知見である。

現在までの達成度 (区分)
理由

25年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

25年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (9件)

すべて 2014 2013

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (4件) (うち招待講演 2件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Effects of ribosomes on the kinetics of Qb replication.2014

    • 著者名/発表者名
      Kimihito Usui, Norikazu Ichihashi, Yasuaki Kazuta, Tomoaki Matsuura, Tetsuya Yomo.
    • 雑誌名

      FEBS Letters

      巻: 588 ページ: 117-123

    • DOI

      10.1016/j.febslet.2013.11.018

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Probabilistic model based error correction in a set of various mutant sequences analyzed by next-generation sequencing.2013

    • 著者名/発表者名
      Takuyo Aita, Norikazu Ichihashi, Tetsuya Yomo.
    • 雑誌名

      Computational Biology and Chemistry

      巻: 47 ページ: 221-230

    • DOI

      10.1016/j.compbiolchem

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Darwinian evolution in a translation-coupled RNA replication system within a cell-like compartment.2013

    • 著者名/発表者名
      Norikazu Ichihashi, Kimihito Usui, Yasuaki Kazuta, Takeshi Sunami, Tomoaki Matsuura, Tetsuya Yomo.
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 4 ページ: 1-7

    • DOI

      10.1038/ncomms3494

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Kinetic model of double-stranded RNA formation during long RNA replication by Qβ replicase.2013

    • 著者名/発表者名
      Kimihito Usui, Norikazu Ichihashi, Yasuaki Kazuta, Tomoaki Matsuura, Tetsuya Yomo
    • 雑誌名

      FEBS Letters

      巻: 587 ページ: 2565-2571

    • DOI

      10.1016/j.febslet.2013.06.033

    • 査読あり
  • [学会発表] 人工自己複製システムにおける利己的RNAの出現と耐性の進化2013

    • 著者名/発表者名
      市橋伯一, 四方哲也
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 年月日
      20131206-20131206
    • 招待講演
  • [学会発表] Darwinian Evolution in a Translation-Coupled RNA Replication System Within a Cell-Like Compartment.2013

    • 著者名/発表者名
      Norikazu Ichihashi, Kimihito Usui, Tetsuya Yomo.
    • 学会等名
      The International Astrobiology Workshop 2013(as the Japan Astrobiology Network Annual Meeting #6)
    • 発表場所
      JAXA/ISAS, Sagamihara, Japan
    • 年月日
      20131130-20131130
    • 招待講演
  • [学会発表] 次世代シーケンサーを用いた人工細胞モデルにおけるゲノムRNAの進化プロセスの解析2013

    • 著者名/発表者名
      市橋伯一, 中村昇太 , 四方哲也
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館
    • 年月日
      20131029-20131029
  • [学会発表] PURE SYSTEMを用いた人工RNAゲノムの自己複製・進化システムの構築2013

    • 著者名/発表者名
      市橋伯一, 臼井公人, 四方哲也
    • 学会等名
      第8回無細胞生命科学研究会
    • 発表場所
      新潟大学中央図書館
    • 年月日
      20131021-20131021
  • [図書] 進化分子工学 高速分子進化によるタンパク質・核酸の開発2013

    • 著者名/発表者名
      角南武志, 市橋伯一, 四方哲也
    • 総ページ数
      466
    • 出版者
      NTS

URL: 

公開日: 2015-05-28  

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