大量のタンパク質リガンドデータより相互作用の構造的特徴をマイニングする方法の開発

2012 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 23700338
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 統計科学
• 研究機関: 九州工業大学
• 研究代表者: 西郷 浩人 九州工業大学, 大学院・情報工学研究院, 准教授 (90586124)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2012
• キーワード: 医薬生物 / ゲノム統計解析

研究概要

本研究が行ったのはタンパク質リガンド相互作用の解明において鍵となる、結合中の化合物の部分構造とタンパク質のドメインの対を探索する方法の開発であり、以下の特徴をもつ。
1)大量のタンパク質と大量のリガンドを同時に解析できる。
2)立体構造が得られない場合にも利用出来る。
3)既存のモチーフや商用の記述子のライブラリーを必要とせず、構造データのマイニング法により新規の相互作用モチーフも発見できる。

研究成果

• [雑誌論文] Fast iterative mining using sparsity-inducing loss functions (2013)
  • 著者名/発表者名: Saigo, H., Kashima, H., Tsuda, K.
  • 雑誌名: IEICE Transaction onInfbrmation and Systems 巻: E96-D(8)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Extracting Sets of Chemical Substructures and Protein Domains Governing Drug-Target Interactions (2011)
  • 著者名/発表者名: Yoshihiro Yamanishi, Edouard Pauwels,Hiroto Saito, Veronique Stoven
  • 雑誌名: Journal of Chemical Infbrmation and Modeling 巻: 51(5) ページ: 1183-1194
  • 査読あり
• [学会発表] Learning from treatment history to predict response to anti-HIV therapy (2013)
  • 著者名/発表者名: Saigo, H.
  • 学会等名: BMIRC International Symposium on Frontiers in Computational Systems Biology and Bioengineering
  • 発表場所: Lizuka, Japan
  • 年月日: 2013-03-01
• [学会発表] Protein Clustering on Grassmans Manifold Pattern Recognition in Bioinformatics (2012)
  • 著者名/発表者名: Suryanto, C.H., Saigo, H., Fukui, K.
  • 発表場所: Tokyo, Japan
  • 年月日: 2012-11-10
• [学会発表] An algorithm for searching multiple SNP interactions Joint Conference on Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology (2012)
  • 著者名/発表者名: Ikeda, N., Saigo, H
  • 発表場所: Funakoshi, Japan
  • 年月日: 2012-10-14
• [学会発表] An algorithm for searching multiple SNP interactions Special Interesting Group on Bioinformatics (2012)
  • 著者名/発表者名: Ikeda, N., Saigo, H
  • 発表場所: Lizuka, Japan
  • 年月日: 2012-08-09
• [図書] IGI Global "MatrixDecomposition-based Dimensionality Reduction on Graph Data" , "Graph Data Management: Techniques and Applications" (2011)
  • 著者名/発表者名: Hiroto Saigo, Koji Tsuda, Sakr, S. and Pardede, E. editors
  • 総ページ数: 260-284
• [備考]
  • URL: http://www.bio.kyutech.ac.jp/saigo/